More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1650 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1650  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 		 323 aa  639    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  81.73 
 
 		 323 aa  533  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.88 
 
 		 323 aa  490  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.16 
 
 		 323 aa  449  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.372701  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.93 
 
 		 323 aa  436  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.98 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.8 
 
 		 323 aa  412  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.49 
 
 		 333 aa  399  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.58 
 
 		 336 aa  397  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.18 
 
 		 340 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.59 
 
 		 340 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.17 
 
 		 340 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.55 
 
 		 340 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.31 
 
 		 322 aa  357  1.9999999999999998e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.1 
 
 		 322 aa  322  4e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4328  putative ABC transporter, permease protein  49.84 
 
 		 325 aa  315  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.58 
 
 		 326 aa  311  1e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.3 
 
 		 325 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0141  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  50.63 
 
 		 326 aa  301  9e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 		 338 aa  300  2e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.68 
 
 		 325 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.03 
 
 		 325 aa  298  6e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1564  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  50.81 
 
 		 326 aa  298  8e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.69 
 
 		 327 aa  296  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.03 
 
 		 328 aa  295  7e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.892452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.87 
 
 		 328 aa  289  4e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7182  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  48.22 
 
 		 329 aa  285  5.999999999999999e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.77 
 
 		 328 aa  282  6.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5137  putative peptide ABC transporter protein, permease protein  47.32 
 
 		 339 aa  281  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0417349 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.71 
 
 		 322 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0636999  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.02 
 
 		 327 aa  275  7e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1978  putative ABC transporter  48.26 
 
 		 321 aa  273  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.878457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2568  ABC transporter permease  46.6 
 
 		 328 aa  272  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  0.256762 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.46 
 
 		 323 aa  271  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.67 
 
 		 326 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4861  putative ABC transporter, permease protein  49.03 
 
 		 328 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373975  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.7 
 
 		 326 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3081  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.57 
 
 		 322 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.957751  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.69 
 
 		 334 aa  260  3e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 		 329 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.487916  normal  0.350225 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 		 333 aa  256  3e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.52 
 
 		 325 aa  256  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26218  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.85 
 
 		 328 aa  256  5e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  unclonable  0.0000000643204  unclonable  0.00000000002362 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 		 329 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.637959  normal  0.0297418 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0785  peptide ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 		 332 aa  249  6e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.334762  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0736  peptide ABC transporter, permease protein  41.07 
 
 		 327 aa  247  2e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  42.19 
 
 		 313 aa  246  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0394  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  40.68 
 
 		 320 aa  244  9.999999999999999e-64  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 		 306 aa  241  7.999999999999999e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.99 
 
 		 336 aa  241  1e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19900  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  43.57 
 
 		 348 aa  241  1e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00317245  hitchhiker  0.000399681 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  41.79 
 
 		 336 aa  240  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.56 
 
 		 334 aa  239  5e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 		 321 aa  238  6.999999999999999e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 		 334 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.19 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.19 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.88 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 		 333 aa  237  2e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.19 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  41.19 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  40.9 
 
 		 336 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  38.94 
 
 		 314 aa  236  5.0000000000000005e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  40.77 
 
 		 336 aa  235  7e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  40.9 
 
 		 336 aa  235  8e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  39.94 
 
 		 339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  39.94 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  39.94 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  39.94 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  39.94 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  39.94 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  38.53 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  39.94 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  39.94 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  39.94 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.62 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  39.94 
 
 		 381 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  39.64 
 
 		 339 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  40.62 
 
 		 306 aa  232  5e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  40.62 
 
 		 306 aa  232  5e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  39.64 
 
 		 339 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  41.49 
 
 		 336 aa  232  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  39.64 
 
 		 339 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  39.64 
 
 		 339 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0244  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  43.88 
 
 		 336 aa  232  6e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  39.64 
 
 		 339 aa  232  7.000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 		 336 aa  232  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0257  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  43.58 
 
 		 336 aa  231  9e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0183254  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0438  dipeptide ABC transporter, permease protein  43.58 
 
 		 336 aa  231  9e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287178  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  40.06 
 
 		 336 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  40.62 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.62 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  40.06 
 
 		 336 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  41.49 
 
 		 336 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3302  dipeptide ABC transporter, permease protein  43.03 
 
 		 338 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  40.18 
 
 		 337 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.89 
 
 		 333 aa  230  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.62 
 
 		 333 aa  231  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2970  dipeptide ABC transporter, permease protein  43.03 
 
 		 338 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>