70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_1378 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_1378  DNA polymerase III chi subunit HolC  100 
 
 		 147 aa  301  2.0000000000000002e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  35.61 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  34.85 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.36 
 
 		 143 aa  62  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  31.62 
 
 		 141 aa  62.4  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.71 
 
 		 153 aa  61.6  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 142 aa  62  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  30.88 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.06 
 
 		 149 aa  60.8  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  34.78 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  29.37 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  33.82 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.13 
 
 		 153 aa  58.2  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  26.53 
 
 		 139 aa  58.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.45 
 
 		 147 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.95 
 
 		 156 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  31.11 
 
 		 142 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  32.58 
 
 		 142 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  27.27 
 
 		 163 aa  56.6  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  29.63 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  28.67 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  26.95 
 
 		 156 aa  55.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  29.41 
 
 		 152 aa  56.2  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  28.68 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  28.68 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.86 
 
 		 140 aa  52.8  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.1 
 
 		 176 aa  52  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  26.19 
 
 		 174 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  26.19 
 
 		 174 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  26.19 
 
 		 167 aa  51.6  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  27.59 
 
 		 174 aa  50.4  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  31.67 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01577  DNA polymerase III chi subunit  25.9 
 
 		 140 aa  47.8  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.167803  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  30.83 
 
 		 143 aa  47.8  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  24.67 
 
 		 157 aa  47.4  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.47 
 
 		 169 aa  47  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.97 
 
 		 156 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  22.56 
 
 		 150 aa  46.2  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1749  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25 
 
 		 146 aa  46.2  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.86 
 
 		 154 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.86 
 
 		 154 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.86 
 
 		 154 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  32.46 
 
 		 138 aa  45.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  23.57 
 
 		 154 aa  44.7  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2594  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.94 
 
 		 145 aa  45.1  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0380592 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  30.7 
 
 		 151 aa  44.7  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  28.69 
 
 		 151 aa  44.7  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  26.53 
 
 		 157 aa  44.3  0.0006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0052  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.41 
 
 		 166 aa  43.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  28.89 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.98 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1726  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.88 
 
 		 146 aa  42  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1542  DNA polymerase III subunit chi  31.19 
 
 		 148 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.3 
 
 		 155 aa  42  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  27.41 
 
 		 144 aa  41.2  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  34.95 
 
 		 138 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  34.95 
 
 		 138 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  34.95 
 
 		 138 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1652  DNA polymerase III subunit chi  34.95 
 
 		 138 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291521  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  26.98 
 
 		 149 aa  40.4  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  26.5 
 
 		 149 aa  40.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  32.76 
 
 		 138 aa  40.4  0.009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  26.03 
 
 		 150 aa  40  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  32.76 
 
 		 138 aa  40  0.01  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  32.76 
 
 		 138 aa  40  0.01  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.66 
 
 		 144 aa  40  0.01  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  32.76 
 
 		 138 aa  40  0.01  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>