More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3963 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_3963  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
326 aa  651    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0380307  normal  0.973635 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.99 
 
 
324 aa  365  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.455385  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.31 
 
 
320 aa  348  5e-95  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495335  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3307  sugar transport system (permease)  47.96 
 
 
325 aa  294  2e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.175437 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0935  multiple sugar transport system permease protein  46.01 
 
 
328 aa  282  5.000000000000001e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.36894  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
316 aa  279  4e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal  0.0136241 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.65 
 
 
334 aa  278  7e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7172  sugar transport system (permease)  49.82 
 
 
323 aa  276  3e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
335 aa  274  1.0000000000000001e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0186858  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0841  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  46.39 
 
 
337 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.203798 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.152171  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.75 
 
 
328 aa  249  4e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382252 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2838  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.59 
 
 
346 aa  249  6e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.073402  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.33 
 
 
309 aa  248  8e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.49 
 
 
322 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.946878  normal  0.637369 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
338 aa  245  6.999999999999999e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00254991 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.81 
 
 
323 aa  243  5e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000203032 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
331 aa  240  2.9999999999999997e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08410  carbohydrate ABC transporter membrane protein  41.16 
 
 
379 aa  238  1e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.166742 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.804974 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19290  carbohydrate ABC transporter membrane protein  42.06 
 
 
328 aa  233  2.0000000000000002e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0926617  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1892  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  49.11 
 
 
323 aa  224  1e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.254377 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
328 aa  223  3e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.913769 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.07 
 
 
311 aa  222  8e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
365 aa  221  9.999999999999999e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1100  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.01 
 
 
311 aa  200  3e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0016702  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0497455  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.396467  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
327 aa  194  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0175684  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
316 aa  189  4e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.2607 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
286 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728774  normal  0.302995 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
302 aa  185  9e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.57 
 
 
286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.453278  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
315 aa  179  7e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000228392  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
308 aa  178  1e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172129  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
291 aa  177  2e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0196347  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6585  lactose transport system (permease)  40.82 
 
 
306 aa  176  5e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.36 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
306 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.739705  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 
299 aa  171  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.426381  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
305 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
298 aa  169  6e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
316 aa  169  8e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
313 aa  168  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
313 aa  168  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000239391  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
303 aa  168  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000249122  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
309 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3250  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  39.36 
 
 
310 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.175132  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11610  permease component of ABC-type sugar transporter  34.85 
 
 
311 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.117578  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
356 aa  163  3e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.32 
 
 
325 aa  163  3e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.778687  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
311 aa  163  5.0000000000000005e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17058  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
295 aa  162  6e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000506379  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06940  hypothetical protein  32.75 
 
 
329 aa  162  6e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
299 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
293 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0737  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.36 
 
 
293 aa  162  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  35.38 
 
 
320 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
318 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
295 aa  160  2e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
293 aa  161  2e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
313 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.149421  normal  0.0970123 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
299 aa  160  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0204  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.81 
 
 
299 aa  160  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.497209  normal  0.169553 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.36 
 
 
293 aa  160  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
279 aa  159  4e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.232459 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
314 aa  159  4e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  35.8 
 
 
293 aa  160  4e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.24 
 
 
316 aa  159  5e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.264329 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
292 aa  159  7e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
318 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0625824  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0477  ABC tranporter, permease protein  32.25 
 
 
315 aa  159  8e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12077  sugar ABC transporter membrane protein  31.07 
 
 
300 aa  158  9e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
309 aa  159  9e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.36 
 
 
279 aa  158  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.983189  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
296 aa  158  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.467118  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
296 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
297 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.185813 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
296 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.963086  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
353 aa  157  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.69 
 
 
318 aa  156  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
318 aa  156  6e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1691  oligogalacturonide ABC tansporter, permease protein  33.83 
 
 
296 aa  155  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.041328  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
296 aa  155  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
306 aa  155  7e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.157384  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
320 aa  154  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230008  normal  0.429544 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0461  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.16 
 
 
301 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0667876 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.48 
 
 
321 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1969  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
296 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2645  oligogalacturonide ABC tansporter, permease  34.21 
 
 
296 aa  154  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.952468  normal  0.0439933 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
296 aa  154  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.243021 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 
298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
309 aa  153  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
294 aa  153  4e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.550241  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.57 
 
 
305 aa  153  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0563  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.85 
 
 
294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.22835  normal  0.0558608 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>