122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4118 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4118  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  100 
 
 		 391 aa  764    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1965  hypothetical protein  37.72 
 
 		 390 aa  166  6.9999999999999995e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.241509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2817  HupK protein  37.08 
 
 		 388 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1287  hypothetical protein  38.04 
 
 		 384 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.272363  normal  0.489405 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1164  hydrogenase expression/formation  37.89 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0669591  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4563  hypothetical protein  29.43 
 
 		 368 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2005  hydrogenase expression/formation  28.85 
 
 		 368 aa  83.2  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.432728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3763  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  37.75 
 
 		 373 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1172  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like  39.38 
 
 		 370 aa  77  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.903456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2497  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  27.65 
 
 		 379 aa  72.4  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633578  normal  0.13514 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2020  hypothetical protein  45.68 
 
 		 379 aa  63.5  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1167  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  42.68 
 
 		 406 aa  62.4  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.819635  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.12 
 
 		 481 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.33 
 
 		 480 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.05 
 
 		 482 aa  61.2  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.07 
 
 		 488 aa  61.2  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  27.6 
 
 		 485 aa  58.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.71 
 
 		 481 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.96 
 
 		 472 aa  57.8  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.9 
 
 		 477 aa  57.8  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.38 
 
 		 485 aa  57.4  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.65 
 
 		 485 aa  56.6  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  40.48 
 
 		 475 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.09 
 
 		 496 aa  56.2  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50500  hydrogenase expression/formation protein HoxV  42.86 
 
 		 348 aa  55.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.102569  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.82 
 
 		 484 aa  55.1  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1437  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.93 
 
 		 417 aa  54.7  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  31.03 
 
 		 518 aa  54.7  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 		 531 aa  54.3  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.04 
 
 		 531 aa  53.9  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 		 531 aa  54.3  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.33 
 
 		 534 aa  53.9  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.23 
 
 		 562 aa  53.9  0.000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  31.82 
 
 		 479 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.14 
 
 		 531 aa  53.9  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  35.29 
 
 		 474 aa  53.5  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  27.97 
 
 		 536 aa  53.5  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  39.29 
 
 		 475 aa  53.1  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  32.14 
 
 		 532 aa  52.4  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  32.14 
 
 		 532 aa  52.4  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.95 
 
 		 547 aa  50.8  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.33 
 
 		 465 aa  50.8  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.68 
 
 		 531 aa  50.4  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.4 
 
 		 517 aa  50.4  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.48 
 
 		 509 aa  49.7  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.89 
 
 		 505 aa  48.9  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2181  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  45.71 
 
 		 329 aa  49.7  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.124929  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 		 540 aa  49.3  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.82 
 
 		 545 aa  48.9  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1804  putative dehydrogenase protein  36.49 
 
 		 295 aa  49.7  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0688891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  27.38 
 
 		 532 aa  48.5  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.57 
 
 		 532 aa  48.9  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.43 
 
 		 568 aa  47.8  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  32.18 
 
 		 545 aa  47.8  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.37 
 
 		 596 aa  47.4  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.33 
 
 		 535 aa  47.4  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.16 
 
 		 470 aa  47.4  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1968  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.2 
 
 		 423 aa  47.8  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0920  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like protein  29.11 
 
 		 379 aa  47.4  0.0005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  26.22 
 
 		 475 aa  47.4  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25 
 
 		 570 aa  46.6  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1644  putative dehydrogenase protein  35.14 
 
 		 295 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1639  putative dehydrogenase protein  35.14 
 
 		 295 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0272996  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  21.99 
 
 		 567 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  21.99 
 
 		 567 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  21.99 
 
 		 567 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  21.99 
 
 		 567 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2249  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.14 
 
 		 423 aa  46.6  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  21.99 
 
 		 567 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  21.99 
 
 		 567 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  21.99 
 
 		 567 aa  46.6  0.0008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.1 
 
 		 572 aa  46.6  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  21.99 
 
 		 567 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1703  putative ATP/GTP-binding protein  35.14 
 
 		 295 aa  46.6  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1636  putative dehydrogenase protein  35.14 
 
 		 295 aa  46.6  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  21.99 
 
 		 567 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1158  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  31.65 
 
 		 329 aa  46.2  0.0009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.846378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  30.86 
 
 		 572 aa  46.2  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  30.95 
 
 		 535 aa  46.2  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.58 
 
 		 569 aa  46.2  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  32.5 
 
 		 567 aa  45.8  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.5 
 
 		 567 aa  45.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.63 
 
 		 567 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  30.95 
 
 		 548 aa  46.2  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.43 
 
 		 584 aa  45.8  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.1 
 
 		 572 aa  45.8  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  21.47 
 
 		 567 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0441  hypothetical protein  30.88 
 
 		 397 aa  45.8  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.71 
 
 		 549 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  31.25 
 
 		 567 aa  45.1  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.25 
 
 		 567 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.25 
 
 		 567 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.25 
 
 		 567 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.25 
 
 		 567 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.25 
 
 		 567 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  21.47 
 
 		 567 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  21.47 
 
 		 567 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.12 
 
 		 481 aa  45.1  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  21.47 
 
 		 567 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  21.47 
 
 		 567 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>