135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2158 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2158  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 		 262 aa  532  1e-150  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.198251  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0862  membrane lipoprotein lipid attachment site  57.03 
 
 		 256 aa  301  8.000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.349098  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0750  tol-pal system protein YbgF  55.65 
 
 		 255 aa  279  3e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000117019  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  46.34 
 
 		 287 aa  240  1e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0617  hypothetical protein  49.09 
 
 		 267 aa  228  9e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.144875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  38.15 
 
 		 267 aa  171  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  36.72 
 
 		 258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000204373  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  29.93 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  28.36 
 
 		 271 aa  105  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  28.31 
 
 		 278 aa  99.4  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  29.52 
 
 		 283 aa  94.4  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  29.52 
 
 		 283 aa  92  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  27.41 
 
 		 275 aa  87.8  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000441439  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  27.99 
 
 		 264 aa  85.9  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  28.02 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  29.07 
 
 		 266 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  35.04 
 
 		 325 aa  73.9  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  26.6 
 
 		 243 aa  72.8  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  34.82 
 
 		 272 aa  71.2  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  23.79 
 
 		 312 aa  69.7  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  30.14 
 
 		 239 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  32.73 
 
 		 322 aa  66.2  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  24.81 
 
 		 257 aa  66.2  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  32.73 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1580  TPR domain-containing protein  28.97 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0635876  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  30 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  22.44 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  28.99 
 
 		 335 aa  62.8  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  25.29 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  24.83 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  29.57 
 
 		 333 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2337  tetratricopeptide region  26.47 
 
 		 274 aa  55.8  0.0000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000123403  normal  0.0632651 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  28.57 
 
 		 386 aa  55.8  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0694  TPR repeat-containing protein  25.48 
 
 		 272 aa  55.5  0.0000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0490074  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  29.55 
 
 		 285 aa  55.5  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  29.73 
 
 		 377 aa  55.5  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  30.84 
 
 		 241 aa  54.7  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000429972  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  26.27 
 
 		 343 aa  54.7  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  29.25 
 
 		 279 aa  53.5  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4088  TPR repeat-containing protein  30.3 
 
 		 1057 aa  53.5  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.475202  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  23.08 
 
 		 242 aa  53.5  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0016  hypothetical protein  25.47 
 
 		 293 aa  53.1  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1518  TPR repeat-containing protein  26.62 
 
 		 293 aa  53.1  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00160085  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0924  ADP-heptose-LPS heptosyltransferase II  29.5 
 
 		 280 aa  52.8  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.708476  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0590  TPR repeat-containing protein  31.68 
 
 		 294 aa  52.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  27.34 
 
 		 285 aa  50.8  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  27.1 
 
 		 266 aa  50.4  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  28.04 
 
 		 269 aa  49.7  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  28.04 
 
 		 269 aa  49.7  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  28.04 
 
 		 269 aa  49.7  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2360  TPR repeat-containing protein  32.69 
 
 		 346 aa  49.3  0.00006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0361524  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  28.74 
 
 		 258 aa  49.3  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  24.7 
 
 		 245 aa  48.9  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  26.59 
 
 		 255 aa  48.9  0.00009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  25 
 
 		 272 aa  48.5  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0097  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.22 
 
 		 329 aa  48.1  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000120969  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  26.45 
 
 		 254 aa  48.1  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  25 
 
 		 272 aa  48.5  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  27.59 
 
 		 318 aa  47.4  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  28.12 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  28.12 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  27.36 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01613  hypothetical protein  25.16 
 
 		 188 aa  47.8  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  23.87 
 
 		 271 aa  47.8  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  28.12 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  28.12 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  28.12 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  27.1 
 
 		 261 aa  47  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1745  TPR repeat-containing protein  29.79 
 
 		 286 aa  47  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00037341  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  24.32 
 
 		 271 aa  47.4  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  29 
 
 		 395 aa  47.4  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  28.71 
 
 		 222 aa  46.6  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  25.23 
 
 		 253 aa  46.6  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0522  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.56 
 
 		 306 aa  46.6  0.0004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  25.21 
 
 		 249 aa  46.6  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  25.32 
 
 		 249 aa  46.6  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  25.75 
 
 		 249 aa  45.8  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  26.17 
 
 		 254 aa  45.8  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003911  TPR repeat-containing protein  28.04 
 
 		 250 aa  45.8  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100041  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  25 
 
 		 264 aa  46.2  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  32.14 
 
 		 265 aa  45.4  0.0008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  28.57 
 
 		 329 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2746  hypothetical protein  25.23 
 
 		 250 aa  44.7  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  23.19 
 
 		 304 aa  44.7  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2536  tol-pal system protein YbgF  25.23 
 
 		 249 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000911459  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2366  hypothetical protein  25.23 
 
 		 250 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000582291  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2438  hypothetical protein  25.23 
 
 		 250 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000167584  normal  0.413869 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2529  hypothetical protein  25.23 
 
 		 250 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000104047  normal  0.0224917 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  22.66 
 
 		 263 aa  45.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1748  TPR repeat-containing protein  25.23 
 
 		 249 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000756054  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1609  tetratricopeptide domain-containing protein  25.23 
 
 		 249 aa  45.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000616267  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1744  Tol-Pal system YbgF  25.23 
 
 		 249 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000201827  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1787  tol-pal system protein YbgF  25.23 
 
 		 249 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000124758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  26.85 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  25.11 
 
 		 272 aa  44.7  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0202  hypothetical protein  26.55 
 
 		 329 aa  44.7  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0127748  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  23.14 
 
 		 236 aa  44.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  28 
 
 		 333 aa  44.3  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  25.69 
 
 		 328 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0985  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.31 
 
 		 311 aa  44.7  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.233637  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>