102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3336 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  100 
 
 		 149 aa  306  4e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5197  DNA polymerase III chi subunit HolC  58 
 
 		 150 aa  179  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3108  DNA polymerase III chi subunit HolC  58 
 
 		 150 aa  178  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5406  DNA polymerase III chi subunit HolC  56.67 
 
 		 150 aa  178  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0767  DNA polymerase III subunit chi  57.05 
 
 		 149 aa  174  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.100717 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4656  DNA polymerase III chi subunit HolC  56.67 
 
 		 150 aa  174  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.39691 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5119  DNA polymerase III chi subunit HolC  56.67 
 
 		 150 aa  174  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1755  DNA polymerase III subunit chi  54.79 
 
 		 172 aa  174  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5564  DNA polymerase III chi subunit HolC  55.33 
 
 		 150 aa  173  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  56.38 
 
 		 149 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  55.41 
 
 		 153 aa  172  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  56.38 
 
 		 149 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  54.9 
 
 		 153 aa  170  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  55.7 
 
 		 150 aa  168  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  55.7 
 
 		 150 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1675  DNA polymerase III subunit chi  56.67 
 
 		 150 aa  168  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0690  DNA polymerase III subunit chi  53.69 
 
 		 149 aa  167  4e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.435685  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0681  DNA polymerase III subunit chi  53.69 
 
 		 149 aa  167  4e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2338  DNA polymerase III subunit chi  55.7 
 
 		 151 aa  166  9e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1228  DNA polymerase III subunit chi  50.34 
 
 		 150 aa  165  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.022673  normal  0.528347 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  53.69 
 
 		 150 aa  164  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2599  DNA polymerase III subunit chi  51.68 
 
 		 149 aa  160  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1546  hypothetical protein  53.02 
 
 		 149 aa  160  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266467  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  51.01 
 
 		 160 aa  158  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2220  DNA polymerase III chi subunit HolC  52.67 
 
 		 151 aa  158  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3833  DNA polymerase III subunit chi  56.38 
 
 		 150 aa  157  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543729  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  51.01 
 
 		 150 aa  156  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0509  DNA polymerase III subunit chi  46.98 
 
 		 149 aa  152  1e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0649  DNA polymerase III chi subunit HolC  48.05 
 
 		 156 aa  150  5e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0951  DNA polymerase III subunit chi  44.37 
 
 		 154 aa  122  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3053  DNA polymerase III subunit chi  44.3 
 
 		 148 aa  120  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00465951  normal  0.254761 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1816  DNA polymerase III subunit chi  44.37 
 
 		 154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  42.38 
 
 		 151 aa  113  8.999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2898  DNA polymerase III subunit chi  44.08 
 
 		 152 aa  110  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1542  DNA polymerase III subunit chi  43.24 
 
 		 148 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0904  DNA polymerase III subunit chi  42.76 
 
 		 149 aa  99  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.166352  normal  0.0444908 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1123  DNA polymerase III subunit chi  43.92 
 
 		 158 aa  98.6  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.144484 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2411  DNA polymerase III subunit chi  46.31 
 
 		 155 aa  84.3  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1760  DNA polymerase III chi subunit, HolC  35.33 
 
 		 149 aa  81.6  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  28.77 
 
 		 157 aa  69.3  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  30.43 
 
 		 144 aa  63.5  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0892  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.72 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.724559  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  31.67 
 
 		 138 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  27.27 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.56 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.5 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.37 
 
 		 139 aa  53.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.3 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  34.12 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  34.12 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  34.12 
 
 		 138 aa  52  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  34.12 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  34.12 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  34.12 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  34.12 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1652  DNA polymerase III subunit chi  34.12 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291521  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1232  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.09 
 
 		 154 aa  52.4  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1548  DNA polymerase III, chi subunit  25 
 
 		 138 aa  51.6  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  29.17 
 
 		 138 aa  51.2  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  29.71 
 
 		 144 aa  50.4  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2514  DNA polymerase III subunit chi  34.12 
 
 		 138 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3540  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.83 
 
 		 143 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2382  DNA polymerase III subunit chi  34.12 
 
 		 138 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3161  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.36 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.36 
 
 		 155 aa  48.9  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  27.5 
 
 		 138 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  23.13 
 
 		 143 aa  47.8  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  29.32 
 
 		 152 aa  47.4  0.00006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.97 
 
 		 140 aa  47.4  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1854  DNA polymerase III subunit chi  30 
 
 		 138 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2465  DNA polymerase III subunit chi  30 
 
 		 138 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2470  DNA polymerase III subunit chi  30 
 
 		 138 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5796  DNA polymerase III subunit chi  34.12 
 
 		 138 aa  47  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  26.95 
 
 		 154 aa  47  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1224  DNA polymerase III chi subunit  35.06 
 
 		 152 aa  47  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.009619  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1749  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.74 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.95 
 
 		 156 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  25 
 
 		 139 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2682  DNA polymerase III subunit chi  28.74 
 
 		 144 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0568608  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  26.87 
 
 		 146 aa  45.4  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  25.69 
 
 		 156 aa  45.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  31.36 
 
 		 141 aa  45.8  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  31.36 
 
 		 141 aa  45.4  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  28.21 
 
 		 144 aa  45.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.93 
 
 		 150 aa  44.7  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1726  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.15 
 
 		 146 aa  44.3  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  25.19 
 
 		 142 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1922  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.15 
 
 		 146 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.127132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.85 
 
 		 146 aa  43.5  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  25.93 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  25.93 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  25.19 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25 
 
 		 156 aa  42.7  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  24.14 
 
 		 169 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  25.22 
 
 		 144 aa  41.6  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  25.19 
 
 		 142 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  24.68 
 
 		 157 aa  41.2  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.57 
 
 		 146 aa  41.2  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  25.19 
 
 		 142 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  26.87 
 
 		 145 aa  40.8  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>