More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3665 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  100 
 
 
331 aa  657    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  79.46 
 
 
332 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  80.06 
 
 
332 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  73.11 
 
 
332 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  76.13 
 
 
333 aa  489  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  71.9 
 
 
332 aa  485  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  73.11 
 
 
332 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  69.18 
 
 
332 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  69.49 
 
 
332 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  72.34 
 
 
332 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  71.3 
 
 
331 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  38.02 
 
 
353 aa  233  4.0000000000000004e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  36.5 
 
 
341 aa  218  8.999999999999998e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.66 
 
 
343 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  36.5 
 
 
341 aa  216  5e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  33.91 
 
 
357 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  39.47 
 
 
343 aa  202  7e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.99 
 
 
343 aa  201  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  39.17 
 
 
343 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.17 
 
 
343 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.87 
 
 
343 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  39.17 
 
 
343 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.82 
 
 
342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  39.17 
 
 
343 aa  199  5e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  39.17 
 
 
343 aa  199  5e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  39.17 
 
 
343 aa  199  5e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  35.61 
 
 
340 aa  199  7e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  39.1 
 
 
342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.82 
 
 
349 aa  198  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.21 
 
 
342 aa  195  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.21 
 
 
342 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.54 
 
 
342 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.51 
 
 
342 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.54 
 
 
342 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  38.2 
 
 
360 aa  190  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.18 
 
 
376 aa  188  9e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.81 
 
 
345 aa  187  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.46 
 
 
345 aa  186  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.23 
 
 
347 aa  185  7e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.99 
 
 
347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.99 
 
 
347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.99 
 
 
347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.43 
 
 
344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.72 
 
 
347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.72 
 
 
347 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.42 
 
 
343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.72 
 
 
347 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.72 
 
 
347 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.63 
 
 
345 aa  182  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.72 
 
 
347 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.4 
 
 
320 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.32 
 
 
341 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.68 
 
 
348 aa  178  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.96 
 
 
347 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0100  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.43 
 
 
353 aa  177  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50019  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  37.14 
 
 
353 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  37.14 
 
 
353 aa  176  5e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.92 
 
 
342 aa  176  6e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.79 
 
 
353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  36.59 
 
 
353 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.91 
 
 
333 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.57 
 
 
365 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.87 
 
 
383 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4312  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.07 
 
 
379 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2380  methyltransferase small  36.69 
 
 
382 aa  103  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.43 
 
 
356 aa  100  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  28.03 
 
 
378 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.03 
 
 
378 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.03 
 
 
378 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  28.03 
 
 
378 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  27.51 
 
 
378 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3407  methyltransferase family protein  28.79 
 
 
378 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3481  methyltransferase family protein  28.79 
 
 
378 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  28.41 
 
 
378 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  33.2 
 
 
305 aa  99  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  27.27 
 
 
378 aa  99  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3577  methyltransferase family protein  28.79 
 
 
378 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.227162 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3411  methyltransferase family protein  28.79 
 
 
378 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  27.8 
 
 
378 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  31.65 
 
 
312 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  27.65 
 
 
378 aa  97.8  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.03 
 
 
378 aa  98.2  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.315879 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3515  methyltransferase family protein  28.41 
 
 
378 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000598825 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  31.65 
 
 
308 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0536  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.11 
 
 
379 aa  96.3  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3436  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.12 
 
 
412 aa  96.3  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0930  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.45 
 
 
377 aa  96.3  7e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0753  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.74 
 
 
379 aa  95.9  8e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181383  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.32 
 
 
378 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1622  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.8 
 
 
407 aa  95.5  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.254122 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.32 
 
 
378 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.32 
 
 
378 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.32 
 
 
378 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3107  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25.82 
 
 
424 aa  93.6  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3506  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.93 
 
 
385 aa  93.6  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2296  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25.36 
 
 
382 aa  93.2  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2170  methyltransferase  28.52 
 
 
340 aa  93.2  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0788823  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3625  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25.47 
 
 
419 aa  91.7  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.652019  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0968  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.36 
 
 
377 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  31.25 
 
 
377 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>