47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1123 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1123  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 158 aa  309  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.144484 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2898  DNA polymerase III subunit chi  91.89 
 
 		 152 aa  270  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1542  DNA polymerase III subunit chi  91.89 
 
 		 148 aa  255  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  58.9 
 
 		 151 aa  166  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1816  DNA polymerase III subunit chi  57.05 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0951  DNA polymerase III subunit chi  57.43 
 
 		 154 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0904  DNA polymerase III subunit chi  52.74 
 
 		 149 aa  140  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.166352  normal  0.0444908 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5564  DNA polymerase III chi subunit HolC  45.58 
 
 		 150 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  49.32 
 
 		 153 aa  117  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0767  DNA polymerase III subunit chi  44.22 
 
 		 149 aa  116  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.100717 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  44.22 
 
 		 149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  44.22 
 
 		 149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1228  DNA polymerase III subunit chi  44.52 
 
 		 150 aa  114  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.022673  normal  0.528347 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5406  DNA polymerase III chi subunit HolC  43.54 
 
 		 150 aa  112  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5197  DNA polymerase III chi subunit HolC  42.18 
 
 		 150 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3108  DNA polymerase III chi subunit HolC  40.82 
 
 		 150 aa  110  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1755  DNA polymerase III subunit chi  40.52 
 
 		 172 aa  110  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2220  DNA polymerase III chi subunit HolC  44.22 
 
 		 151 aa  110  9e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1546  hypothetical protein  42.95 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266467  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  43.92 
 
 		 149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5119  DNA polymerase III chi subunit HolC  40.82 
 
 		 150 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4656  DNA polymerase III chi subunit HolC  40.82 
 
 		 150 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.39691 
 
 
-
 
NC_004310  BR0690  DNA polymerase III subunit chi  40.14 
 
 		 149 aa  106  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.435685  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0681  DNA polymerase III subunit chi  40.14 
 
 		 149 aa  106  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  43.05 
 
 		 153 aa  105  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2599  DNA polymerase III subunit chi  40.82 
 
 		 149 aa  103  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  38.36 
 
 		 150 aa  100  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0509  DNA polymerase III subunit chi  35.37 
 
 		 149 aa  95.1  4e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  37.41 
 
 		 150 aa  90.9  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0649  DNA polymerase III chi subunit HolC  37.33 
 
 		 156 aa  89.7  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  36.99 
 
 		 150 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3053  DNA polymerase III subunit chi  40 
 
 		 148 aa  86.7  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00465951  normal  0.254761 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1675  DNA polymerase III subunit chi  34.93 
 
 		 150 aa  84.3  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3833  DNA polymerase III subunit chi  34.93 
 
 		 150 aa  84  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543729  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  38.16 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2338  DNA polymerase III subunit chi  34.9 
 
 		 151 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  33.56 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2411  DNA polymerase III subunit chi  44.08 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0892  DNA polymerase III chi subunit, HolC  35.86 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.724559  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1760  DNA polymerase III chi subunit, HolC  34.01 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  31.08 
 
 		 157 aa  66.6  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  35.23 
 
 		 139 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  30.97 
 
 		 143 aa  45.4  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.29 
 
 		 146 aa  44.7  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  29.63 
 
 		 151 aa  42.4  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.09 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.89 
 
 		 153 aa  41.2  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>