More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0915 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  671    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 331 aa  252  6e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 291 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  36.66 
 
 		 320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 308 aa  225  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 336 aa  222  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 316 aa  219  5e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 309 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  34.02 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.22 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 299 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 302 aa  169  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 313 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  30.61 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  31.53 
 
 		 309 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 306 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  29.19 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2690  putative transcriptional regulator  34.34 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31630  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.469253  normal  0.129426 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  29.59 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  32.89 
 
 		 302 aa  161  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 301 aa  161  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 328 aa  160  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  159  6e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  30.49 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 304 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 301 aa  159  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 313 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  30.03 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 296 aa  155  6e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4265  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 312 aa  156  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.503566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 294 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 295 aa  155  8e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  29.24 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>