More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2219 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  100 
 
 		 304 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  44.04 
 
 		 301 aa  271  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  44.22 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  44.04 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  44.04 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  44.22 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  44.22 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  43.89 
 
 		 302 aa  269  5e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 330 aa  127  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.51 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4458  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00884299 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 347 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 352 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.3 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.06 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 333 aa  107  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.58 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 339 aa  105  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 329 aa  105  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3134  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 306 aa  103  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1154  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 322 aa  102  8e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.569492  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  28.43 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1058  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 334 aa  101  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 327 aa  99.8  6e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 337 aa  97.4  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 307 aa  95.9  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 324 aa  95.9  8e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.37 
 
 		 288 aa  95.5  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 317 aa  95.5  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  25.33 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  25.33 
 
 		 319 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 319 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  25.33 
 
 		 319 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 318 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 318 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 318 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 320 aa  93.2  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 319 aa  92.8  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 338 aa  90.9  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 344 aa  89.7  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  23.93 
 
 		 340 aa  87  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 328 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 777 aa  85.9  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 324 aa  85.9  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 335 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0534  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 368 aa  84.7  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0488  AraC family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 186 aa  83.2  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  27.7 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  28.98 
 
 		 350 aa  83.2  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 332 aa  82  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  24.33 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  24.33 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1779  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.255898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 330 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  23.81 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  27.06 
 
 		 348 aa  79.7  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.33 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 344 aa  79.3  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 327 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0853  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 395 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0449934  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 325 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  23.15 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 340 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 350 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6715  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 350 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 350 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  33.85 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1695  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.674415  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 350 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  26.74 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 332 aa  73.6  0.000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 334 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 791 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 325 aa  72.4  0.000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  22.89 
 
 		 791 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2148  AraC-type DNA-binding domain-containing proteins  29.02 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2058  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 330 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>