More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5727 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5727  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 
258 aa  527  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.354415 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5596  transcriptional regulator, DeoR family  88.63 
 
 
255 aa  475  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5118  regulatory protein, DeoR  89.41 
 
 
255 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5197  DeoR family transcriptional regulator  86.43 
 
 
258 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.342459  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5428  DeoR family transcriptional regulator  86.82 
 
 
258 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5410  DeoR family transcriptional regulator  86.43 
 
 
258 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.378654  hitchhiker  0.00216246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5292  DeoR family transcriptional regulator  86.43 
 
 
258 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.358766 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4603  DeoR family transcriptional regulator  82.94 
 
 
256 aa  425  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73190  GlmR transcriptional regulator  84.25 
 
 
257 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6351  GlmR transcriptional regulator  84.25 
 
 
257 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51900  transcriptional regualtory protein, GlmR, DeoR family  82.28 
 
 
254 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4742  DeoR family transcriptional regulator  69.02 
 
 
256 aa  368  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3744  regulatory protein, DeoR  69.84 
 
 
256 aa  368  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4361  DeoR family transcriptional regulator  67.97 
 
 
256 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.14783  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4503  DeoR family transcriptional regulator  67.7 
 
 
257 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.259499  normal  0.116271 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3921  DeoR family transcriptional regulator  68.63 
 
 
260 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.230254  normal  0.0231627 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4013  DeoR family transcriptional regulator  68.63 
 
 
256 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0489456  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4126  DeoR family transcriptional regulator  68.63 
 
 
256 aa  366  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.138481  normal  0.420745 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3840  DeoR family transcriptional regulator  68.36 
 
 
256 aa  363  1e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.897226  hitchhiker  0.000196031 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4893  DeoR family transcriptional regulator  69.05 
 
 
256 aa  363  2e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3952  DeoR family transcriptional regulator  67.58 
 
 
256 aa  362  3e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00923928  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4235  DeoR family transcriptional regulator  67.86 
 
 
268 aa  361  6e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00275113  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4306  transcriptional regulator, DeoR family  67.32 
 
 
257 aa  360  1e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000121893 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3281  DeoR family transcriptional regulator  68.36 
 
 
256 aa  360  1e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4041  transcriptional regulator, DeoR family protein  69.44 
 
 
256 aa  360  1e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112055  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4362  DeoR family transcriptional regulator  67.32 
 
 
257 aa  360  1e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0187642  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3640  DeoR family transcriptional regulator  70.47 
 
 
254 aa  359  2e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000875661  normal  0.0587725 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4482  DeoR family transcriptional regulator  67.46 
 
 
256 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000793967 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0038  DeoR family transcriptional regulator  69.14 
 
 
260 aa  355  2.9999999999999997e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001644  transcriptional regulator of GlmS, DeoR family  68.77 
 
 
253 aa  353  1e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00296274  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00830  transcriptional regulator  68.38 
 
 
253 aa  350  1e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4943  DeoR family transcriptional regulator  68.25 
 
 
254 aa  350  2e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2823  putative glucitol operon repressor  66.01 
 
 
254 aa  341  8e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3949  chitinase II  67.98 
 
 
255 aa  338  5e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.985635  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1537  DeoR family transcriptional regulator  64.54 
 
 
260 aa  327  1.0000000000000001e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000092764  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3880  DeoR family transcriptional regulator  60.47 
 
 
276 aa  301  1e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.46923  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03885  transcriptional regulator, DeoR family protein  46.44 
 
 
269 aa  244  9e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.81593  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  45.67 
 
 
257 aa  211  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  45.67 
 
 
257 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  45.67 
 
 
257 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  45.67 
 
 
257 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  45.67 
 
 
257 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  45.28 
 
 
257 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  45.28 
 
 
257 aa  210  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  45.28 
 
 
257 aa  209  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  45.28 
 
 
257 aa  210  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  45.28 
 
 
257 aa  210  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  45.28 
 
 
257 aa  210  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  45.28 
 
 
257 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  45.28 
 
 
257 aa  210  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  45.28 
 
 
257 aa  209  3e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  44.09 
 
 
257 aa  209  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0673  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  39.62 
 
 
269 aa  180  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  42.13 
 
 
257 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  40.32 
 
 
269 aa  161  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.92 
 
 
269 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  39.92 
 
 
269 aa  160  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.92 
 
 
269 aa  160  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.92 
 
 
269 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.92 
 
 
269 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.92 
 
 
269 aa  160  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  39.92 
 
 
269 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  39.53 
 
 
269 aa  159  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  40.55 
 
 
269 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  37.65 
 
 
261 aa  156  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  37.65 
 
 
261 aa  156  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
260 aa  155  8e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
261 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3451  galactitol utilization operon repressor  38.04 
 
 
257 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.717131  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3520  galactitol utilization operon repressor  38.04 
 
 
257 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3069  galactitol utilization operon repressor  40.93 
 
 
259 aa  150  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.377342  hitchhiker  0.0000149488 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1148  galactitol utilization operon repressor  40.93 
 
 
257 aa  150  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1557  DeoR family transcriptional regulator  40.93 
 
 
257 aa  150  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.839673 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2226  galactitol utilization operon repressor  40.93 
 
 
257 aa  150  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3557  galactitol utilization operon repressor  38.04 
 
 
257 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2378  galactitol utilization operon repressor  40.93 
 
 
257 aa  150  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3449  galactitol utilization operon repressor  38.04 
 
 
257 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3617  galactitol utilization operon repressor  38.04 
 
 
257 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0974  galactitol utilization operon repressor  40.93 
 
 
259 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.430087 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  37.64 
 
 
263 aa  149  6e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
256 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  40.78 
 
 
258 aa  143  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  36 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  33.6 
 
 
258 aa  138  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
258 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  33.6 
 
 
258 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
253 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0119  transcriptional regulator, DeoR family  33.2 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  32.05 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0113  transcriptional regulator, DeoR family  32.81 
 
 
253 aa  119  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  34.5 
 
 
257 aa  119  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  34.16 
 
 
257 aa  118  9e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03230  transcriptional regulator, DeoR family  31.5 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.65196e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
255 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
255 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
255 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
254 aa  115  8.999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2643  DeoR family transcriptional regulator  32.51 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00470761  hitchhiker  0.000206401 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  32.94 
 
 
254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>