More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1886 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
302 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
302 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.37 
 
 
302 aa  521  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.87 
 
 
317 aa  487  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.964128  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.87 
 
 
317 aa  487  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.84 
 
 
311 aa  384  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.18 
 
 
391 aa  371  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.59 
 
 
337 aa  350  1e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.494716  normal  0.616088 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  57.81 
 
 
282 aa  343  1e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.89 
 
 
284 aa  330  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.85 
 
 
275 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.85 
 
 
274 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.02 
 
 
274 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.19 
 
 
275 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.85 
 
 
275 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.85 
 
 
275 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.34 
 
 
275 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 
284 aa  270  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
270 aa  264  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.83 
 
 
275 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
279 aa  258  7e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  47.7 
 
 
289 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  47.7 
 
 
289 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  47.7 
 
 
279 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  46.71 
 
 
279 aa  255  6e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.82 
 
 
279 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  50.17 
 
 
276 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  49.83 
 
 
276 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  49.16 
 
 
279 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.06 
 
 
280 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  50.18 
 
 
275 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  50.34 
 
 
273 aa  248  9e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.49 
 
 
273 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.44 
 
 
278 aa  242  5e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.67 
 
 
279 aa  242  5e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
281 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
281 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
281 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.12 
 
 
272 aa  241  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.68 
 
 
281 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.12 
 
 
272 aa  240  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.68 
 
 
278 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.49 
 
 
278 aa  239  4e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.08 
 
 
272 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.49 
 
 
278 aa  239  5e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  48.49 
 
 
278 aa  238  8e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
278 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 
279 aa  235  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  46.01 
 
 
282 aa  225  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 
282 aa  225  9e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  46.64 
 
 
282 aa  225  9e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.33 
 
 
275 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.13 
 
 
274 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1731  transmembrane ABC transporter protein  48.1 
 
 
272 aa  218  7e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0271867  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.14 
 
 
278 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000044635 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.14 
 
 
278 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00468579  normal  0.67881 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  43.2 
 
 
275 aa  215  9e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.71 
 
 
281 aa  208  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.32 
 
 
261 aa  193  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
261 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
264 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
275 aa  181  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
265 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.887799  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.41 
 
 
268 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.03 
 
 
258 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.66 
 
 
242 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
597 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
264 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
262 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1507  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.8 
 
 
264 aa  165  8e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375803  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.8 
 
 
276 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
587 aa  163  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
265 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.8 
 
 
269 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
269 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
268 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
269 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
268 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
266 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
591 aa  156  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.68 
 
 
266 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
588 aa  155  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.6 
 
 
269 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
596 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
264 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  34.73 
 
 
264 aa  152  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.8 
 
 
267 aa  151  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
272 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.57 
 
 
266 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  32.95 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  36.44 
 
 
279 aa  147  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.3 
 
 
262 aa  145  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  36.13 
 
 
281 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1611  spermidine/putrescine ABC transporter permease  36.13 
 
 
259 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.44 
 
 
268 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31 
 
 
273 aa  145  1e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2603  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
285 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0922779  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
285 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2609  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
285 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>