154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0288 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  100 
 
 
143 aa  300  4.0000000000000003e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  46.81 
 
 
147 aa  136  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  41.73 
 
 
144 aa  130  6e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  44.37 
 
 
142 aa  128  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  41.55 
 
 
142 aa  127  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  41.73 
 
 
144 aa  127  5.0000000000000004e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  42.55 
 
 
142 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  42.96 
 
 
142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  42.55 
 
 
142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  43.66 
 
 
142 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  46.27 
 
 
152 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  42.25 
 
 
142 aa  124  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  42.96 
 
 
142 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  42.96 
 
 
142 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  42.96 
 
 
142 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  39.72 
 
 
139 aa  116  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  35.92 
 
 
150 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  43.48 
 
 
140 aa  113  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  40.14 
 
 
138 aa  108  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  38.3 
 
 
143 aa  101  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.17 
 
 
140 aa  100  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.24 
 
 
156 aa  99.4  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  37.86 
 
 
138 aa  99  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  39.37 
 
 
176 aa  98.2  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  37.14 
 
 
138 aa  97.8  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  36.24 
 
 
156 aa  98.2  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.99 
 
 
154 aa  97.1  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.99 
 
 
154 aa  97.1  7e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.31 
 
 
153 aa  97.1  7e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  37.67 
 
 
154 aa  97.1  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.99 
 
 
154 aa  96.3  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  40.71 
 
 
146 aa  95.9  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  32.39 
 
 
154 aa  94.4  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.44 
 
 
163 aa  94.7  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  33.54 
 
 
174 aa  94.4  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  34.23 
 
 
149 aa  94  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  32.3 
 
 
167 aa  94  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.16 
 
 
174 aa  93.6  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0525  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 
147 aa  93.6  8e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  32.92 
 
 
174 aa  93.6  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  34.69 
 
 
149 aa  93.6  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  34.44 
 
 
153 aa  92.8  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  33.56 
 
 
144 aa  91.3  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  34.59 
 
 
139 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  34.01 
 
 
157 aa  88.6  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.33 
 
 
156 aa  87.4  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2514  DNA polymerase III subunit chi  38.57 
 
 
138 aa  87  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1854  DNA polymerase III subunit chi  39.29 
 
 
138 aa  86.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2470  DNA polymerase III subunit chi  39.29 
 
 
138 aa  86.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2465  DNA polymerase III subunit chi  39.29 
 
 
138 aa  86.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  40.14 
 
 
138 aa  86.3  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  37.86 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  39.44 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5796  DNA polymerase III subunit chi  39.29 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  37.86 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  37.86 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  39.44 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  39.44 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1652  DNA polymerase III subunit chi  37.86 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291521  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2382  DNA polymerase III subunit chi  37.86 
 
 
138 aa  84.7  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  32.87 
 
 
141 aa  84.3  5e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  35.48 
 
 
145 aa  84.3  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1232  DNA polymerase III chi subunit HolC  32.91 
 
 
154 aa  84  6e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  32.87 
 
 
141 aa  83.6  8e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  35.21 
 
 
140 aa  83.6  9e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  34.97 
 
 
151 aa  82  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  29.45 
 
 
147 aa  81.6  0.000000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000426106  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.28 
 
 
155 aa  80.9  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2414  DNA polymerase III subunit chi  36.81 
 
 
142 aa  78.6  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2682  DNA polymerase III subunit chi  38.03 
 
 
144 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0568608  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2678  DNA polymerase III subunit chi  39.66 
 
 
142 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  31.72 
 
 
144 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  33.56 
 
 
141 aa  78.6  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01577  DNA polymerase III chi subunit  29.2 
 
 
140 aa  78.2  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.167803  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  37.5 
 
 
144 aa  77.8  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0394  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.61 
 
 
160 aa  77.8  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3558  DNA polymerase III subunit chi  32.17 
 
 
156 aa  76.6  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.967018  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03636  DNA polymerase III subunit chi  27.03 
 
 
150 aa  75.9  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2224  DNA polymerase III subunit chi  34.29 
 
 
138 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.534333  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  33.87 
 
 
146 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002427  DNA polymerase III chi subunit  26.35 
 
 
150 aa  74.3  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0267935  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2218  DNA polymerase III subunit chi  37.07 
 
 
142 aa  74.3  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3680  DNA polymerase III subunit chi  32.17 
 
 
149 aa  73.9  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3544  DNA polymerase III subunit chi  32.17 
 
 
149 aa  73.9  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0256768  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4046  DNA polymerase III subunit chi  32.17 
 
 
149 aa  73.9  0.0000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0101072  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2594  DNA polymerase III chi subunit HolC  36.72 
 
 
145 aa  73.9  0.0000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0380592 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4881  DNA polymerase III subunit chi  31.47 
 
 
147 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.983564  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4762  DNA polymerase III subunit chi  31.47 
 
 
147 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0153251  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4825  DNA polymerase III subunit chi  31.47 
 
 
147 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  35.59 
 
 
146 aa  73.2  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4862  DNA polymerase III subunit chi  31.47 
 
 
160 aa  72.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0611412  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4732  DNA polymerase III subunit chi  31.47 
 
 
160 aa  72.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8643  normal  0.315665 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3721  DNA polymerase III subunit chi  30.77 
 
 
149 aa  71.6  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3738  DNA-directed DNA polymerase  29.37 
 
 
147 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  30.77 
 
 
141 aa  70.9  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04125  DNA polymerase III subunit chi  29.37 
 
 
147 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171112  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5780  DNA polymerase III subunit chi  30.07 
 
 
147 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3753  DNA polymerase III subunit chi  30.07 
 
 
147 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.137186  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1858  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.94 
 
 
141 aa  70.1  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4515  DNA polymerase III subunit chi  30.07 
 
 
147 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000205378  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>