More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1464 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1464  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  655    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1429  LysR family transcriptional regulator  92.56 
 
 		 312 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1853  LysR family transcriptional regulator  91.59 
 
 		 312 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0383468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3859  LysR family transcriptional regulator  91.26 
 
 		 312 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1754  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 328 aa  488  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02290  LysR family transcriptional regulator  64.61 
 
 		 311 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0261  putative transcriptional regulator  63.52 
 
 		 310 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.403227  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4436  LysR family transcriptional regulator  57.33 
 
 		 305 aa  341  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1510  LysR family transcriptional regulator  56.86 
 
 		 312 aa  329  4e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451093  normal  0.28121 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  54.1 
 
 		 307 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  55.41 
 
 		 308 aa  316  4e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2930  LysR family transcriptional regulator  51.97 
 
 		 309 aa  308  5.9999999999999995e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3487  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.13 
 
 		 307 aa  308  8e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30990  Transcriptional regulator LysR family protein  51.64 
 
 		 309 aa  304  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5381  LysR family transcriptional regulator  48.69 
 
 		 307 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.5816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 308 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.92 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  32.55 
 
 		 318 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 298 aa  169  8e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5802  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  39.12 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 335 aa  163  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4501  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1349  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 320 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.352605 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3868  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.909527  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0720  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 319 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2124  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 773 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0441945  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 304 aa  161  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1962  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0250  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.172775  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1590  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.274379  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1981  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0984165  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0910  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108281  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1150  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 304 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2389  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 306 aa  159  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.110916  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 321 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 311 aa  159  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 308 aa  159  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1328  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  31.88 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0212  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.986643  normal  0.756698 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6527  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5752  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.515576 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5996  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178343  normal  0.48899 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  30.19 
 
 		 330 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 312 aa  153  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>