More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5428 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5428  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5292  DeoR family transcriptional regulator  99.61 
 
 		 258 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.358766 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5410  DeoR family transcriptional regulator  99.61 
 
 		 258 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.378654  hitchhiker  0.00216246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5197  DeoR family transcriptional regulator  95.74 
 
 		 258 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.342459  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5596  transcriptional regulator, DeoR family  88.63 
 
 		 255 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5118  regulatory protein, DeoR  87.45 
 
 		 255 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5727  DeoR family transcriptional regulator  86.82 
 
 		 258 aa  461  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354415 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4603  DeoR family transcriptional regulator  86.22 
 
 		 256 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73190  GlmR transcriptional regulator  85.83 
 
 		 257 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6351  GlmR transcriptional regulator  85.83 
 
 		 257 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51900  transcriptional regualtory protein, GlmR, DeoR family  81.89 
 
 		 254 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3281  DeoR family transcriptional regulator  68.75 
 
 		 256 aa  365  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3744  regulatory protein, DeoR  68.77 
 
 		 256 aa  362  4e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4742  DeoR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 256 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4235  DeoR family transcriptional regulator  67.86 
 
 		 268 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00275113  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4893  DeoR family transcriptional regulator  69.05 
 
 		 256 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3921  DeoR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 260 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.230254  normal  0.0231627 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4013  DeoR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 256 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0489456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4126  DeoR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 256 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.138481  normal  0.420745 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3840  DeoR family transcriptional regulator  67.19 
 
 		 256 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.897226  hitchhiker  0.000196031 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4503  DeoR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 257 aa  355  5e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.259499  normal  0.116271 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4361  DeoR family transcriptional regulator  66.02 
 
 		 256 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.14783  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4482  DeoR family transcriptional regulator  67.86 
 
 		 256 aa  353  1e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000793967 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3952  DeoR family transcriptional regulator  66.02 
 
 		 256 aa  354  1e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00923928  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00830  transcriptional regulator  68.38 
 
 		 253 aa  351  8e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3640  DeoR family transcriptional regulator  69.29 
 
 		 254 aa  351  8e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000875661  normal  0.0587725 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4362  DeoR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 257 aa  350  8.999999999999999e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0187642  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4943  DeoR family transcriptional regulator  68.25 
 
 		 254 aa  350  1e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4041  transcriptional regulator, DeoR family protein  67.86 
 
 		 256 aa  350  1e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112055  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4306  transcriptional regulator, DeoR family  65.37 
 
 		 257 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000121893 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0038  DeoR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 260 aa  349  2e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001644  transcriptional regulator of GlmS, DeoR family  66.8 
 
 		 253 aa  346  2e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00296274  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3949  chitinase II  69.96 
 
 		 255 aa  346  2e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.985635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2823  putative glucitol operon repressor  64.43 
 
 		 254 aa  334  1e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1537  DeoR family transcriptional regulator  64.14 
 
 		 260 aa  327  1.0000000000000001e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000092764  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3880  DeoR family transcriptional regulator  59.13 
 
 		 276 aa  296  2e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.46923  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03885  transcriptional regulator, DeoR family protein  47.33 
 
 		 269 aa  241  1e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.81593  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  43.63 
 
 		 257 aa  207  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  43.63 
 
 		 257 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  43.63 
 
 		 257 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  43.63 
 
 		 257 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  43.63 
 
 		 257 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  43.63 
 
 		 257 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  43.24 
 
 		 257 aa  205  6e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  43.24 
 
 		 257 aa  205  6e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  43.24 
 
 		 257 aa  204  8e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  43.24 
 
 		 257 aa  204  8e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  43.24 
 
 		 257 aa  204  8e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  43.24 
 
 		 257 aa  204  8e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  43.24 
 
 		 257 aa  204  8e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  43.24 
 
 		 257 aa  204  9e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  41.25 
 
 		 257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0673  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  40.15 
 
 		 269 aa  181  8.000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 257 aa  163  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.06 
 
 		 269 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.557659 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.13 
 
 		 269 aa  158  8e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  39.13 
 
 		 269 aa  158  8e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  39.13 
 
 		 269 aa  158  8e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.13 
 
 		 269 aa  158  8e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.13 
 
 		 269 aa  158  8e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.13 
 
 		 269 aa  158  8e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.13 
 
 		 269 aa  158  9e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.13 
 
 		 269 aa  157  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 261 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 261 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  38.82 
 
 		 269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 256 aa  152  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3557  galactitol utilization operon repressor  36.86 
 
 		 257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3451  galactitol utilization operon repressor  36.86 
 
 		 257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.717131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3449  galactitol utilization operon repressor  36.86 
 
 		 257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3520  galactitol utilization operon repressor  36.86 
 
 		 257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3617  galactitol utilization operon repressor  36.86 
 
 		 257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  34 
 
 		 258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  34 
 
 		 258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  34 
 
 		 258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  40.94 
 
 		 258 aa  145  6e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  35.74 
 
 		 263 aa  145  6e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1557  DeoR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 257 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.839673 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2378  galactitol utilization operon repressor  37.11 
 
 		 257 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1148  galactitol utilization operon repressor  37.11 
 
 		 257 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0974  galactitol utilization operon repressor  37.11 
 
 		 259 aa  144  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.430087 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2226  galactitol utilization operon repressor  37.11 
 
 		 257 aa  144  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3069  galactitol utilization operon repressor  37.11 
 
 		 259 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.377342  hitchhiker  0.0000149488 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 267 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  32.94 
 
 		 252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 288 aa  123  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0119  transcriptional regulator, DeoR family  32.27 
 
 		 252 aa  119  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0113  transcriptional regulator, DeoR family  32.27 
 
 		 253 aa  119  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 254 aa  119  6e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 258 aa  116  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  33.07 
 
 		 254 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1493  DeoR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  30.43 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  32.95 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4365  transcriptional regulator, DeoR family  35.43 
 
 		 262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 255 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>