More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3218 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3218  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  100 
 
 
551 aa  1092    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.359634  normal  0.412717 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6645  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.58 
 
 
583 aa  261  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.983597 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67010  putative chemotaxis transducer  53.1 
 
 
647 aa  253  6e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1254  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.78 
 
 
639 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523103  normal  0.0331864 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1059  methyl-accepting chemotaxis protein  44.26 
 
 
629 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0905  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  44.26 
 
 
640 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.746842  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0742  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.72 
 
 
581 aa  247  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3139  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.69 
 
 
640 aa  248  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.753261  normal  0.0120166 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0445  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.84 
 
 
638 aa  248  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.455391  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4894  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.29 
 
 
638 aa  247  4e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.291281  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5852  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.79 
 
 
618 aa  247  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217953  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5020  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.45 
 
 
638 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5811  putative chemotaxis transducer  52.41 
 
 
647 aa  243  5e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5070  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.35 
 
 
638 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2616  methyl-accepting chemotaxis protein  44.54 
 
 
633 aa  242  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00438795  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0380  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  46.74 
 
 
638 aa  241  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2284  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.48 
 
 
547 aa  237  5.0000000000000005e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206976  hitchhiker  0.0000952985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1426  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.33 
 
 
634 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0444  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.9 
 
 
647 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.414929  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6240  chemotaxis sensory transducer  32.48 
 
 
556 aa  233  6e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2548  methyl-accepting chemotaxis protein  35.1 
 
 
525 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00975221  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1701  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.48 
 
 
650 aa  231  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.076135 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1798  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  45.79 
 
 
681 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.668901  normal  0.381267 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0232  methyl-accepting chemotaxis protein  33.59 
 
 
580 aa  231  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1130  methyl-accepting chemotaxis protein  33.59 
 
 
580 aa  231  3e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.306094  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2002  methyl-accepting chemotaxis protein  33.59 
 
 
580 aa  231  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1571  methyl-accepting chemotaxis protein  33.59 
 
 
580 aa  231  3e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0927  methyl-accepting chemotaxis protein  33.59 
 
 
580 aa  231  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2139  methyl-accepting chemotaxis protein  33.59 
 
 
616 aa  230  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.942679  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2356  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  42.82 
 
 
619 aa  229  7e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0809243  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2966  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  42.06 
 
 
642 aa  229  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.249585  normal  0.113943 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6305  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.27 
 
 
528 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5306  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.27 
 
 
565 aa  229  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00488588  normal  0.0415564 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3680  methyl-accepting chemotaxis protein  43.99 
 
 
676 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1523  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.55 
 
 
539 aa  228  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5092  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  45.33 
 
 
640 aa  227  4e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2374  methyl-accepting chemotaxis protein  34.79 
 
 
586 aa  227  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.205822  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6699  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.27 
 
 
528 aa  227  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.971949  normal  0.6752 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6464  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.27 
 
 
528 aa  227  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5071  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.9 
 
 
647 aa  226  8e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0157  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.39 
 
 
646 aa  226  8e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.805637  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2436  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.8 
 
 
539 aa  226  9e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.633872  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1983  methyl-accepting chemotaxis protein  33.4 
 
 
580 aa  226  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5021  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.47 
 
 
647 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0828859  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4895  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.27 
 
 
739 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247309  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3098  methyl-accepting chemotaxis protein  42.13 
 
 
642 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.398555  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3809  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.72 
 
 
547 aa  224  4e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4332  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.06 
 
 
545 aa  224  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.167851  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5865  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.42 
 
 
539 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.439663  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0409  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.44 
 
 
585 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4440  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.42 
 
 
539 aa  223  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3926  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.42 
 
 
539 aa  223  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.279293  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5553  methyl-accepting chemotaxis protein  43.45 
 
 
640 aa  223  9e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1789  chemotaxis sensory transducer  35.5 
 
 
546 aa  221  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.478165  decreased coverage  0.000703042 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1894  methyl-accepting chemotaxis transducer transmembrane protein  30.4 
 
 
535 aa  221  3.9999999999999997e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0710104  normal  0.94486 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3705  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.34 
 
 
541 aa  220  5e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0963791  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0341  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.65 
 
 
544 aa  219  7.999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.53 
 
 
639 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1353  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.23 
 
 
547 aa  219  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.769572  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0778  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.48 
 
 
639 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66043 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4658  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.21 
 
 
639 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.415489  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.21 
 
 
639 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.886367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2095  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.45 
 
 
520 aa  217  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.649492  normal  0.265934 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1771  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.45 
 
 
520 aa  217  5e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.841752 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5159  methyl-accepting chemotaxis protein  47.18 
 
 
638 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4301  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.83 
 
 
587 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3284  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.21 
 
 
522 aa  215  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5160  methyl-accepting chemotaxis protein  45 
 
 
647 aa  212  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.391343  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1007  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.07 
 
 
573 aa  210  5e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.02936  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0728  chemotaxis sensory transducer  43.61 
 
 
639 aa  210  6e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0513  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.4 
 
 
542 aa  209  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1006  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.94 
 
 
573 aa  208  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1150  chemotaxis sensory transducer  36.01 
 
 
551 aa  208  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0379  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  44.79 
 
 
647 aa  208  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.454626  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43220  putative methyl-accepting chemotaxis transducer  42.31 
 
 
652 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.625872 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3582  methyl-accepting chemotaxis protein  35.9 
 
 
541 aa  206  8e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0106  methyl-accepting chemotaxis protein  35.08 
 
 
546 aa  206  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.827543  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.67 
 
 
541 aa  205  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1334  methyl-accepting chemotaxis protein  37.78 
 
 
550 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0378  chemotaxis sensory transducer  47.52 
 
 
638 aa  204  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.68857  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1674  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.44 
 
 
543 aa  204  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0466  methyl-accepting chemotaxis protein  31.55 
 
 
541 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61300  putative chemotaxis transducer  38.95 
 
 
712 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.862971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2109  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  35.83 
 
 
539 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.950044  normal  0.0787865 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0447  chemotaxis sensory transducer  39.33 
 
 
541 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.39 
 
 
540 aa  202  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3685  methyl-accepting chemotaxis protein  32.27 
 
 
546 aa  201  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4833  chemotaxis sensory transducer  33.67 
 
 
541 aa  201  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000956827  normal  0.082646 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1539  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  41.91 
 
 
626 aa  200  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.206608  normal  0.0710897 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5868  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.67 
 
 
541 aa  200  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5279  putative chemotaxis transducer  39.14 
 
 
712 aa  200  7e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0493383  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2443  putative chemotaxis transducer  42.42 
 
 
531 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28050  putative chemotaxis transducer  43 
 
 
531 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.652078  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3379  methyl-accepting chemotaxis protein  37.67 
 
 
559 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0868  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  32.01 
 
 
546 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.872643 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2471  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.99 
 
 
425 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.817651  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2663  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.19 
 
 
520 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0198398  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2284  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.33 
 
 
653 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00297466 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4192  chemotaxis sensory transducer  40.38 
 
 
654 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3351  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  38.29 
 
 
570 aa  196  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0540062  normal  0.0241334 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>