128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0988 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 142 aa  294  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  77.46 
 
 		 142 aa  238  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  77.46 
 
 		 142 aa  235  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  64.79 
 
 		 142 aa  207  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  64.79 
 
 		 142 aa  205  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  66.2 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  66.2 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  64.79 
 
 		 142 aa  201  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  64.79 
 
 		 142 aa  201  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  64.79 
 
 		 142 aa  200  6e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  45.32 
 
 		 147 aa  131  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  42.25 
 
 		 143 aa  124  6e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  40.15 
 
 		 139 aa  108  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.88 
 
 		 150 aa  105  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  35.97 
 
 		 139 aa  101  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  34.23 
 
 		 149 aa  98.6  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  34.29 
 
 		 144 aa  97.1  7e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  34.29 
 
 		 144 aa  95.1  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.33 
 
 		 153 aa  90.1  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  39.1 
 
 		 152 aa  87  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.58 
 
 		 140 aa  83.2  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  39.13 
 
 		 146 aa  81.3  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.58 
 
 		 156 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.58 
 
 		 156 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.39 
 
 		 140 aa  80.1  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  35 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2682  DNA polymerase III subunit chi  40.41 
 
 		 144 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0568608  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  32.17 
 
 		 143 aa  77.8  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  35.51 
 
 		 151 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  31.08 
 
 		 154 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.08 
 
 		 154 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.08 
 
 		 154 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.08 
 
 		 154 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.34 
 
 		 153 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.14 
 
 		 163 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  27.78 
 
 		 157 aa  72.8  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  29.45 
 
 		 147 aa  73.2  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000426106  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.78 
 
 		 176 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.57 
 
 		 167 aa  72  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  32.43 
 
 		 144 aa  71.6  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.57 
 
 		 174 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2414  DNA polymerase III subunit chi  36.99 
 
 		 142 aa  70.9  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.57 
 
 		 174 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.7 
 
 		 174 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  32.86 
 
 		 138 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  36.88 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  31.39 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.08 
 
 		 149 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3738  DNA-directed DNA polymerase  29.58 
 
 		 147 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  32.14 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04125  DNA polymerase III subunit chi  29.58 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171112  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5780  DNA polymerase III subunit chi  29.58 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4825  DNA polymerase III subunit chi  29.58 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.86 
 
 		 156 aa  68.6  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4762  DNA polymerase III subunit chi  29.58 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0153251  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3558  DNA polymerase III subunit chi  32.64 
 
 		 156 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.967018  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4862  DNA polymerase III subunit chi  29.58 
 
 		 160 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0611412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4732  DNA polymerase III subunit chi  29.58 
 
 		 160 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8643  normal  0.315665 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4881  DNA polymerase III subunit chi  29.58 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.983564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4515  DNA polymerase III subunit chi  29.58 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000205378  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4830  DNA polymerase III subunit chi  29.58 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0579073  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3753  DNA polymerase III subunit chi  29.58 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.137186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4822  DNA polymerase III subunit chi  29.58 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00375029  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04089  hypothetical protein  29.58 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.218538  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4739  DNA polymerase III subunit chi  29.58 
 
 		 160 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00452125  normal  0.589357 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0525  DNA polymerase III subunit chi  30 
 
 		 147 aa  67  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03636  DNA polymerase III subunit chi  26.53 
 
 		 150 aa  67  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2594  DNA polymerase III chi subunit HolC  35.61 
 
 		 145 aa  67  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0380592 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002427  DNA polymerase III chi subunit  26.53 
 
 		 150 aa  67  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0267935  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.99 
 
 		 169 aa  66.2  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  30.56 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3649  DNA polymerase III subunit chi  28.87 
 
 		 147 aa  65.9  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.303922 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  32.87 
 
 		 141 aa  65.5  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  34.97 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  34.97 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  34.97 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  34.97 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  34.97 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  34.97 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  34.97 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1652  DNA polymerase III subunit chi  34.97 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291521  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  37.4 
 
 		 146 aa  65.1  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.63 
 
 		 155 aa  63.9  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3544  DNA polymerase III subunit chi  30.5 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0256768  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4046  DNA polymerase III subunit chi  30.5 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0101072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3680  DNA polymerase III subunit chi  30.5 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1232  DNA polymerase III chi subunit HolC  26.32 
 
 		 154 aa  63.5  0.0000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  32.64 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3721  DNA polymerase III subunit chi  30.56 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1854  DNA polymerase III subunit chi  34.29 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2465  DNA polymerase III subunit chi  34.29 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2470  DNA polymerase III subunit chi  34.29 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0387  DNA polymerase III subunit chi  31.21 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0443  DNA polymerase III subunit chi  31.21 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  30.77 
 
 		 146 aa  61.2  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2084  DNA polymerase III subunit chi  29.25 
 
 		 149 aa  60.8  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000200147  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2514  DNA polymerase III subunit chi  34.29 
 
 		 138 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2678  DNA polymerase III subunit chi  35.62 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5796  DNA polymerase III subunit chi  34.29 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2218  DNA polymerase III subunit chi  35.62 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.794727 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>