More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1880 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3248  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  57.94 
 
 		 540 aa  649    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1880  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 536 aa  1100    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.70178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1878  extracellular solute-binding protein  61.82 
 
 		 536 aa  676    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3537  extracellular solute-binding protein  59.4 
 
 		 556 aa  649    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4044  extracellular solute-binding protein family 5  55.28 
 
 		 536 aa  605  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3867  extracellular solute-binding protein family 5  55.09 
 
 		 536 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3371  extracellular solute-binding protein family 5  54.53 
 
 		 536 aa  587  1e-166  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  51.99 
 
 		 538 aa  555  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1878  extracellular solute-binding protein family 5  38.29 
 
 		 531 aa  349  9e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558624  normal  0.335683 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1692  extracellular solute-binding protein family 5  37.9 
 
 		 531 aa  345  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5442  extracellular solute-binding protein family 5  36.48 
 
 		 528 aa  333  6e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169825 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5173  extracellular solute-binding protein family 5  35.97 
 
 		 528 aa  330  5.0000000000000004e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.12226  normal  0.127243 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0038  extracellular solute-binding protein  35.74 
 
 		 532 aa  327  5e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.216937  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3852  extracellular solute-binding protein family 5  36.43 
 
 		 547 aa  323  4e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4180  extracellular solute-binding protein family 5  36.38 
 
 		 547 aa  323  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2326  extracellular solute-binding protein  35.79 
 
 		 546 aa  319  7.999999999999999e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.294702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3829  extracellular solute-binding protein  36.63 
 
 		 569 aa  315  9.999999999999999e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.847313 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3888  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.12 
 
 		 550 aa  313  5.999999999999999e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.799639  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3528  extracellular solute-binding protein  34.85 
 
 		 564 aa  307  3e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.61993  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1906  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 		 543 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0377443  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4004  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 535 aa  301  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1248  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 		 537 aa  301  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1253  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  38 
 
 		 533 aa  296  8e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4479  extracellular solute-binding protein  37.58 
 
 		 533 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.027731  normal  0.668994 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4017  extracellular solute-binding protein  37.37 
 
 		 533 aa  294  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0465332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3088  extracellular solute-binding protein  33.74 
 
 		 538 aa  294  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902972  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4061  extracellular solute-binding protein  35.82 
 
 		 529 aa  291  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.707761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3777  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 		 533 aa  290  6e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4591  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 		 533 aa  290  6e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0140228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4474  extracellular solute-binding protein  35.2 
 
 		 529 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0385001  normal  0.989495 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0197  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.17 
 
 		 535 aa  289  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415604  normal  0.0839796 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4012  extracellular solute-binding protein  35.2 
 
 		 529 aa  289  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0256267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2465  extracellular solute-binding protein  33.53 
 
 		 529 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1427  solute-binding family 5 protein  36.08 
 
 		 533 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5714  extracellular solute-binding protein  36.52 
 
 		 533 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0232  solute-binding family 5 protein  36.7 
 
 		 530 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.79785  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1917  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 		 518 aa  286  5e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4056  extracellular solute-binding protein  38.39 
 
 		 489 aa  286  8e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1261  solute-binding family 5 protein  36.48 
 
 		 530 aa  286  9e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.24251  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2574  solute-binding family 5 protein  36.48 
 
 		 530 aa  286  9e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1065  solute-binding family 5 protein  36.48 
 
 		 530 aa  286  9e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1329  solute-binding family 5 protein  36.48 
 
 		 530 aa  286  9e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492206  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0504  solute-binding family 5 protein  36.48 
 
 		 530 aa  286  9e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7644  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 528 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.938913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6301  extracellular solute-binding protein family 5  35.91 
 
 		 535 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0799  extracellular solute-binding protein  37.13 
 
 		 531 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.162067  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5720  extracellular solute-binding protein  34.26 
 
 		 529 aa  282  9e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174819  normal  0.308845 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3783  extracellular solute-binding protein  34.26 
 
 		 529 aa  282  9e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.44101  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4585  extracellular solute-binding protein  34.26 
 
 		 529 aa  282  9e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1410  solute-binding family 5 protein  36.46 
 
 		 530 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.139309  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0372  extracellular solute-binding protein  34.34 
 
 		 529 aa  282  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132597  normal  0.149219 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1258  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  33.59 
 
 		 543 aa  280  6e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0135  extracellular solute-binding protein family 5  32.19 
 
 		 531 aa  279  9e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1442  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.3 
 
 		 563 aa  278  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.663118  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2562  periplasmic solute-binding protein  35.84 
 
 		 533 aa  277  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1274  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.84 
 
 		 533 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.834925  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1392  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.84 
 
 		 533 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00928392  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1050  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.84 
 
 		 533 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0247  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.84 
 
 		 533 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.279993  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0518  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.84 
 
 		 533 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.886694  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1311  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.84 
 
 		 533 aa  276  8e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.251362  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3993  extracellular solute-binding protein family 5  31.38 
 
 		 531 aa  272  9e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0807  ABC dipeptide transporter, substrate-binding subunit DdpA  33.53 
 
 		 538 aa  272  1e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123514  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3198  extracellular solute-binding protein  35.27 
 
 		 547 aa  271  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2713  extracellular solute-binding protein  31.95 
 
 		 529 aa  262  1e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1030  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.46 
 
 		 534 aa  258  2e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3741  extracellular solute-binding protein  30.36 
 
 		 532 aa  252  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2911  extracellular solute-binding protein  30.36 
 
 		 524 aa  250  6e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.628741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2047  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 529 aa  241  2.9999999999999997e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101703  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2916  4-phytase  29.98 
 
 		 522 aa  240  4e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2056  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 		 521 aa  235  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1105  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 		 522 aa  233  5e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3551  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, periplasmic dipeptide/oligopeptide/nickel-binding protein  28.52 
 
 		 522 aa  222  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3686  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 		 522 aa  222  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0553  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 		 522 aa  206  7e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.727867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1799  extracellular solute-binding protein family 5  27.48 
 
 		 531 aa  200  5e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0907769  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2532  extracellular solute-binding protein family 5  29.73 
 
 		 525 aa  200  6e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0925  extracellular solute-binding protein family 5  29.43 
 
 		 523 aa  199  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.182407  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1763  extracellular solute-binding protein family 5  28.31 
 
 		 536 aa  196  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  28.14 
 
 		 515 aa  172  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0882  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  30.3 
 
 		 539 aa  168  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0716  peptide/oligopeptide/nickel ABC transporter substrate-binding protein  31.93 
 
 		 541 aa  167  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4049  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 		 539 aa  156  9e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1660  extracellular solute-binding protein family 5  33.07 
 
 		 539 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.40005  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4660  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 		 540 aa  152  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.845725  normal  0.101671 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 516 aa  149  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.62 
 
 		 520 aa  148  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  28.86 
 
 		 509 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.4 
 
 		 509 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  27.7 
 
 		 531 aa  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  26.59 
 
 		 524 aa  145  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  26.89 
 
 		 516 aa  143  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.6 
 
 		 535 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  26.8 
 
 		 523 aa  140  7e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  26.54 
 
 		 516 aa  140  7e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2418  ABC transporter extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 		 544 aa  140  7e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.311467  hitchhiker  0.0000215968 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  26.54 
 
 		 516 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  26.54 
 
 		 516 aa  139  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 		 516 aa  139  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  26.54 
 
 		 516 aa  139  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>