More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0516 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4949  TldD/PmbA family protein  93.12 
 
 		 512 aa  919    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.906043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4998  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  92.92 
 
 		 480 aa  917    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0409  TldD/PmbA family protein  75.62 
 
 		 480 aa  753    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4767  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  74.79 
 
 		 480 aa  739    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4822  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  92.71 
 
 		 480 aa  917    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.466892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5245  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  77.29 
 
 		 480 aa  775    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.413306  normal  0.126132 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0749  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  68.12 
 
 		 480 aa  671    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2707  hypothetical protein  72.88 
 
 		 477 aa  688    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.161741  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0516  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  100 
 
 		 480 aa  981    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.134826  normal  0.446372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31850  hypothetical protein  72.94 
 
 		 477 aa  692    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39820  modulator of DNA gyrase  71.67 
 
 		 481 aa  681    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.356312  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4997  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  59.49 
 
 		 483 aa  535  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1452  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  57.08 
 
 		 478 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0382327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3128  TldD/PmbA family protein  59.48 
 
 		 477 aa  504  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3243  TldD/PmbA family protein  59.48 
 
 		 477 aa  504  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.270124  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1375  TldD/PmbA family protein  59.48 
 
 		 477 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2066  TldD/PmbA family protein  59.48 
 
 		 477 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2360  TldD/PmbA family protein  59.48 
 
 		 477 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1095  TldD/PmbA family protein  59.48 
 
 		 477 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1459  TldD/PmbA family protein  59.27 
 
 		 477 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2989  putative Zn-dependent protease, modulator of DNA gyrase, TldD  56.49 
 
 		 478 aa  499  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1428  TldD family protein  53.65 
 
 		 489 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2558  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  49.79 
 
 		 478 aa  437  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.642286  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4123  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  45.44 
 
 		 479 aa  416  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4163  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  45.44 
 
 		 479 aa  416  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.445951 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3719  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  44.96 
 
 		 478 aa  397  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3705  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  46.75 
 
 		 478 aa  398  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2406  TldD/PmbA family protein  43.88 
 
 		 488 aa  384  1e-105  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.410379  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0755  TldD/PmbA family protein  50.34 
 
 		 430 aa  370  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44281  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0186  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.12 
 
 		 477 aa  273  6e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3767  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  36.01 
 
 		 488 aa  259  8e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6029  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  42.41 
 
 		 479 aa  254  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3765  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  42.11 
 
 		 478 aa  252  1e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4147  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.05 
 
 		 478 aa  248  2e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.511407  normal  0.0118957 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0063  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  36.06 
 
 		 484 aa  248  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5939  twin-arginine translocation pathway signal  33.71 
 
 		 499 aa  204  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.161214  decreased coverage  0.000467819 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1327  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.83 
 
 		 495 aa  199  7.999999999999999e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2276  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  34.46 
 
 		 503 aa  199  9e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000218156  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1942  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  34.38 
 
 		 498 aa  194  3e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.502134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5318  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.36 
 
 		 517 aa  188  2e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4913  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.28 
 
 		 504 aa  188  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12338  hypothetical protein  30.43 
 
 		 505 aa  187  4e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3440  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.75 
 
 		 505 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0749759 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3804  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  39.45 
 
 		 504 aa  182  9.000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.495254 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3492  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.75 
 
 		 505 aa  182  1e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.24297 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3429  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.75 
 
 		 505 aa  182  1e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2300  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  39.38 
 
 		 503 aa  179  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1149  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.01 
 
 		 505 aa  179  1e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.204851 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2188  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.91 
 
 		 507 aa  178  2e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0732335 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2715  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.13 
 
 		 529 aa  178  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365732  normal  0.215491 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2703  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  32.34 
 
 		 514 aa  177  4e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0658462  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2732  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  39.1 
 
 		 504 aa  176  8e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.140358 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0289  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.35 
 
 		 523 aa  173  6.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1233  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.16 
 
 		 454 aa  172  1e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4319  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  37.35 
 
 		 522 aa  171  3e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.984944 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1368  hypothetical protein  38.52 
 
 		 513 aa  161  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1335  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.71 
 
 		 552 aa  159  9e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0391206 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2099  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.6 
 
 		 547 aa  157  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3490  twin-arginine translocation pathway signal  27.51 
 
 		 542 aa  157  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2097  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.46 
 
 		 528 aa  153  7e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.104758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0090  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.71 
 
 		 544 aa  149  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.42092  normal  0.0324493 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0168  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30.88 
 
 		 481 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.59064  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1332  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.65 
 
 		 546 aa  147  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.357045  normal  0.0644884 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0091  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  34.09 
 
 		 543 aa  146  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.196627  normal  0.0324493 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0995  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.71 
 
 		 458 aa  143  7e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.355194  normal  0.0718594 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1055  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.72 
 
 		 473 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0312  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30.41 
 
 		 457 aa  141  3e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1973  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.35 
 
 		 475 aa  140  6e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.684212 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0403  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.14 
 
 		 459 aa  139  7.999999999999999e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1902  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30.64 
 
 		 457 aa  133  6e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2121  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.68 
 
 		 458 aa  131  3e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  hitchhiker  0.000289432  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3701  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  25.87 
 
 		 460 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0579  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.68 
 
 		 470 aa  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0557  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  24.7 
 
 		 474 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0732  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  25.98 
 
 		 458 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.285912 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0881  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  28.57 
 
 		 443 aa  118  3e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0465  tldD protein, putative  27.9 
 
 		 470 aa  117  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.902755  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1186  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.16 
 
 		 458 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2720  microcin-processing peptidase 2  27.03 
 
 		 460 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0089  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  26.24 
 
 		 458 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0596  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  28.23 
 
 		 437 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.766267  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0542  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  25.62 
 
 		 475 aa  114  3e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0470  putative tldD protein  27.68 
 
 		 470 aa  114  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0797  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.92 
 
 		 458 aa  109  1e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0640  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  25.92 
 
 		 471 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.481365 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3342  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.09 
 
 		 491 aa  107  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0216935  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2721  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  24.79 
 
 		 460 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1519  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  25 
 
 		 460 aa  104  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000701587 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0599  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  25.81 
 
 		 471 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0739  microcin-processing peptidase 2  26.29 
 
 		 471 aa  104  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0896  tldD protein  29.57 
 
 		 460 aa  102  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0420634  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1015  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  23.59 
 
 		 450 aa  101  3e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00168617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1032  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  24.94 
 
 		 483 aa  101  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.608632  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2698  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.06 
 
 		 476 aa  100  6e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.504739 
 
 
-
 
NC_002936  DET0527  TldD/PmbA family protein  29.49 
 
 		 458 aa  100  8e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0505  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.08 
 
 		 471 aa  99.8  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.279079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0503  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.49 
 
 		 458 aa  99.8  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0499899  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3531  PmbA/TldD family protein  26.13 
 
 		 445 aa  98.6  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.611525 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1036  TldD  24.88 
 
 		 471 aa  98.6  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_468  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.49 
 
 		 461 aa  97.4  5e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>