57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1074 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1005  Peptidoglycan-binding LysM  69.64 
 
 		 559 aa  788    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0784845  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1074  signal peptide protein  100 
 
 		 568 aa  1127    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.107534  normal  0.60277 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0940  Peptidoglycan-binding LysM  69.11 
 
 		 559 aa  789    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.147374 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4163  hypothetical protein  40.15 
 
 		 556 aa  346  7e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.868125  normal  0.304031 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4942  peptidoglycan-binding LysM  43.46 
 
 		 558 aa  344  2.9999999999999997e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2915  Peptidoglycan-binding LysM  30.41 
 
 		 566 aa  193  6e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5417  peptidoglycan-binding LysM  31.36 
 
 		 591 aa  184  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  29.45 
 
 		 543 aa  178  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1169  peptidoglycan-binding LysM  31.26 
 
 		 554 aa  171  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000824633  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1878  peptidoglycan-binding LysM  34.11 
 
 		 446 aa  162  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0622625 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1437  peptidoglycan-binding LysM  32.67 
 
 		 453 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0955  peptidoglycan-binding LysM  32.67 
 
 		 453 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.310452  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1356  peptidoglycan-binding LysM  32.01 
 
 		 453 aa  153  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1415  peptidoglycan-binding LysM  32.67 
 
 		 453 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1317  peptidoglycan-binding LysM  32.26 
 
 		 453 aa  153  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2531  peptidoglycan-binding LysM  27.13 
 
 		 548 aa  151  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.796598  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4581  peptidoglycan-binding LysM  33.17 
 
 		 453 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0994346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2637  LysM domain-containing protein  31.41 
 
 		 454 aa  147  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0923  LysM domain-containing protein  30.48 
 
 		 454 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1456  LysM domain-containing protein  30.48 
 
 		 448 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0426  LysM domain-containing protein  30.48 
 
 		 448 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.718442  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1665  lysM domain-containing protein  30.48 
 
 		 454 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1687  lysM domain-containing protein  30.48 
 
 		 454 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.482886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0737  LysM domain-containing protein  30.48 
 
 		 448 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.990238  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4992  putative peptidoglycan-binding LysM  32.1 
 
 		 484 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.911035  normal  0.0172735 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1842  LysM domain-containing protein  30.48 
 
 		 454 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1660  putative peptidoglycan-binding LysM  31.85 
 
 		 484 aa  138  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0342216 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0582  hypothetical protein  27.08 
 
 		 463 aa  127  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000319564  normal  0.0200907 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4741  peptidoglycan-binding LysM  28.96 
 
 		 394 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11650  hypothetical protein  31.6 
 
 		 333 aa  98.2  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1070  hypothetical protein  29.49 
 
 		 335 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1324  hypothetical protein  29.63 
 
 		 231 aa  52.8  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.311232  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4449  peptidoglycan-binding LysM  38.24 
 
 		 407 aa  52.4  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0490  peptidoglycan-binding LysM  43.08 
 
 		 291 aa  50.4  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000860962  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18170  hypothetical protein  28.47 
 
 		 378 aa  49.7  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000581203  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  37.21 
 
 		 333 aa  49.3  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2621  hypothetical protein  32.2 
 
 		 287 aa  47.4  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.829749  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0038  putative periplasmic protein  28.57 
 
 		 290 aa  47  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0958409  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26580  LysM domain-containing protein  43.75 
 
 		 219 aa  46.6  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0191471  normal  0.545642 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0299  anti-FecI sigma factor, FecR  29.2 
 
 		 1334 aa  46.6  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  39.58 
 
 		 380 aa  45.8  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  35.09 
 
 		 335 aa  46.2  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1405  hypothetical protein  33.71 
 
 		 155 aa  45.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  30.4 
 
 		 331 aa  45.8  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0334  hypothetical protein  25.44 
 
 		 664 aa  45.8  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3500  hypothetical protein  29.91 
 
 		 452 aa  45.4  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.496991  normal  0.934019 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  34.83 
 
 		 338 aa  45.4  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1052  Peptidoglycan-binding LysM  43.75 
 
 		 219 aa  45.4  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  35.23 
 
 		 335 aa  44.7  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2717  hypothetical protein  27.56 
 
 		 412 aa  45.1  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.920172  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2370  TPR repeat-containing protein  25.37 
 
 		 1272 aa  44.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0364694 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2701  FecR protein  25.37 
 
 		 1237 aa  44.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0375839  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1985  hypothetical protein  25.51 
 
 		 924 aa  44.7  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.063002  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0282  anti-FecI sigma factor, FecR  30.77 
 
 		 1381 aa  43.9  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32 
 
 		 954 aa  43.9  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1523  hypothetical protein  27.8 
 
 		 412 aa  43.9  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.03932e-19 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1770  3D domain-containing protein  28.15 
 
 		 526 aa  43.5  0.01  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.103231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>