69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1546 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1546  hypothetical protein  100 
 
 		 149 aa  310  2.9999999999999996e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266467  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  67.11 
 
 		 149 aa  218  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  65.77 
 
 		 149 aa  209  7.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0767  DNA polymerase III subunit chi  64.43 
 
 		 149 aa  201  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.100717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1755  DNA polymerase III subunit chi  53.42 
 
 		 172 aa  169  9e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2599  DNA polymerase III subunit chi  53.69 
 
 		 149 aa  168  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0690  DNA polymerase III subunit chi  53.69 
 
 		 149 aa  168  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.435685  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0681  DNA polymerase III subunit chi  53.69 
 
 		 149 aa  168  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2220  DNA polymerase III chi subunit HolC  52.67 
 
 		 151 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  53.02 
 
 		 149 aa  160  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5564  DNA polymerase III chi subunit HolC  50.67 
 
 		 150 aa  160  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2338  DNA polymerase III subunit chi  51.68 
 
 		 151 aa  157  6e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5406  DNA polymerase III chi subunit HolC  50.67 
 
 		 150 aa  154  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3108  DNA polymerase III chi subunit HolC  48.68 
 
 		 150 aa  153  7e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4656  DNA polymerase III chi subunit HolC  48.67 
 
 		 150 aa  152  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.39691 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5119  DNA polymerase III chi subunit HolC  48.67 
 
 		 150 aa  152  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5197  DNA polymerase III chi subunit HolC  48.67 
 
 		 150 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1675  DNA polymerase III subunit chi  50.34 
 
 		 150 aa  149  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  50.34 
 
 		 150 aa  147  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  48.99 
 
 		 150 aa  148  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  48.37 
 
 		 153 aa  147  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  48.99 
 
 		 150 aa  146  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  48.32 
 
 		 150 aa  144  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  47.3 
 
 		 153 aa  143  7.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3833  DNA polymerase III subunit chi  49.66 
 
 		 150 aa  142  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543729  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1228  DNA polymerase III subunit chi  44.9 
 
 		 150 aa  142  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.022673  normal  0.528347 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0509  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 		 149 aa  140  4e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0649  DNA polymerase III chi subunit HolC  46.75 
 
 		 156 aa  140  7e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0951  DNA polymerase III subunit chi  44.37 
 
 		 154 aa  123  9e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  42.28 
 
 		 160 aa  122  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1816  DNA polymerase III subunit chi  43.71 
 
 		 154 aa  116  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  42.11 
 
 		 151 aa  108  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2898  DNA polymerase III subunit chi  40.52 
 
 		 152 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1542  DNA polymerase III subunit chi  41.61 
 
 		 148 aa  103  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1123  DNA polymerase III subunit chi  42.95 
 
 		 158 aa  101  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.144484 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3053  DNA polymerase III subunit chi  39.6 
 
 		 148 aa  101  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00465951  normal  0.254761 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0904  DNA polymerase III subunit chi  38.41 
 
 		 149 aa  95.1  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.166352  normal  0.0444908 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  34.69 
 
 		 157 aa  77.4  0.00000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2411  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 		 155 aa  74.3  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1760  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32 
 
 		 149 aa  70.5  0.000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0892  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.34 
 
 		 143 aa  58.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.724559  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  24.82 
 
 		 150 aa  52.8  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.17 
 
 		 143 aa  50.8  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  27.61 
 
 		 143 aa  49.7  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.57 
 
 		 147 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  28.17 
 
 		 144 aa  48.9  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.12 
 
 		 140 aa  47.8  0.00005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  29.41 
 
 		 138 aa  48.1  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  28.47 
 
 		 144 aa  47  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.78 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  27.69 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  26.62 
 
 		 139 aa  47  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  26.45 
 
 		 138 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  27.97 
 
 		 157 aa  44.7  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  24.79 
 
 		 138 aa  43.9  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  25.34 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5796  DNA polymerase III subunit chi  29.75 
 
 		 138 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  27.69 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2382  DNA polymerase III subunit chi  28.93 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2470  DNA polymerase III subunit chi  29.41 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2465  DNA polymerase III subunit chi  29.41 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.85 
 
 		 146 aa  42.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2514  DNA polymerase III subunit chi  28.93 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1854  DNA polymerase III subunit chi  29.41 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2224  DNA polymerase III subunit chi  25.21 
 
 		 138 aa  42  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.534333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.57 
 
 		 140 aa  42  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  34.25 
 
 		 140 aa  40.4  0.009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  27.54 
 
 		 142 aa  40.4  0.009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  29.85 
 
 		 152 aa  40  0.01  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>