More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1952 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 302 aa  594  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.4 
 
 		 304 aa  471  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.42 
 
 		 303 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  78.93 
 
 		 303 aa  424  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.14 
 
 		 303 aa  422  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.32 
 
 		 303 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  64.73 
 
 		 300 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.73 
 
 		 300 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  67.6 
 
 		 325 aa  383  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  64.65 
 
 		 300 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  65.38 
 
 		 304 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.72 
 
 		 296 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.88 
 
 		 300 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.67 
 
 		 308 aa  363  2e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.16 
 
 		 300 aa  361  1e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.96 
 
 		 308 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.44 
 
 		 311 aa  356  2.9999999999999997e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753458  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.6 
 
 		 302 aa  353  2e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  60.8 
 
 		 303 aa  352  4e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.8 
 
 		 303 aa  352  4e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.07 
 
 		 296 aa  352  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  62.2 
 
 		 303 aa  349  3e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4096  dipeptide transporter  61.87 
 
 		 300 aa  349  3e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.3 
 
 		 308 aa  348  7e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0046  dipeptide transporter  62.21 
 
 		 300 aa  348  7e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  61.86 
 
 		 303 aa  348  8e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.3 
 
 		 308 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  62.06 
 
 		 302 aa  347  2e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.41 
 
 		 302 aa  347  2e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.3 
 
 		 308 aa  345  4e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0186  dipeptide transporter  63.88 
 
 		 300 aa  342  5e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.20174  normal  0.704815 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3905  dipeptide transporter  62.33 
 
 		 299 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3904  dipeptide transporter  63.55 
 
 		 300 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.247194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3826  dipeptide transporter  63.55 
 
 		 300 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3948  dipeptide transporter  63.55 
 
 		 300 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4008  dipeptide transporter  63.55 
 
 		 300 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.912863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3840  dipeptide transporter  63.55 
 
 		 300 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1584  dipeptide ABC transporter, permease protein  60.99 
 
 		 293 aa  335  3.9999999999999995e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.731145  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.7 
 
 		 305 aa  333  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.197618 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0140  dipeptide transporter  61.87 
 
 		 300 aa  333  2e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  56 
 
 		 301 aa  330  2e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.99 
 
 		 305 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.380903 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.99 
 
 		 305 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.99 
 
 		 305 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.46 
 
 		 305 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4910  dipeptide transporter  64.55 
 
 		 300 aa  328  8e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03393  dipeptide transporter  64.55 
 
 		 300 aa  328  8e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.55 
 
 		 300 aa  328  8e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03344  hypothetical protein  64.55 
 
 		 300 aa  328  8e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3741  dipeptide transporter  64.55 
 
 		 300 aa  328  8e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3861  dipeptide transporter  64.55 
 
 		 300 aa  328  8e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0173  dipeptide transporter  64.55 
 
 		 300 aa  328  8e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4034  dipeptide transporter  64.55 
 
 		 300 aa  328  8e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0184  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  58.78 
 
 		 305 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.78 
 
 		 305 aa  325  6e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0051  dipeptide transporter  61.87 
 
 		 300 aa  324  1e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.644242  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3989  dipeptide transporter  62.21 
 
 		 298 aa  323  2e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4058  dipeptide transporter  60.2 
 
 		 300 aa  319  3.9999999999999996e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0090  dipeptide transporter  60.2 
 
 		 300 aa  319  3.9999999999999996e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.448882  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4073  dipeptide transporter  60.2 
 
 		 300 aa  319  3.9999999999999996e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.99 
 
 		 305 aa  315  8e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.99 
 
 		 305 aa  315  8e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12500  dipeptide ABC transporter, inner membrane permease component  62.76 
 
 		 299 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0323482  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0222  dipeptide transport system permease protein  60.99 
 
 		 305 aa  310  1e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6390  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  60.99 
 
 		 305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.472877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0439  dipeptide transport system permease protein  59.57 
 
 		 305 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.760641  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0258  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC  59.57 
 
 		 313 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0245  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC  59.57 
 
 		 313 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.7 
 
 		 299 aa  279  4e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 		 296 aa  274  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  50.17 
 
 		 317 aa  272  4.0000000000000004e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.24 
 
 		 287 aa  271  9e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.08 
 
 		 296 aa  271  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010262 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 		 309 aa  268  5.9999999999999995e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.88 
 
 		 299 aa  267  1e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 		 296 aa  268  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.73 
 
 		 296 aa  267  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0757763  hitchhiker  0.0000231054 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.55 
 
 		 296 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00863619 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2652  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.55 
 
 		 296 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.55 
 
 		 296 aa  266  4e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.162535  normal  0.0684002 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 		 304 aa  265  5e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.17 
 
 		 280 aa  263  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.44 
 
 		 296 aa  263  3e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.170026 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1803  peptide ABC transporter, permease protein  48.39 
 
 		 296 aa  262  4e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.67 
 
 		 296 aa  262  4e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.350428 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.67 
 
 		 296 aa  262  4e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.67 
 
 		 296 aa  262  4e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.381943  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.67 
 
 		 296 aa  262  4e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.67 
 
 		 296 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.208086  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 		 280 aa  262  6e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1233  peptide ABC transporter, permease protein  44.03 
 
 		 296 aa  259  4e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 		 294 aa  258  6e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2582  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.95 
 
 		 296 aa  258  6e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.03 
 
 		 310 aa  255  6e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.73 
 
 		 305 aa  254  9e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 		 295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.7 
 
 		 311 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 		 285 aa  252  7e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.19 
 
 		 274 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  44.19 
 
 		 299 aa  251  9.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>