More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2962 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2962  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
290 aa  584  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204632  normal  0.397835 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0746  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  43.32 
 
 
295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000227589  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5236  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  35.38 
 
 
282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.897169  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3699  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  36.96 
 
 
283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5515  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  35.39 
 
 
282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  hitchhiker  0.00100925 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0281  extracellular solute-binding protein  34.85 
 
 
281 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.575026  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3866  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  34.39 
 
 
284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2326  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  35.56 
 
 
282 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129152  normal  0.475007 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4428  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.4 
 
 
284 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4374  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  34.84 
 
 
284 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0065  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.81 
 
 
280 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302085 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3465  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  30.97 
 
 
287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.955005  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3171  hypothetical protein  32.17 
 
 
272 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5215  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  31.91 
 
 
306 aa  138  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.30873 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0303  extracellular solute-binding  34.05 
 
 
296 aa  138  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2153  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 
281 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.878333  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1745  extracellular solute-binding protein  32.09 
 
 
297 aa  135  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00227146  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29430  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  31.88 
 
 
297 aa  132  7.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0443  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  30.97 
 
 
291 aa  128  9.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000249554  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29490  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  30.8 
 
 
264 aa  123  4e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.203368  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21690  amino acid-binding protein  32.84 
 
 
327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0982947  normal  0.0830184 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4481  ABC chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.6 
 
 
243 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2325  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  30.69 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0666  extracellular solute-binding protein family 3  33.08 
 
 
354 aa  116  5e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0179646 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2580  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 
334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000261921 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4600  extracellular solute-binding protein family 3  32.96 
 
 
304 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.100956 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5252  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 
255 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103563  normal  0.182762 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07260  amino acid-binding protein  31.89 
 
 
298 aa  106  5e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0877303  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0635  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 
282 aa  106  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0819  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.69 
 
 
253 aa  105  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.735222  normal  0.456534 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6426  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 
245 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5554  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 
245 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5919  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 
245 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
222 aa  88.6  1e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
252 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 
259 aa  82.4  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 
259 aa  82.4  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1009  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.59 
 
 
282 aa  81.3  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00886439  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.15 
 
 
262 aa  78.2  0.0000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 
250 aa  78.6  0.0000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 
276 aa  78.2  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0296  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  28.8 
 
 
309 aa  78.2  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.511931  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  27.04 
 
 
265 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.18 
 
 
284 aa  77.4  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
310 aa  76.6  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  27.2 
 
 
307 aa  75.9  0.0000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  29.37 
 
 
270 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0210  hypothetical protein  23.62 
 
 
263 aa  75.1  0.000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
266 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  28.95 
 
 
248 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4839  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 
250 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000733894  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5139  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 
260 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.900284 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.59 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
247 aa  74.7  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  28.7 
 
 
278 aa  74.7  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.31 
 
 
267 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 
266 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 
266 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  28.7 
 
 
278 aa  73.9  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 
276 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2548  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
249 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.163495  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  25.48 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1571  extracellular solute-binding protein family 3  29.61 
 
 
249 aa  73.2  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  27.23 
 
 
266 aa  73.2  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 
249 aa  73.2  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  27.23 
 
 
266 aa  73.2  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  27.23 
 
 
266 aa  73.2  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1126  extracellular solute-binding protein family 3  28.97 
 
 
271 aa  72.8  0.000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.390537  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
264 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
246 aa  72.4  0.000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
246 aa  72.4  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  32.27 
 
 
246 aa  72.4  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  25.86 
 
 
265 aa  72  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
279 aa  71.6  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.88 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  27.73 
 
 
260 aa  72  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  27.47 
 
 
278 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  27.56 
 
 
264 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1163  extracellular solute-binding protein  30.64 
 
 
264 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.516909  normal  0.0605845 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1067  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 
264 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1067  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 
264 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358006  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  26.39 
 
 
265 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.27 
 
 
251 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2392  extracellular solute-binding protein family 3  26.67 
 
 
255 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 
242 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3587  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 
255 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0904  glutamine-binding periplasmic protein  25.66 
 
 
254 aa  70.1  0.00000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.207514  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1316  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 
296 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0125  extracellular solute-binding protein family 3  26.39 
 
 
270 aa  70.1  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
270 aa  70.1  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  26.39 
 
 
266 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0708  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 
264 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.956063  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
258 aa  69.7  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1187  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 
264 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.708736  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.11 
 
 
264 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
249 aa  69.7  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0410821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>