287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3391 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  100 
 
 
328 aa  665    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  81.54 
 
 
349 aa  537  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  81.85 
 
 
349 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  60.63 
 
 
337 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  60.63 
 
 
337 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4038  NMT1/THI5 like domain protein  58.7 
 
 
356 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  60.44 
 
 
337 aa  411  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  60.63 
 
 
337 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  60.32 
 
 
337 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  60.63 
 
 
337 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  60.63 
 
 
337 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  60.32 
 
 
364 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  60.77 
 
 
334 aa  403  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3218  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  59.62 
 
 
334 aa  402  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3959  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.27 
 
 
336 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  60.58 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4035  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  59.27 
 
 
339 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0026  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  60.38 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0035  NMT1/THI5-like domain-containing protein  60.06 
 
 
334 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0495  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.69 
 
 
339 aa  396  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106589  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0036  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  60.26 
 
 
334 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0034  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  60.26 
 
 
334 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  52.29 
 
 
348 aa  360  3e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  52.62 
 
 
336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  53.59 
 
 
345 aa  354  1e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5343  putative ABC transporter, substrate-binding protein  55.23 
 
 
337 aa  354  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5063  putative ABC transporter, substrate-binding protein  54.9 
 
 
337 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  52.96 
 
 
336 aa  350  1e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  52.63 
 
 
303 aa  342  5e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0952  putative substrate-binding component of ABC transporter  47.2 
 
 
332 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0791916  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  37.39 
 
 
349 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  37.08 
 
 
349 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  38.11 
 
 
349 aa  225  7e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  38.14 
 
 
341 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  37.86 
 
 
340 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  38.2 
 
 
332 aa  221  9.999999999999999e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  37.85 
 
 
333 aa  220  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 
341 aa  219  7e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  36.42 
 
 
342 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  35.89 
 
 
340 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  36.48 
 
 
347 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  35.71 
 
 
349 aa  209  6e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  37.67 
 
 
334 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  37.67 
 
 
334 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  35.39 
 
 
344 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36.27 
 
 
338 aa  202  7e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  36.48 
 
 
347 aa  202  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.58 
 
 
346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  34.95 
 
 
344 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  36.81 
 
 
345 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  36.06 
 
 
346 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5603  ABC transporter substrate-binding protein  35.53 
 
 
376 aa  193  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.939883 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.81 
 
 
345 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  35.18 
 
 
345 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  33.98 
 
 
348 aa  183  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  32.38 
 
 
346 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  34.29 
 
 
332 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  35.95 
 
 
361 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  35.43 
 
 
332 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2648  putative signal peptide protein  34.59 
 
 
353 aa  177  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00493903 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  30.67 
 
 
346 aa  176  5e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  31.89 
 
 
371 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  33.79 
 
 
336 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0589  putative signal peptide protein  32.03 
 
 
355 aa  152  7e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.66482  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  28.66 
 
 
340 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  29.53 
 
 
391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1814  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  26.83 
 
 
322 aa  69.7  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.641284  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  22.1 
 
 
337 aa  69.3  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0406  NMT1/THI5 like domain protein  23.75 
 
 
334 aa  67.4  0.0000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4888  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  24.09 
 
 
339 aa  67  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108184  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2659  NMT1/THI5 like domain protein  29.94 
 
 
324 aa  66.6  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000535056  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1347  NMT1/THI5-like domain-containing protein  22.73 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1134  NMT1/THI5 like domain protein  24.22 
 
 
365 aa  65.9  0.0000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.334038 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5921  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.69 
 
 
302 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  0.23339 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4355  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  22.35 
 
 
334 aa  63.9  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.0000418029  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1647  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  21.95 
 
 
324 aa  63.5  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2570  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.59 
 
 
321 aa  62.8  0.000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2525  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.59 
 
 
321 aa  62.8  0.000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.610523  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1144  NMT1/THI5 like domain protein  21.92 
 
 
357 aa  62  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144377  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0769  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.96 
 
 
354 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2720  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 
325 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1430  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.28 
 
 
314 aa  60.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2969  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  26.82 
 
 
321 aa  60.8  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381415  normal  0.757286 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.76 
 
 
1075 aa  60.8  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2612  hypothetical protein  26.42 
 
 
347 aa  60.5  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0016523  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2575  hypothetical protein  19.69 
 
 
336 aa  60.5  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.225151  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2562  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.64 
 
 
321 aa  60.1  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2620  NMT1/THI5 like domain protein  23.87 
 
 
328 aa  59.7  0.00000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.985405  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3641  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 
319 aa  59.3  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0351893  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  24.9 
 
 
364 aa  59.3  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2963  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  26.84 
 
 
341 aa  59.3  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0954314  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2782  NLPA lipoprotein  25.35 
 
 
319 aa  58.9  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0743027  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1035  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  23.26 
 
 
349 aa  58.9  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2986  NMT1/THI5 like domain protein  25.48 
 
 
354 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1234  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  26.47 
 
 
352 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0212  hypothetical protein  25.37 
 
 
325 aa  58.5  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000728433  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11510  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  20.21 
 
 
336 aa  58.2  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000048144  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0806  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  21.09 
 
 
328 aa  58.5  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.488938  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1836  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transport systems, periplasmic component  20.78 
 
 
340 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0408  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.11 
 
 
438 aa  57.4  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>