More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2611 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2611  formyl transferase-like  100 
 
 		 196 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.237931  hitchhiker  0.0033937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2861  Formyl transferase-like  91.19 
 
 		 196 aa  349  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0686997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4344  putative methionyl-tRNA formyltransferase  75.77 
 
 		 197 aa  291  5e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.291345 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  63.59 
 
 		 385 aa  226  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3397  hypothetical protein  42.77 
 
 		 196 aa  121  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1225  hypothetical protein  38.78 
 
 		 196 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000058446  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0899  methionyl-tRNA formyltransferase  35.07 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4822  formyl transferase domain protein  33.72 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0280468  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2572  methionyl-tRNA formyltransferase  33.72 
 
 		 310 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201964  normal  0.52335 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2232  methionyl-tRNA formyltransferase  33.17 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0641  methionyl-tRNA formyltransferase  31.79 
 
 		 310 aa  75.1  0.0000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2790  methionyl-tRNA formyltransferase  30.23 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.410887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1570  methionyl-tRNA formyltransferase  32.08 
 
 		 317 aa  72  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00793908 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1529  methionyl-tRNA formyltransferase  32.52 
 
 		 312 aa  70.1  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.525395  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0487  methionyl-tRNA formyltransferase  31.13 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  32.06 
 
 		 307 aa  68.9  0.00000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5938  formyl transferase domain-containing protein  30.23 
 
 		 315 aa  68.6  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.723726  normal  0.313498 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1678  methionyl-tRNA formyltransferase  26.32 
 
 		 318 aa  68.2  0.00000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  33.86 
 
 		 330 aa  68.2  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0568  methionyl-tRNA formyltransferase  28.5 
 
 		 311 aa  67  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000116959  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4569  formyl transferase domain-containing protein  33.53 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1860  methionyl-tRNA formyltransferase  27.96 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.346485  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2549  methionyl-tRNA formyltransferase  31.31 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.31631  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0866  methionyl-tRNA formyltransferase  31.37 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0943  methionyl-tRNA formyltransferase  32.92 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0409  methionyl-tRNA formyltransferase  28.16 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3948  methionyl-tRNA formyltransferase  31.4 
 
 		 334 aa  65.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  28.16 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.691189  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0517  formyltransferase, putative  34.41 
 
 		 259 aa  65.9  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0415  methionyl-tRNA formyltransferase  33.07 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.467918  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0521  putative formyltransferase  34.41 
 
 		 259 aa  65.9  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0787  methionyl-tRNA formyltransferase  29.55 
 
 		 316 aa  65.5  0.0000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1592  methionyl-tRNA formyltransferase  36.09 
 
 		 359 aa  65.1  0.0000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1472  methionyl-tRNA formyltransferase  32.09 
 
 		 314 aa  64.7  0.0000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1161  formyl transferase domain protein  36.52 
 
 		 292 aa  64.7  0.0000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1412  putative formyltransferase  34.43 
 
 		 311 aa  64.7  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1490  methionyl-tRNA formyltransferase  30 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1548  methionyl-tRNA formyltransferase  29.33 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0205  methionyl-tRNA formyltransferase  27.23 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1787  methionyl-tRNA formyltransferase  29.67 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1599  methionyl-tRNA formyltransferase  32.97 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0493449 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1572  methionyl-tRNA formyltransferase  29.33 
 
 		 332 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0782  methionyl-tRNA formyltransferase  26.96 
 
 		 310 aa  62  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.606283  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1334  methionyl-tRNA formyltransferase  30.13 
 
 		 313 aa  62  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0783821  normal  0.599523 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3177  methionyl-tRNA formyltransferase  27.72 
 
 		 315 aa  62.4  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000345004  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  33.08 
 
 		 322 aa  61.2  0.000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2291  methionyl-tRNA formyltransferase  38.6 
 
 		 319 aa  61.2  0.000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0657  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.33 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0410  methionyl-tRNA formyltransferase  33.49 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2691  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  30.92 
 
 		 664 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323806  normal  0.284705 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1300  methionyl-tRNA formyltransferase  26.47 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.247026  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1275  methionyl-tRNA formyltransferase  26.47 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0972  methionyl-tRNA formyltransferase  33.85 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.319816  normal  0.276171 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2582  methionyl-tRNA formyltransferase  30.73 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.0097642  normal  0.0138205 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1231  methionyl-tRNA formyltransferase  28.02 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000178496  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  31.78 
 
 		 332 aa  60.8  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0761  methionyl-tRNA formyltransferase  25.59 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000194014 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1635  methionyl-tRNA formyltransferase  31.31 
 
 		 309 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.138536  normal  0.117912 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1182  formyl transferase domain protein  31.21 
 
 		 328 aa  60.1  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3851  methionyl-tRNA formyltransferase  29.95 
 
 		 333 aa  60.5  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.183398  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  37.4 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0907  methionyl-tRNA formyltransferase  28.71 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000822843  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6485  methionyl-tRNA formyltransferase  30.37 
 
 		 315 aa  59.3  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53373  normal  0.520037 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  28.85 
 
 		 318 aa  58.9  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09900  methionyl-tRNA formyltransferase  24.88 
 
 		 316 aa  58.9  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0897  methionyl-tRNA formyltransferase  29.73 
 
 		 303 aa  58.5  0.00000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0050  methionyl-tRNA formyltransferase  24.76 
 
 		 319 aa  58.5  0.00000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.977686  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1075  methionyl-tRNA formyltransferase  34.59 
 
 		 310 aa  58.5  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0107606  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2763  formyl transferase domain protein  45.12 
 
 		 285 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535373  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0898  methionyl-tRNA formyltransferase  36.22 
 
 		 311 aa  58.5  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.212157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  33.33 
 
 		 308 aa  58.5  0.00000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1467  methionyl-tRNA formyltransferase  30.88 
 
 		 306 aa  58.5  0.00000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0397972  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4568  methionyl-tRNA formyltransferase  32.69 
 
 		 312 aa  58.5  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  31.06 
 
 		 314 aa  58.2  0.00000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2540  formyl transferase domain-containing protein  43.9 
 
 		 285 aa  58.2  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.05523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  31.06 
 
 		 314 aa  58.2  0.00000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1921  hypothetical protein  26.73 
 
 		 297 aa  58.5  0.00000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3852  methionyl-tRNA formyltransferase  29.95 
 
 		 320 aa  58.5  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0691  formyl transferase domain-containing protein  31.88 
 
 		 306 aa  58.2  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  28.37 
 
 		 318 aa  58.2  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1053  methionyl-tRNA formyltransferase  28.43 
 
 		 312 aa  57.8  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3914  methionyl-tRNA formyltransferase  33.64 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00718662  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3908  methionyl-tRNA formyltransferase  33.64 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  31.36 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3717  methionyl-tRNA formyltransferase  33.64 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00223065  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3607  methionyl-tRNA formyltransferase  33.64 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3625  methionyl-tRNA formyltransferase  33.64 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000492096  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  31.43 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4004  methionyl-tRNA formyltransferase  33.64 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0319  formyl transferase domain-containing protein  38.39 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1278  methionyl-tRNA formyltransferase  33.64 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.289128 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3880  methionyl-tRNA formyltransferase  33.64 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.43125e-17 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3965  methionyl-tRNA formyltransferase  33.64 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3689  methionyl-tRNA formyltransferase  29.19 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1714  methionyl-tRNA formyltransferase  29.92 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0065  methionyl-tRNA formyltransferase  25.38 
 
 		 312 aa  57.4  0.0000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1882  putative formyltransferase  29.88 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295959  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0015  putative formyltransferase  29.88 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.964225  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2277  putative formyltransferase  29.88 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  34.11 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>