More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3564 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3564  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 264 aa  524  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0635844  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1531  DeoR family transcriptional regulator  50.19 
 
 		 268 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6298  DeoR family transcriptional regulator  50.19 
 
 		 268 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.7128 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6957  DeoR family transcriptional regulator  50.19 
 
 		 268 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0561  transcriptional regulator, DeoR family  50.59 
 
 		 254 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.725961 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5960  DeoR family transcriptional regulator  49.8 
 
 		 268 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5838  DeoR family transcriptional regulator  53.94 
 
 		 256 aa  236  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2591  DeoR family transcriptional regulator  55.08 
 
 		 258 aa  235  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.759776 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6108  DeoR family transcriptional regulator  51.95 
 
 		 268 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1034  DeoR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 268 aa  209  4e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.631262  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1101  transcriptional regulator, DeoR family  47.35 
 
 		 257 aa  202  4e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4425  DeoR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.612915  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4365  transcriptional regulator, DeoR family  44.17 
 
 		 262 aa  176  5e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1023  DeoR family transcriptional regulator  50 
 
 		 202 aa  162  7e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 254 aa  158  9e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 260 aa  144  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2456  transcriptional regulator, DeoR family  42.32 
 
 		 257 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 257 aa  137  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.97 
 
 		 269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  37.18 
 
 		 258 aa  136  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 256 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3530  transcriptional regulator, DeoR family  35.83 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127721  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  31.82 
 
 		 257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3644  transcriptional regulator, DeoR family  36.22 
 
 		 263 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  34.62 
 
 		 258 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  34.62 
 
 		 258 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 258 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  37.1 
 
 		 258 aa  132  5e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0512  transcriptional regulator, DeoR family  36.07 
 
 		 256 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.826881  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  39.45 
 
 		 254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4204  DeoR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  31.22 
 
 		 252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.66 
 
 		 269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3457  DeoR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 265 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0252866 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2724  DeoR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 260 aa  129  6e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.66 
 
 		 269 aa  129  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.66 
 
 		 269 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  35.66 
 
 		 269 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  35.66 
 
 		 269 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.66 
 
 		 269 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.66 
 
 		 269 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.66 
 
 		 269 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3309  transcriptional regulator, DeoR family  37.44 
 
 		 260 aa  128  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.006875  hitchhiker  0.00121126 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  37.6 
 
 		 256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3557  galactitol utilization operon repressor  37.56 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3617  galactitol utilization operon repressor  37.56 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3449  galactitol utilization operon repressor  37.56 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3451  galactitol utilization operon repressor  37.56 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.717131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3520  galactitol utilization operon repressor  37.56 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  33.33 
 
 		 250 aa  125  6e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  37.21 
 
 		 257 aa  125  6e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  37.67 
 
 		 269 aa  125  6e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 261 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0842  transcriptional regulator, DeoR family  33.91 
 
 		 254 aa  124  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000306507  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  36.99 
 
 		 253 aa  123  3e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4698  transcriptional regulator, DeoR family  37.16 
 
 		 258 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00604276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 260 aa  123  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  31.95 
 
 		 253 aa  123  4e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7844  transcriptional regulator, DeoR family  39.39 
 
 		 255 aa  122  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0958205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5087  transcriptional regulator, DeoR family  41.21 
 
 		 254 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  38.39 
 
 		 248 aa  122  8e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3265  transcriptional regulator, DeoR family  39.66 
 
 		 277 aa  122  8e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.213162  normal  0.0248717 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3281  DeoR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 256 aa  121  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  35.85 
 
 		 254 aa  121  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 264 aa  121  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  33.06 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4603  DeoR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 256 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5197  DeoR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 258 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.342459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0720  DeoR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.528248  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5410  DeoR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.378654  hitchhiker  0.00216246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5292  DeoR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.358766 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  37.44 
 
 		 267 aa  119  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  32.33 
 
 		 254 aa  119  6e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1675  DeoR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 266 aa  119  6e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00609311  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D07  lactose transport regulator  33.48 
 
 		 255 aa  118  7.999999999999999e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5428  DeoR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 258 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  35.5 
 
 		 258 aa  118  9e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1880  transcriptional regulator, DeoR family  34.5 
 
 		 254 aa  117  9.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  31.56 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  31.56 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  34.25 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.56 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2129  transcriptional regulator, DeoR family  35.81 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0932716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5910  transcriptional regulator, DeoR family  38.81 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.874866 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.56 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  31.56 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2404  transcriptional regulator, DeoR family  38.81 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.494443  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2177  transcriptional regulator, DeoR family  36.62 
 
 		 253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0975605  hitchhiker  0.00125188 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.56 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1265  DeoR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 285 aa  117  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.940164  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  32.9 
 
 		 255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.11 
 
 		 257 aa  115  6e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>