82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_1071 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 
149 aa  308  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  91.95 
 
 
149 aa  286  8e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0767  DNA polymerase III subunit chi  75.84 
 
 
149 aa  249  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.100717 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1546  hypothetical protein  65.77 
 
 
149 aa  209  7.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266467  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1755  DNA polymerase III subunit chi  60.96 
 
 
172 aa  202  9e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2599  DNA polymerase III subunit chi  59.06 
 
 
149 aa  189  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0690  DNA polymerase III subunit chi  59.73 
 
 
149 aa  189  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.435685  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0681  DNA polymerase III subunit chi  59.73 
 
 
149 aa  189  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  56.38 
 
 
149 aa  172  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  53.59 
 
 
153 aa  167  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5564  DNA polymerase III chi subunit HolC  53.64 
 
 
150 aa  166  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1675  DNA polymerase III subunit chi  54 
 
 
150 aa  164  5e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5406  DNA polymerase III chi subunit HolC  54.3 
 
 
150 aa  163  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105702  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3108  DNA polymerase III chi subunit HolC  50.67 
 
 
150 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2338  DNA polymerase III subunit chi  51.68 
 
 
151 aa  160  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  50.34 
 
 
150 aa  160  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1228  DNA polymerase III subunit chi  48.98 
 
 
150 aa  159  2e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.022673  normal  0.528347 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5119  DNA polymerase III chi subunit HolC  50 
 
 
150 aa  158  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4656  DNA polymerase III chi subunit HolC  50 
 
 
150 aa  158  3e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.39691 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5197  DNA polymerase III chi subunit HolC  50.67 
 
 
150 aa  158  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0509  DNA polymerase III subunit chi  45.64 
 
 
149 aa  157  6e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  49.32 
 
 
153 aa  156  7e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  51.01 
 
 
150 aa  156  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  48.99 
 
 
150 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3833  DNA polymerase III subunit chi  52.67 
 
 
150 aa  150  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543729  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2220  DNA polymerase III chi subunit HolC  50 
 
 
151 aa  143  7.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  45.64 
 
 
150 aa  138  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0649  DNA polymerase III chi subunit HolC  43.51 
 
 
156 aa  129  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0951  DNA polymerase III subunit chi  45.7 
 
 
154 aa  124  6e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162676  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1816  DNA polymerase III subunit chi  46.36 
 
 
154 aa  122  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2898  DNA polymerase III subunit chi  45.03 
 
 
152 aa  120  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  44.37 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0904  DNA polymerase III subunit chi  47.02 
 
 
149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.166352  normal  0.0444908 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  40.27 
 
 
160 aa  115  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1542  DNA polymerase III subunit chi  42.86 
 
 
148 aa  110  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133354  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1123  DNA polymerase III subunit chi  44.22 
 
 
158 aa  108  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.144484 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3053  DNA polymerase III subunit chi  39.6 
 
 
148 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00465951  normal  0.254761 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  34.25 
 
 
157 aa  86.3  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2411  DNA polymerase III subunit chi  43.62 
 
 
155 aa  73.6  0.0000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1760  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.67 
 
 
149 aa  70.9  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  32.09 
 
 
143 aa  69.7  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.11 
 
 
150 aa  57  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0892  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.72 
 
 
143 aa  57  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.724559  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  33.57 
 
 
147 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.93 
 
 
143 aa  53.9  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.87 
 
 
140 aa  53.5  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  27.34 
 
 
144 aa  52  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.5 
 
 
139 aa  51.6  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  31.62 
 
 
142 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  30.71 
 
 
142 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  34.58 
 
 
141 aa  49.3  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  30.88 
 
 
142 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  26.32 
 
 
142 aa  47  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  28.57 
 
 
138 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  26.96 
 
 
141 aa  45.4  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.55 
 
 
146 aa  45.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  28.26 
 
 
142 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  26.89 
 
 
138 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3161  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.28 
 
 
144 aa  44.3  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.55 
 
 
140 aa  44.3  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.97 
 
 
140 aa  44.3  0.0007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.57 
 
 
169 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2682  DNA polymerase III subunit chi  30.19 
 
 
144 aa  43.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0568608  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  26.05 
 
 
138 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  28.26 
 
 
142 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2414  DNA polymerase III subunit chi  30.22 
 
 
142 aa  42.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  27.12 
 
 
141 aa  42.4  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  28.33 
 
 
149 aa  42  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  25.55 
 
 
142 aa  42  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  25.55 
 
 
142 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  39.29 
 
 
146 aa  42  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  26.28 
 
 
146 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1548  DNA polymerase III, chi subunit  26.67 
 
 
138 aa  41.6  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  27.12 
 
 
141 aa  41.6  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  28.78 
 
 
142 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1232  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.09 
 
 
154 aa  40.8  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  29.41 
 
 
145 aa  40.4  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2224  DNA polymerase III subunit chi  25.21 
 
 
138 aa  40.4  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.534333  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2514  DNA polymerase III subunit chi  28.57 
 
 
138 aa  40.8  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1854  DNA polymerase III subunit chi  27.73 
 
 
138 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2470  DNA polymerase III subunit chi  27.73 
 
 
138 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2465  DNA polymerase III subunit chi  27.73 
 
 
138 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>