More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4949 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4998  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  96.04 
 
 		 480 aa  939    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4949  TldD/PmbA family protein  100 
 
 		 512 aa  1050    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.906043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0749  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  70.21 
 
 		 480 aa  687    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4822  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  98.33 
 
 		 480 aa  967    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.466892  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0409  TldD/PmbA family protein  79.17 
 
 		 480 aa  780    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4767  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  77.08 
 
 		 480 aa  754    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5245  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  77.5 
 
 		 480 aa  778    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.413306  normal  0.126132 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0516  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  93.12 
 
 		 480 aa  919    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.134826  normal  0.446372 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39820  modulator of DNA gyrase  71.67 
 
 		 481 aa  683    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.356312  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2707  hypothetical protein  73.73 
 
 		 477 aa  698    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.161741  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31850  hypothetical protein  74.21 
 
 		 477 aa  700    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4997  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  60.13 
 
 		 483 aa  543  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1452  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  58.37 
 
 		 478 aa  514  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0382327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2989  putative Zn-dependent protease, modulator of DNA gyrase, TldD  58.16 
 
 		 478 aa  512  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2066  TldD/PmbA family protein  59.91 
 
 		 477 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3128  TldD/PmbA family protein  59.91 
 
 		 477 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2360  TldD/PmbA family protein  59.91 
 
 		 477 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1095  TldD/PmbA family protein  59.91 
 
 		 477 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3243  TldD/PmbA family protein  59.91 
 
 		 477 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.270124  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1375  TldD/PmbA family protein  59.91 
 
 		 477 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1459  TldD/PmbA family protein  59.7 
 
 		 477 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1428  TldD family protein  53.65 
 
 		 489 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2558  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  50.21 
 
 		 478 aa  444  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.642286  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4123  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  46.47 
 
 		 479 aa  420  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4163  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  46.47 
 
 		 479 aa  420  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.445951 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3719  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  45.59 
 
 		 478 aa  397  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3705  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  47.08 
 
 		 478 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2406  TldD/PmbA family protein  43.65 
 
 		 488 aa  389  1e-107  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.410379  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0755  TldD/PmbA family protein  51.03 
 
 		 430 aa  367  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44281  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0186  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  36.09 
 
 		 477 aa  281  2e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3767  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  36.23 
 
 		 488 aa  263  8e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6029  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.53 
 
 		 479 aa  256  9e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3765  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  41.8 
 
 		 478 aa  254  3e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4147  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  40.87 
 
 		 478 aa  251  2e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.511407  normal  0.0118957 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0063  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.36 
 
 		 484 aa  244  3e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5939  twin-arginine translocation pathway signal  34.38 
 
 		 499 aa  203  7e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.161214  decreased coverage  0.000467819 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1327  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.91 
 
 		 495 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2732  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  40.62 
 
 		 504 aa  190  4e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.140358 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12338  hypothetical protein  31.32 
 
 		 505 aa  189  7e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1942  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  33.85 
 
 		 498 aa  189  1e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.502134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3440  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  31.22 
 
 		 505 aa  189  1e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0749759 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3804  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  40.62 
 
 		 504 aa  188  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.495254 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3492  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  31.22 
 
 		 505 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.24297 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3429  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  31.22 
 
 		 505 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4913  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.98 
 
 		 504 aa  187  5e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2276  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  33.56 
 
 		 503 aa  186  8e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000218156  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2703  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  34.08 
 
 		 514 aa  186  1.0000000000000001e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0658462  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2188  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  32.01 
 
 		 507 aa  182  1e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0732335 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1233  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.33 
 
 		 454 aa  182  2e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5318  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  32.03 
 
 		 517 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2300  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  39.38 
 
 		 503 aa  178  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2715  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.62 
 
 		 529 aa  178  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365732  normal  0.215491 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1149  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  33.04 
 
 		 505 aa  178  2e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.204851 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0289  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.55 
 
 		 523 aa  172  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4319  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  37.74 
 
 		 522 aa  171  3e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.984944 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1335  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.24 
 
 		 552 aa  167  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0391206 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2099  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.54 
 
 		 547 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1368  hypothetical protein  37.5 
 
 		 513 aa  164  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3490  twin-arginine translocation pathway signal  28.11 
 
 		 542 aa  160  7e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2097  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.54 
 
 		 528 aa  158  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.104758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0091  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.98 
 
 		 543 aa  157  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.196627  normal  0.0324493 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0090  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  32.57 
 
 		 544 aa  156  7e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.42092  normal  0.0324493 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1332  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.26 
 
 		 546 aa  153  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.357045  normal  0.0644884 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0168  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  31.56 
 
 		 481 aa  153  7e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.59064  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0995  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30.61 
 
 		 458 aa  144  3e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.355194  normal  0.0718594 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1973  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.53 
 
 		 475 aa  144  5e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.684212 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1055  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.41 
 
 		 473 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0312  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.56 
 
 		 457 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2121  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.77 
 
 		 458 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  hitchhiker  0.000289432  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0403  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  31.56 
 
 		 459 aa  132  2.0000000000000002e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1902  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  33.95 
 
 		 457 aa  131  3e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0579  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.44 
 
 		 470 aa  126  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3701  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  26.5 
 
 		 460 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0465  tldD protein, putative  28.57 
 
 		 470 aa  125  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.902755  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0470  putative tldD protein  28.35 
 
 		 470 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2720  microcin-processing peptidase 2  28.27 
 
 		 460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0557  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.4 
 
 		 474 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0732  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.7 
 
 		 458 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.285912 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0089  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  32.44 
 
 		 458 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1186  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  32.06 
 
 		 458 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0881  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  28.89 
 
 		 443 aa  114  5e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0596  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  27.37 
 
 		 437 aa  114  6e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.766267  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2721  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  25.88 
 
 		 460 aa  113  9e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1519  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.09 
 
 		 460 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000701587 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0797  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.3 
 
 		 458 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0640  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.02 
 
 		 471 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.481365 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0739  microcin-processing peptidase 2  26.97 
 
 		 471 aa  111  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0505  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.57 
 
 		 471 aa  110  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.279079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1032  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  25.64 
 
 		 483 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.608632  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0896  tldD protein  31.13 
 
 		 460 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0420634  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0599  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  25.82 
 
 		 471 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0542  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  25.47 
 
 		 475 aa  107  6e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1036  TldD  25.63 
 
 		 471 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2698  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.25 
 
 		 476 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.504739 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1015  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  23.91 
 
 		 450 aa  104  3e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00168617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1359  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.73 
 
 		 469 aa  101  3e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000049629  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0403  TldD/PmbA family protein  26.42 
 
 		 472 aa  101  3e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3342  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.93 
 
 		 491 aa  100  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0216935  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1542  microcin-processing peptidase 2  26.44 
 
 		 467 aa  100  4e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0708612 
 
 
-
 
NC_002936  DET0527  TldD/PmbA family protein  27.76 
 
 		 458 aa  99.8  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>