More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0161 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0161  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 265 aa  526  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.445955  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1501  extracellular solute-binding protein  91.7 
 
 		 265 aa  473  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4065  extracellular solute-binding protein  79.62 
 
 		 264 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0712099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3667  extracellular solute-binding protein family 3  61.11 
 
 		 266 aa  300  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.200232  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3211  extracellular solute-binding protein  60.71 
 
 		 263 aa  292  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  58.58 
 
 		 266 aa  291  5e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  54.17 
 
 		 269 aa  272  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  54.84 
 
 		 261 aa  269  4e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  53.63 
 
 		 261 aa  264  8.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  52.16 
 
 		 261 aa  262  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  52.16 
 
 		 261 aa  261  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  54.29 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  53.42 
 
 		 261 aa  257  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  55.16 
 
 		 261 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  48.5 
 
 		 260 aa  248  6e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  52.02 
 
 		 261 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  49.57 
 
 		 263 aa  241  7e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  48.19 
 
 		 267 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  48.72 
 
 		 275 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  47.58 
 
 		 267 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  49.15 
 
 		 275 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  45.7 
 
 		 268 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  50.45 
 
 		 266 aa  229  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0907  extracellular solute-binding protein family 3  47.13 
 
 		 254 aa  229  5e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  45.31 
 
 		 268 aa  228  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0877  extracellular solute-binding protein family 3  48.25 
 
 		 240 aa  226  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.53 
 
 		 262 aa  226  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  45.31 
 
 		 263 aa  226  3e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  46.53 
 
 		 262 aa  226  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.29 
 
 		 267 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  46.06 
 
 		 263 aa  225  5.0000000000000005e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  46.93 
 
 		 247 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  45.49 
 
 		 268 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  47.37 
 
 		 274 aa  221  9e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  45.63 
 
 		 274 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  45.71 
 
 		 262 aa  221  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  44.71 
 
 		 268 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0230  extracellular solute-binding protein  47.41 
 
 		 268 aa  219  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  45.63 
 
 		 274 aa  218  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  45.24 
 
 		 274 aa  217  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  45.92 
 
 		 269 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  44.3 
 
 		 265 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  38.78 
 
 		 275 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  40.79 
 
 		 266 aa  174  9e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 260 aa  174  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  38.84 
 
 		 273 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  41.2 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  34.69 
 
 		 265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  38.03 
 
 		 268 aa  159  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  38.15 
 
 		 265 aa  156  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  38.1 
 
 		 268 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 		 267 aa  152  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  39.5 
 
 		 263 aa  152  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  41.04 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 275 aa  145  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 		 269 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  36.96 
 
 		 266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 268 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 		 265 aa  131  9e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5457  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  34.17 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  33.05 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  31.7 
 
 		 276 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  31.43 
 
 		 274 aa  115  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0693  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding lipoprotein  30.92 
 
 		 275 aa  115  6e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  31.25 
 
 		 276 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  28.96 
 
 		 278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  32.78 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  28.29 
 
 		 284 aa  105  8e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  31.66 
 
 		 265 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  32.24 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  31.62 
 
 		 266 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3922  extracellular solute-binding protein family 3  29.33 
 
 		 282 aa  102  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.998829  normal  0.0650452 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  31 
 
 		 283 aa  102  6e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6380  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6613  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0305717 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6211  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  32.05 
 
 		 278 aa  102  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  28.02 
 
 		 266 aa  102  8e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  28.02 
 
 		 285 aa  102  9e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  28.79 
 
 		 265 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  31.22 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 247 aa  100  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  30.8 
 
 		 264 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0290  acriflavine resistance protein  31.28 
 
 		 288 aa  99.4  6e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  30.31 
 
 		 266 aa  99  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  30.38 
 
 		 264 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  27.63 
 
 		 285 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  30.15 
 
 		 258 aa  98.2  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  27.63 
 
 		 266 aa  97.8  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2434  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.79 
 
 		 274 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21410  ABC transporter, substrate binding protein, family 3  28.14 
 
 		 292 aa  97.4  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.334752  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.8 
 
 		 271 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3928  extracellular solute-binding protein family 3  28.51 
 
 		 265 aa  97.4  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.259325  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 		 267 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  31.67 
 
 		 278 aa  97.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 		 271 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  27.24 
 
 		 266 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 271 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 		 271 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>