76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4656 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4656  DNA polymerase III chi subunit HolC  100 
 
 		 150 aa  308  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.39691 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5119  DNA polymerase III chi subunit HolC  100 
 
 		 150 aa  308  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5197  DNA polymerase III chi subunit HolC  96 
 
 		 150 aa  298  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3108  DNA polymerase III chi subunit HolC  82.67 
 
 		 150 aa  261  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5564  DNA polymerase III chi subunit HolC  82 
 
 		 150 aa  258  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5406  DNA polymerase III chi subunit HolC  74.67 
 
 		 150 aa  242  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  56.38 
 
 		 150 aa  184  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  56.38 
 
 		 150 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  55.03 
 
 		 150 aa  181  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  57.79 
 
 		 153 aa  177  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1755  DNA polymerase III subunit chi  59.86 
 
 		 172 aa  177  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  53.69 
 
 		 150 aa  174  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  56.67 
 
 		 149 aa  174  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3833  DNA polymerase III subunit chi  55.7 
 
 		 150 aa  173  7e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543729  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2338  DNA polymerase III subunit chi  53.69 
 
 		 151 aa  172  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0690  DNA polymerase III subunit chi  55.33 
 
 		 149 aa  172  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.435685  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0681  DNA polymerase III subunit chi  55.33 
 
 		 149 aa  172  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1675  DNA polymerase III subunit chi  53.33 
 
 		 150 aa  170  5e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2599  DNA polymerase III subunit chi  55.33 
 
 		 149 aa  169  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2220  DNA polymerase III chi subunit HolC  54.67 
 
 		 151 aa  165  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  52.67 
 
 		 149 aa  163  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0767  DNA polymerase III subunit chi  50.67 
 
 		 149 aa  161  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.100717 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0649  DNA polymerase III chi subunit HolC  52.6 
 
 		 156 aa  159  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  50 
 
 		 149 aa  158  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1546  hypothetical protein  48.67 
 
 		 149 aa  152  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266467  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  48.99 
 
 		 153 aa  146  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0509  DNA polymerase III subunit chi  47.33 
 
 		 149 aa  144  3e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1228  DNA polymerase III subunit chi  45.27 
 
 		 150 aa  140  9e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.022673  normal  0.528347 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0951  DNA polymerase III subunit chi  46.36 
 
 		 154 aa  135  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  46 
 
 		 160 aa  134  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  42.21 
 
 		 151 aa  111  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3053  DNA polymerase III subunit chi  41.33 
 
 		 148 aa  110  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00465951  normal  0.254761 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1816  DNA polymerase III subunit chi  42.48 
 
 		 154 aa  106  8.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2898  DNA polymerase III subunit chi  40.4 
 
 		 152 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0904  DNA polymerase III subunit chi  40.4 
 
 		 149 aa  104  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.166352  normal  0.0444908 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1123  DNA polymerase III subunit chi  40.82 
 
 		 158 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.144484 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1542  DNA polymerase III subunit chi  38.78 
 
 		 148 aa  97.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1760  DNA polymerase III chi subunit, HolC  39.07 
 
 		 149 aa  94.7  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2411  DNA polymerase III subunit chi  42.67 
 
 		 155 aa  80.5  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  27.21 
 
 		 157 aa  69.7  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  33.09 
 
 		 144 aa  62.4  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0892  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.86 
 
 		 143 aa  58.5  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.724559  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.71 
 
 		 143 aa  57  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.87 
 
 		 139 aa  52.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.03 
 
 		 169 aa  50.8  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1548  DNA polymerase III, chi subunit  28.41 
 
 		 138 aa  50.1  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.47 
 
 		 140 aa  48.9  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  28.33 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.26 
 
 		 150 aa  48.1  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  28.77 
 
 		 143 aa  47.4  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  28.93 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1652  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291521  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1224  DNA polymerase III chi subunit  28.26 
 
 		 152 aa  45.1  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.009619  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  27.5 
 
 		 138 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  25.53 
 
 		 156 aa  43.9  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  29.32 
 
 		 152 aa  43.5  0.0009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.37 
 
 		 146 aa  43.5  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1922  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.78 
 
 		 146 aa  42.7  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.127132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  24.82 
 
 		 156 aa  43.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  23.53 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1726  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.78 
 
 		 146 aa  42.4  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.43 
 
 		 155 aa  42.4  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.57 
 
 		 140 aa  42  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1749  DNA polymerase III chi subunit, HolC  24.81 
 
 		 146 aa  41.6  0.003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3540  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.71 
 
 		 143 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  30.85 
 
 		 141 aa  41.6  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  32.98 
 
 		 141 aa  40.8  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  27.94 
 
 		 139 aa  40.8  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  26.47 
 
 		 141 aa  40.4  0.009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>