More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03885 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03885  transcriptional regulator, DeoR family protein  100 
 
 
269 aa  546  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.81593  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4943  DeoR family transcriptional regulator  48.47 
 
 
254 aa  254  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5118  regulatory protein, DeoR  48.47 
 
 
255 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4235  DeoR family transcriptional regulator  47.37 
 
 
268 aa  250  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00275113  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5197  DeoR family transcriptional regulator  48.85 
 
 
258 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.342459  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4482  DeoR family transcriptional regulator  47.33 
 
 
256 aa  250  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000793967 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5596  transcriptional regulator, DeoR family  49.22 
 
 
255 aa  249  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001644  transcriptional regulator of GlmS, DeoR family  48.47 
 
 
253 aa  248  5e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00296274  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3281  DeoR family transcriptional regulator  48.82 
 
 
256 aa  249  5e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0038  DeoR family transcriptional regulator  47.71 
 
 
260 aa  248  8e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1537  DeoR family transcriptional regulator  50.39 
 
 
260 aa  248  9e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000092764  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4603  DeoR family transcriptional regulator  46.95 
 
 
256 aa  246  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3640  DeoR family transcriptional regulator  48.09 
 
 
254 aa  246  3e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000875661  normal  0.0587725 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4041  transcriptional regulator, DeoR family protein  47.71 
 
 
256 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112055  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3880  DeoR family transcriptional regulator  51.15 
 
 
276 aa  245  6e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.46923  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5727  DeoR family transcriptional regulator  46.44 
 
 
258 aa  244  9e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.354415 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4503  DeoR family transcriptional regulator  45.69 
 
 
257 aa  244  9e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.259499  normal  0.116271 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4361  DeoR family transcriptional regulator  45.8 
 
 
256 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.14783  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4742  DeoR family transcriptional regulator  46.56 
 
 
256 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4893  DeoR family transcriptional regulator  45.8 
 
 
256 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3952  DeoR family transcriptional regulator  45.8 
 
 
256 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00923928  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5410  DeoR family transcriptional regulator  47.71 
 
 
258 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.378654  hitchhiker  0.00216246 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4126  DeoR family transcriptional regulator  47.15 
 
 
256 aa  243  3e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.138481  normal  0.420745 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5292  DeoR family transcriptional regulator  47.71 
 
 
258 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.358766 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4306  transcriptional regulator, DeoR family  45.32 
 
 
257 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000121893 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3921  DeoR family transcriptional regulator  47.15 
 
 
260 aa  242  5e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.230254  normal  0.0231627 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4013  DeoR family transcriptional regulator  47.15 
 
 
256 aa  242  5e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0489456  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5428  DeoR family transcriptional regulator  47.33 
 
 
258 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3840  DeoR family transcriptional regulator  46.18 
 
 
256 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.897226  hitchhiker  0.000196031 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3744  regulatory protein, DeoR  47.33 
 
 
256 aa  240  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00830  transcriptional regulator  45.86 
 
 
253 aa  240  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4362  DeoR family transcriptional regulator  45.32 
 
 
257 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0187642  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3949  chitinase II  48.85 
 
 
255 aa  238  9e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.985635  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51900  transcriptional regualtory protein, GlmR, DeoR family  48.5 
 
 
254 aa  238  9e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73190  GlmR transcriptional regulator  49.24 
 
 
257 aa  237  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6351  GlmR transcriptional regulator  49.24 
 
 
257 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2823  putative glucitol operon repressor  46.18 
 
 
254 aa  236  2e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3574  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.23 
 
 
257 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.74 
 
 
257 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.74 
 
 
257 aa  179  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  37.36 
 
 
257 aa  178  8e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  37.36 
 
 
257 aa  178  8e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  37.36 
 
 
257 aa  178  8e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.36 
 
 
257 aa  178  8e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.36 
 
 
257 aa  178  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.36 
 
 
257 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  36.6 
 
 
257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0673  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  38.18 
 
 
269 aa  171  1e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.13 
 
 
257 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.13 
 
 
257 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.13 
 
 
257 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.13 
 
 
257 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  37.13 
 
 
257 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.16 
 
 
269 aa  158  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.24 
 
 
269 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  34.24 
 
 
269 aa  152  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  34.24 
 
 
269 aa  152  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  34.24 
 
 
269 aa  152  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  34.24 
 
 
269 aa  152  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  34.24 
 
 
269 aa  152  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  34.24 
 
 
269 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  34.24 
 
 
269 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  33.98 
 
 
269 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3069  galactitol utilization operon repressor  35.83 
 
 
259 aa  149  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.377342  hitchhiker  0.0000149488 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3449  galactitol utilization operon repressor  36.08 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0974  galactitol utilization operon repressor  35.43 
 
 
259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.430087 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1148  galactitol utilization operon repressor  35.43 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2378  galactitol utilization operon repressor  35.43 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1557  DeoR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.839673 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3557  galactitol utilization operon repressor  36.08 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2226  galactitol utilization operon repressor  35.43 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3451  galactitol utilization operon repressor  36.08 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.717131  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3520  galactitol utilization operon repressor  36.08 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  36.51 
 
 
260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3617  galactitol utilization operon repressor  36.08 
 
 
257 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  36.57 
 
 
258 aa  143  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  33.72 
 
 
258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  33.72 
 
 
258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  33.72 
 
 
258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
261 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  33.21 
 
 
263 aa  136  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
253 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
257 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
267 aa  119  7.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1182  DeoR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
286 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.330735  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3032  DeoR family transcriptional regulator  32.05 
 
 
255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3139  transcriptional regulator, DeoR family  32.05 
 
 
255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02585  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.66 
 
 
265 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0953  transcriptional regulator, DeoR family  31.66 
 
 
255 aa  113  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2873  DeoR family transcriptional regulator  31.66 
 
 
255 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0977  DeoR family transcriptional regulator  31.66 
 
 
255 aa  113  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.96922  normal  0.682272 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02550  hypothetical protein  31.66 
 
 
265 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
260 aa  113  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
255 aa  112  5e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
255 aa  112  5e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>