79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1192 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 151 aa  296  7e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1816  DNA polymerase III subunit chi  58.28 
 
 		 154 aa  174  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0951  DNA polymerase III subunit chi  57.89 
 
 		 154 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2898  DNA polymerase III subunit chi  58.94 
 
 		 152 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1542  DNA polymerase III subunit chi  58.22 
 
 		 148 aa  155  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1123  DNA polymerase III subunit chi  58.9 
 
 		 158 aa  154  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.144484 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0904  DNA polymerase III subunit chi  54 
 
 		 149 aa  146  9e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.166352  normal  0.0444908 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5564  DNA polymerase III chi subunit HolC  48.34 
 
 		 150 aa  128  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5406  DNA polymerase III chi subunit HolC  48.05 
 
 		 150 aa  122  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  44.37 
 
 		 149 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  45.03 
 
 		 149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1228  DNA polymerase III subunit chi  43.33 
 
 		 150 aa  117  4.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.022673  normal  0.528347 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  46.31 
 
 		 153 aa  117  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0767  DNA polymerase III subunit chi  40.4 
 
 		 149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.100717 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5197  DNA polymerase III chi subunit HolC  42.86 
 
 		 150 aa  114  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  42.38 
 
 		 149 aa  113  8.999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5119  DNA polymerase III chi subunit HolC  42.21 
 
 		 150 aa  111  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4656  DNA polymerase III chi subunit HolC  42.21 
 
 		 150 aa  111  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.39691 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1546  hypothetical protein  42.11 
 
 		 149 aa  108  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266467  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3108  DNA polymerase III chi subunit HolC  39.74 
 
 		 150 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2220  DNA polymerase III chi subunit HolC  44.37 
 
 		 151 aa  106  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  42.58 
 
 		 153 aa  103  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1755  DNA polymerase III subunit chi  38.93 
 
 		 172 aa  101  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2338  DNA polymerase III subunit chi  34.87 
 
 		 151 aa  99.8  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1675  DNA polymerase III subunit chi  36.67 
 
 		 150 aa  99.8  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0649  DNA polymerase III chi subunit HolC  39.61 
 
 		 156 aa  99.8  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  41.83 
 
 		 160 aa  97.8  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  37.33 
 
 		 150 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0690  DNA polymerase III subunit chi  36.42 
 
 		 149 aa  95.9  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.435685  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0681  DNA polymerase III subunit chi  36.42 
 
 		 149 aa  95.9  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2599  DNA polymerase III subunit chi  36.42 
 
 		 149 aa  94.4  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  37.09 
 
 		 150 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  36.67 
 
 		 150 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3833  DNA polymerase III subunit chi  37.33 
 
 		 150 aa  91.3  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543729  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  34.67 
 
 		 150 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3053  DNA polymerase III subunit chi  39.74 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00465951  normal  0.254761 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0892  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.99 
 
 		 143 aa  79.7  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.724559  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0509  DNA polymerase III subunit chi  27.15 
 
 		 149 aa  76.6  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2411  DNA polymerase III subunit chi  47.37 
 
 		 155 aa  70.9  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1760  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.24 
 
 		 149 aa  70.5  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  26.85 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.47 
 
 		 143 aa  52.4  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.53 
 
 		 146 aa  50.4  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.96 
 
 		 150 aa  48.9  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01577  DNA polymerase III chi subunit  24.82 
 
 		 140 aa  47.4  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.167803  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  33.66 
 
 		 139 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  31.03 
 
 		 141 aa  46.2  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  31.03 
 
 		 141 aa  45.4  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1378  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.7 
 
 		 147 aa  44.7  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  28.89 
 
 		 143 aa  44.3  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  31.69 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  31.62 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  31.11 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  30.43 
 
 		 154 aa  42  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  34.19 
 
 		 142 aa  42  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4862  DNA polymerase III subunit chi  51.35 
 
 		 160 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0611412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4762  DNA polymerase III subunit chi  51.35 
 
 		 147 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0153251  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4732  DNA polymerase III subunit chi  51.35 
 
 		 160 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8643  normal  0.315665 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4825  DNA polymerase III subunit chi  51.35 
 
 		 147 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4881  DNA polymerase III subunit chi  51.35 
 
 		 147 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.983564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5780  DNA polymerase III subunit chi  48.65 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04089  hypothetical protein  48.65 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.218538  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3738  DNA-directed DNA polymerase  48.65 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4822  DNA polymerase III subunit chi  48.65 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00375029  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4739  DNA polymerase III subunit chi  48.65 
 
 		 160 aa  41.2  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00452125  normal  0.589357 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3753  DNA polymerase III subunit chi  48.65 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.137186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4830  DNA polymerase III subunit chi  48.65 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0579073  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4515  DNA polymerase III subunit chi  48.65 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000205378  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  32.14 
 
 		 142 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.69 
 
 		 156 aa  41.2  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04125  DNA polymerase III subunit chi  48.65 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171112  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3680  DNA polymerase III subunit chi  44.9 
 
 		 149 aa  40.8  0.006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4046  DNA polymerase III subunit chi  44.9 
 
 		 149 aa  40.8  0.006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0101072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3544  DNA polymerase III subunit chi  44.9 
 
 		 149 aa  40.8  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0256768  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  30.22 
 
 		 142 aa  41.2  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  39.58 
 
 		 149 aa  40.8  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.65 
 
 		 140 aa  40.4  0.008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.17 
 
 		 146 aa  40.4  0.008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  31.3 
 
 		 141 aa  40  0.01  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>