71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0767 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0767  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 149 aa  308  2e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.100717 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  75.84 
 
 		 149 aa  249  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  73.15 
 
 		 149 aa  241  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1546  hypothetical protein  64.43 
 
 		 149 aa  201  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266467  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1755  DNA polymerase III subunit chi  60.27 
 
 		 172 aa  195  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0690  DNA polymerase III subunit chi  59.73 
 
 		 149 aa  186  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.435685  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0681  DNA polymerase III subunit chi  59.73 
 
 		 149 aa  186  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2599  DNA polymerase III subunit chi  57.72 
 
 		 149 aa  179  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  57.05 
 
 		 149 aa  174  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  54.25 
 
 		 153 aa  172  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2338  DNA polymerase III subunit chi  56.38 
 
 		 151 aa  167  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  55.7 
 
 		 150 aa  167  6e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  55.03 
 
 		 150 aa  166  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1675  DNA polymerase III subunit chi  56.67 
 
 		 150 aa  166  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5564  DNA polymerase III chi subunit HolC  51.33 
 
 		 150 aa  166  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5406  DNA polymerase III chi subunit HolC  52.67 
 
 		 150 aa  165  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5197  DNA polymerase III chi subunit HolC  52 
 
 		 150 aa  164  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3108  DNA polymerase III chi subunit HolC  50.67 
 
 		 150 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  53.02 
 
 		 150 aa  161  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4656  DNA polymerase III chi subunit HolC  50.67 
 
 		 150 aa  161  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.39691 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5119  DNA polymerase III chi subunit HolC  50.67 
 
 		 150 aa  161  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0509  DNA polymerase III subunit chi  45.64 
 
 		 149 aa  159  2e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1228  DNA polymerase III subunit chi  47.92 
 
 		 150 aa  154  4e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.022673  normal  0.528347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3833  DNA polymerase III subunit chi  54.36 
 
 		 150 aa  154  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543729  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  47.97 
 
 		 153 aa  150  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  51.01 
 
 		 150 aa  150  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2220  DNA polymerase III chi subunit HolC  50 
 
 		 151 aa  147  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0649  DNA polymerase III chi subunit HolC  43.51 
 
 		 156 aa  133  6.0000000000000005e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0951  DNA polymerase III subunit chi  45.03 
 
 		 154 aa  119  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2898  DNA polymerase III subunit chi  43.05 
 
 		 152 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  40.4 
 
 		 151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 		 160 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1542  DNA polymerase III subunit chi  42.86 
 
 		 148 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1816  DNA polymerase III subunit chi  41.72 
 
 		 154 aa  108  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1123  DNA polymerase III subunit chi  44.22 
 
 		 158 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.144484 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0904  DNA polymerase III subunit chi  41.06 
 
 		 149 aa  105  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.166352  normal  0.0444908 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3053  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 		 148 aa  105  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00465951  normal  0.254761 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  34.46 
 
 		 157 aa  79.7  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2411  DNA polymerase III subunit chi  42.28 
 
 		 155 aa  73.6  0.0000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1760  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.33 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  31.34 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.71 
 
 		 147 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.66 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.28 
 
 		 143 aa  52.4  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  28.06 
 
 		 144 aa  52.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.78 
 
 		 139 aa  51.2  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0892  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.67 
 
 		 143 aa  50.4  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.724559  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.15 
 
 		 150 aa  49.7  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1548  DNA polymerase III, chi subunit  22.79 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  30.22 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  31.21 
 
 		 142 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  23.88 
 
 		 140 aa  45.1  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  27.14 
 
 		 138 aa  44.7  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  23.88 
 
 		 154 aa  44.7  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  33.03 
 
 		 142 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  31.16 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  23.48 
 
 		 141 aa  42.7  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  33.03 
 
 		 142 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  25.36 
 
 		 142 aa  42  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  27.34 
 
 		 146 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  25.74 
 
 		 146 aa  41.6  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  25.36 
 
 		 142 aa  41.2  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  23.94 
 
 		 154 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.2 
 
 		 140 aa  41.2  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  21.85 
 
 		 138 aa  40.8  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  21.85 
 
 		 138 aa  40.8  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  23.94 
 
 		 154 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25 
 
 		 155 aa  40.8  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  23.94 
 
 		 154 aa  40.4  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  37.14 
 
 		 142 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  37.14 
 
 		 142 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>