55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1317 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1356  peptidoglycan-binding LysM  98.45 
 
 		 453 aa  905    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1415  peptidoglycan-binding LysM  89.85 
 
 		 453 aa  781    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1878  peptidoglycan-binding LysM  83.37 
 
 		 446 aa  733    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0622625 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4581  peptidoglycan-binding LysM  89.4 
 
 		 453 aa  784    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0994346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1437  peptidoglycan-binding LysM  89.62 
 
 		 453 aa  775    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1317  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 453 aa  915    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0955  peptidoglycan-binding LysM  89.62 
 
 		 453 aa  775    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.310452  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2637  LysM domain-containing protein  65.47 
 
 		 454 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0923  LysM domain-containing protein  65.14 
 
 		 454 aa  559  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0737  LysM domain-containing protein  65.14 
 
 		 448 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.990238  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1842  LysM domain-containing protein  65.14 
 
 		 454 aa  558  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1687  lysM domain-containing protein  65.14 
 
 		 454 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.482886  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1665  lysM domain-containing protein  65.14 
 
 		 454 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0426  LysM domain-containing protein  65.14 
 
 		 448 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.718442  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1456  LysM domain-containing protein  65.14 
 
 		 448 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4992  putative peptidoglycan-binding LysM  54.23 
 
 		 484 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.911035  normal  0.0172735 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1660  putative peptidoglycan-binding LysM  51.54 
 
 		 484 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0342216 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4163  hypothetical protein  33.64 
 
 		 556 aa  177  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.868125  normal  0.304031 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1074  signal peptide protein  32.63 
 
 		 568 aa  161  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.107534  normal  0.60277 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1005  Peptidoglycan-binding LysM  30.91 
 
 		 559 aa  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0784845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4942  peptidoglycan-binding LysM  35 
 
 		 558 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4741  peptidoglycan-binding LysM  34.19 
 
 		 394 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0940  Peptidoglycan-binding LysM  30.43 
 
 		 559 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.147374 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5417  peptidoglycan-binding LysM  31.46 
 
 		 591 aa  140  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2531  peptidoglycan-binding LysM  29.89 
 
 		 548 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.796598  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  27.01 
 
 		 543 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2915  Peptidoglycan-binding LysM  31.16 
 
 		 566 aa  128  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0582  hypothetical protein  28.7 
 
 		 463 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000319564  normal  0.0200907 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1169  peptidoglycan-binding LysM  29.57 
 
 		 554 aa  104  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000824633  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11650  hypothetical protein  32.01 
 
 		 333 aa  100  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1070  hypothetical protein  30.36 
 
 		 335 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0334  hypothetical protein  28.57 
 
 		 664 aa  62.4  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0038  putative periplasmic protein  31.09 
 
 		 290 aa  61.2  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0958409  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1219  hypothetical protein  24.53 
 
 		 586 aa  52.8  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1405  hypothetical protein  30.16 
 
 		 155 aa  51.2  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0299  anti-FecI sigma factor, FecR  27.81 
 
 		 1334 aa  51.2  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0282  anti-FecI sigma factor, FecR  32.2 
 
 		 1381 aa  51.2  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0012  hypothetical protein  25.81 
 
 		 717 aa  50.8  0.00005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1345  hypothetical protein  33.09 
 
 		 3121 aa  50.4  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1970  hypothetical protein  23.7 
 
 		 348 aa  50.1  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000904058  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1324  hypothetical protein  26.45 
 
 		 231 aa  50.1  0.00008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.311232  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2196  hypothetical protein  28.87 
 
 		 213 aa  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.596477 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3500  hypothetical protein  29.13 
 
 		 452 aa  46.6  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.496991  normal  0.934019 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.94 
 
 		 954 aa  46.6  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1985  hypothetical protein  25.57 
 
 		 924 aa  46.6  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.063002  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 380 aa  45.1  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0719  hypothetical protein  26.55 
 
 		 153 aa  45.8  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000971081  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  32.14 
 
 		 328 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2621  hypothetical protein  31.73 
 
 		 287 aa  45.1  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.829749  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4449  peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 407 aa  44.3  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6062  hypothetical protein  32.81 
 
 		 434 aa  43.9  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18170  hypothetical protein  29 
 
 		 378 aa  44.3  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000581203  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4566  hypothetical protein  25.76 
 
 		 369 aa  43.9  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.955909  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  31.43 
 
 		 320 aa  43.9  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5853  anti-FecI sigma factor, FecR  30 
 
 		 375 aa  43.5  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>