More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4223 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_4223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
267 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.365556  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.89 
 
 
290 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.269843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.39 
 
 
267 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  78.49 
 
 
266 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
262 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.06102  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.06 
 
 
266 aa  259  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.61 
 
 
262 aa  257  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.27 
 
 
267 aa  256  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0435882  hitchhiker  0.0000139106 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0972  putative short-chain dehydrogenase/reductase  49.06 
 
 
268 aa  256  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000126906  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.99 
 
 
278 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1935  putative short-chain alcohol dehydrogenase  47.17 
 
 
267 aa  249  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000230306  normal  0.160662 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0968  putative short-chain dehydrogenase/reductase  46.03 
 
 
255 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.62 
 
 
267 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
273 aa  231  7.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5379  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.27 
 
 
269 aa  225  5.0000000000000005e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122542  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.44 
 
 
262 aa  221  9e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.618077  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.79 
 
 
273 aa  217  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.824236  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
277 aa  216  2.9999999999999998e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7160  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.24 
 
 
262 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.254231  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.35 
 
 
272 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.11 
 
 
257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.65 
 
 
287 aa  199  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0920178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.06 
 
 
272 aa  194  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0477123  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 
251 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  40.68 
 
 
257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
255 aa  182  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
255 aa  182  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
283 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1234  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.06 
 
 
252 aa  178  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1076  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.68 
 
 
252 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2279  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.68 
 
 
252 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0734  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.68 
 
 
252 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.439886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.68 
 
 
252 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.68 
 
 
252 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7567  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
248 aa  177  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1082  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.06 
 
 
252 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.3 
 
 
246 aa  176  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.75 
 
 
282 aa  176  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.4 
 
 
254 aa  176  4e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 
274 aa  175  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.709092  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
246 aa  175  7e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10005  hypothetical protein  37.82 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.443768 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.39 
 
 
244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
256 aa  172  2.9999999999999996e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.84 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0876  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.53 
 
 
252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.7 
 
 
254 aa  171  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
257 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.85 
 
 
261 aa  171  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0904  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.56 
 
 
258 aa  170  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.55 
 
 
256 aa  169  4e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4952  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
269 aa  169  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.560393  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 
250 aa  167  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.76 
 
 
252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2289  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.91 
 
 
253 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.48599  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
250 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
280 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4948  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
270 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617034  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 
253 aa  165  8e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  38.87 
 
 
254 aa  165  9e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.3 
 
 
249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2162  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.38 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0100529  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  41.22 
 
 
257 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  36.88 
 
 
249 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.75 
 
 
257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2567  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.38 
 
 
252 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
250 aa  162  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
246 aa  162  7e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
257 aa  162  7e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
252 aa  161  8.000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10933  conserved hypothetical protein  37.31 
 
 
287 aa  161  9e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
257 aa  160  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.560297 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 
250 aa  160  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0675  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.22 
 
 
253 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.228459  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2110  short chain dehydrogenase  40.93 
 
 
253 aa  159  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.02 
 
 
246 aa  159  4e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
265 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
268 aa  159  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  38.31 
 
 
256 aa  158  7e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
256 aa  158  7e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 
253 aa  158  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2660  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.77 
 
 
256 aa  158  8e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00127593  normal  0.0689416 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 
251 aa  157  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
251 aa  157  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
262 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
262 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
251 aa  157  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0607199 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  38.26 
 
 
250 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5746  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.46 
 
 
252 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00520623  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
253 aa  156  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00858141  normal  0.0322686 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
249 aa  156  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
248 aa  156  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2329  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.85 
 
 
252 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53096  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3193  short chain dehydrogenase  40.6 
 
 
255 aa  156  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>