More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4625 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4625  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
361 aa  744    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.147553  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2372  extracellular solute-binding protein  79.12 
 
 
367 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.984752  normal  0.0187734 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48460  polyamine ABC transporter substrate-binding protein  72.89 
 
 
370 aa  511  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000115004  normal  0.148867 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  44.94 
 
 
369 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  44.77 
 
 
363 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1819  extracellular solute-binding protein  44.74 
 
 
359 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.523844  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3542  extracellular solute-binding protein  45.03 
 
 
359 aa  305  6e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2195  periplasmic polyamine-binding protein, putative  44.74 
 
 
362 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.156454  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  41.8 
 
 
365 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  41.1 
 
 
365 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  42.18 
 
 
387 aa  300  3e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  42.18 
 
 
387 aa  300  3e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  43.37 
 
 
366 aa  300  4e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  41.9 
 
 
387 aa  298  7e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  41.27 
 
 
366 aa  298  8e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  43.3 
 
 
363 aa  297  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  41.46 
 
 
366 aa  296  3e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  41.34 
 
 
366 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  41.62 
 
 
366 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  40.45 
 
 
363 aa  295  6e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  41.34 
 
 
366 aa  295  7e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  41.34 
 
 
366 aa  295  7e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  41.67 
 
 
367 aa  295  8e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  41.11 
 
 
366 aa  295  8e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  41.67 
 
 
367 aa  295  9e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  40.33 
 
 
367 aa  294  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  42.74 
 
 
363 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  41.83 
 
 
366 aa  293  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3719  periplasmic polyamine-binding protein, putative  41.67 
 
 
367 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0307875  normal  0.343759 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  41.11 
 
 
361 aa  293  3e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2188  extracellular solute-binding protein  41.11 
 
 
367 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414153  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4922  extracellular solute-binding protein  42.48 
 
 
365 aa  293  4e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2045  extracellular solute-binding protein  41.39 
 
 
367 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.76929  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  39.89 
 
 
362 aa  292  6e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  39.72 
 
 
366 aa  291  9e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40.56 
 
 
370 aa  291  9e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40.56 
 
 
370 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40.56 
 
 
370 aa  291  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  40.56 
 
 
370 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40.56 
 
 
370 aa  291  1e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  41.39 
 
 
370 aa  290  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  41.57 
 
 
369 aa  290  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  39.61 
 
 
366 aa  290  3e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  40.28 
 
 
370 aa  289  4e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40.28 
 
 
370 aa  289  4e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40.28 
 
 
370 aa  289  4e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40.28 
 
 
369 aa  288  9e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  42.32 
 
 
366 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40 
 
 
371 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40 
 
 
371 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  38.89 
 
 
370 aa  288  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  40.94 
 
 
365 aa  288  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40 
 
 
371 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  40.22 
 
 
365 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40 
 
 
371 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  40.38 
 
 
364 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  39.72 
 
 
369 aa  286  5e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 
367 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  39.72 
 
 
371 aa  285  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 
364 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  40.83 
 
 
369 aa  283  3.0000000000000004e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 
364 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  39.84 
 
 
364 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  39.89 
 
 
364 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  39.66 
 
 
365 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  39.89 
 
 
364 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  39.89 
 
 
364 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  39.61 
 
 
364 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  37.95 
 
 
361 aa  281  1e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  39.39 
 
 
366 aa  281  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  39.89 
 
 
364 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  41 
 
 
366 aa  280  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  39 
 
 
365 aa  280  3e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  39.33 
 
 
364 aa  279  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  39.33 
 
 
364 aa  279  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  39.33 
 
 
364 aa  279  5e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3523  extracellular solute-binding protein  39.34 
 
 
361 aa  279  6e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.401659  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  37.91 
 
 
364 aa  279  7e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  39.33 
 
 
364 aa  279  7e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  39 
 
 
369 aa  278  7e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  39 
 
 
369 aa  278  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  39.33 
 
 
364 aa  279  7e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  39 
 
 
369 aa  278  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  41.25 
 
 
371 aa  278  9e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  39.04 
 
 
356 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  40.82 
 
 
366 aa  278  1e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  39.44 
 
 
369 aa  276  3e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  39.27 
 
 
367 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5632  extracellular solute-binding protein  38.4 
 
 
366 aa  276  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0464998  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  39.33 
 
 
484 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  38.32 
 
 
368 aa  276  3e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  39.27 
 
 
367 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4758  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  43.02 
 
 
370 aa  276  4e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.263083  normal  0.244901 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4052  extracellular solute-binding protein  45.71 
 
 
357 aa  276  4e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  40 
 
 
369 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  39.34 
 
 
366 aa  275  7e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  39.34 
 
 
366 aa  275  9e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  39.17 
 
 
369 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1279  extracellular solute-binding protein  39.34 
 
 
366 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  40.11 
 
 
369 aa  275  1.0000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>