58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0951 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0951  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 154 aa  314  3e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1816  DNA polymerase III subunit chi  61.18 
 
 		 154 aa  178  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2898  DNA polymerase III subunit chi  58.17 
 
 		 152 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  57.89 
 
 		 151 aa  171  3.9999999999999995e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0904  DNA polymerase III subunit chi  55.33 
 
 		 149 aa  167  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.166352  normal  0.0444908 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1542  DNA polymerase III subunit chi  56.76 
 
 		 148 aa  156  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1123  DNA polymerase III subunit chi  57.43 
 
 		 158 aa  152  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.144484 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5119  DNA polymerase III chi subunit HolC  46.36 
 
 		 150 aa  135  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4656  DNA polymerase III chi subunit HolC  46.36 
 
 		 150 aa  135  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.39691 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5564  DNA polymerase III chi subunit HolC  46.36 
 
 		 150 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5197  DNA polymerase III chi subunit HolC  47.02 
 
 		 150 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  46.36 
 
 		 149 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3108  DNA polymerase III chi subunit HolC  44.37 
 
 		 150 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5406  DNA polymerase III chi subunit HolC  44.37 
 
 		 150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  46.94 
 
 		 153 aa  124  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  45.7 
 
 		 149 aa  124  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  44.37 
 
 		 149 aa  122  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1546  hypothetical protein  44.37 
 
 		 149 aa  123  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266467  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1228  DNA polymerase III subunit chi  42.67 
 
 		 150 aa  120  7e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.022673  normal  0.528347 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2599  DNA polymerase III subunit chi  41.72 
 
 		 149 aa  120  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0767  DNA polymerase III subunit chi  45.03 
 
 		 149 aa  119  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.100717 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0649  DNA polymerase III chi subunit HolC  42.38 
 
 		 156 aa  117  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1755  DNA polymerase III subunit chi  42.28 
 
 		 172 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2220  DNA polymerase III chi subunit HolC  42.28 
 
 		 151 aa  111  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  40.67 
 
 		 150 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0690  DNA polymerase III subunit chi  39.07 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.435685  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0681  DNA polymerase III subunit chi  39.07 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  41.29 
 
 		 153 aa  105  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  39.87 
 
 		 160 aa  100  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1675  DNA polymerase III subunit chi  38 
 
 		 150 aa  100  9e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  37.91 
 
 		 150 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3053  DNA polymerase III subunit chi  42.76 
 
 		 148 aa  99  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00465951  normal  0.254761 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  36.67 
 
 		 150 aa  99.4  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0509  DNA polymerase III subunit chi  32.45 
 
 		 149 aa  96.7  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2338  DNA polymerase III subunit chi  36.84 
 
 		 151 aa  93.2  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3833  DNA polymerase III subunit chi  36.67 
 
 		 150 aa  90.5  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543729  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  34 
 
 		 150 aa  88.2  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0892  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.81 
 
 		 143 aa  84  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.724559  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2411  DNA polymerase III subunit chi  45.21 
 
 		 155 aa  79.3  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1760  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.84 
 
 		 149 aa  79.3  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  30.41 
 
 		 157 aa  72  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  30.94 
 
 		 141 aa  47.8  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  34.69 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  28.7 
 
 		 144 aa  45.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  28.68 
 
 		 144 aa  44.7  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.36 
 
 		 169 aa  44.3  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2682  DNA polymerase III subunit chi  32.99 
 
 		 144 aa  44.3  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0568608  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  36.11 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2594  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.16 
 
 		 145 aa  41.2  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0380592 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  34.75 
 
 		 146 aa  40.8  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 138 aa  40.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  35.63 
 
 		 138 aa  40.4  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.32 
 
 		 139 aa  40.4  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.65 
 
 		 146 aa  40.4  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  35.63 
 
 		 138 aa  40  0.01  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  35.63 
 
 		 138 aa  40  0.01  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  24.09 
 
 		 143 aa  40  0.01  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  35.63 
 
 		 138 aa  40  0.01  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>