More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1100 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1100  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
311 aa  628  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0016702  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.97 
 
 
322 aa  332  5e-90  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.396467  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.72 
 
 
327 aa  317  2e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0175684  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06940  hypothetical protein  51.92 
 
 
329 aa  305  7e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.05 
 
 
302 aa  258  8e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 
313 aa  236  4e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.149421  normal  0.0970123 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
316 aa  222  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0497455  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
316 aa  218  7e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.2607 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
328 aa  215  7e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.913769 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19290  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.85 
 
 
328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0926617  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
316 aa  206  4e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal  0.0136241 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.98 
 
 
328 aa  204  2e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.152171  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.55 
 
 
311 aa  198  7.999999999999999e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3307  sugar transport system (permease)  39.29 
 
 
325 aa  197  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.175437 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0935  multiple sugar transport system permease protein  37.88 
 
 
328 aa  195  8.000000000000001e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.36894  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
335 aa  195  8.000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0186858  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
309 aa  195  9e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
328 aa  189  5.999999999999999e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382252 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
338 aa  187  2e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00254991 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.22 
 
 
322 aa  187  3e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.946878  normal  0.637369 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
298 aa  187  3e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08410  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.43 
 
 
379 aa  186  5e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.166742 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.455385  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
331 aa  183  3e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
323 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000203032 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
300 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
334 aa  181  1e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.804974 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.67 
 
 
320 aa  180  2e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495335  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11610  permease component of ABC-type sugar transporter  34.77 
 
 
311 aa  180  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.117578  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
334 aa  177  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
365 aa  178  1e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
315 aa  177  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000228392  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
296 aa  177  2e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283647  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2838  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.58 
 
 
346 aa  176  4e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.073402  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
309 aa  176  6e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0841  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  34.41 
 
 
337 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.203798 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
309 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29330  permease component of ABC-type sugar transporter  37.2 
 
 
321 aa  170  4e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6585  lactose transport system (permease)  36.46 
 
 
306 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.21 
 
 
300 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21160  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.27 
 
 
314 aa  167  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103465  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
295 aa  167  2e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3963  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0380307  normal  0.973635 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7172  sugar transport system (permease)  36.43 
 
 
323 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
295 aa  166  5e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000506379  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172129  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.21 
 
 
306 aa  165  9e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.157384  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000249122  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
309 aa  162  6e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
291 aa  160  3e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0196347  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
286 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.453278  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.01 
 
 
313 aa  158  9e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.97 
 
 
305 aa  158  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
299 aa  158  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.175132  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.11 
 
 
299 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 
286 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728774  normal  0.302995 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
306 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.739705  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
316 aa  157  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.03 
 
 
318 aa  157  3e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000473727  hitchhiker  0.00124128 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0461  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.1 
 
 
301 aa  156  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0667876 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.21 
 
 
308 aa  156  4e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.36 
 
 
299 aa  156  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.426381  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.68 
 
 
294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
305 aa  155  6e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00457854  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1290  ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 
311 aa  155  6e-37  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
293 aa  155  7e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3147  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
319 aa  155  8e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00382098  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
297 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.185813 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.68 
 
 
317 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  33.45 
 
 
293 aa  154  2e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
317 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.10809  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
313 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000239391  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
306 aa  151  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
353 aa  150  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
356 aa  150  3e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.87 
 
 
307 aa  150  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  32.97 
 
 
287 aa  149  6e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
300 aa  149  6e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.03 
 
 
316 aa  149  6e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8235  ABC transporter, permease protein  32.03 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2833  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0200859  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.66 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.67 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.181942  normal  0.51159 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
299 aa  147  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000030377  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  35.43 
 
 
307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
308 aa  146  5e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.283214  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29020  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.3 
 
 
275 aa  145  6e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
293 aa  145  6e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990678  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.979447  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0640497  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12077  sugar ABC transporter membrane protein  33.68 
 
 
300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
283 aa  145  7.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
299 aa  145  8.000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1315  ABC transporter, permease protein  35.47 
 
 
301 aa  145  1e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
321 aa  145  1e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00881  ABC transporter sugar permease  34.84 
 
 
294 aa  145  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0244413  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
314 aa  144  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
311 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
307 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.277747  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>