63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2338 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2338  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 151 aa  311  1.9999999999999998e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1675  DNA polymerase III subunit chi  84.56 
 
 		 150 aa  269  1e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3833  DNA polymerase III subunit chi  74 
 
 		 150 aa  233  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543729  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  69.13 
 
 		 150 aa  223  6e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  67.79 
 
 		 150 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  66.44 
 
 		 150 aa  210  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  63.76 
 
 		 150 aa  206  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5564  DNA polymerase III chi subunit HolC  54.36 
 
 		 150 aa  174  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4656  DNA polymerase III chi subunit HolC  53.69 
 
 		 150 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.39691 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5119  DNA polymerase III chi subunit HolC  53.69 
 
 		 150 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5197  DNA polymerase III chi subunit HolC  54.36 
 
 		 150 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5406  DNA polymerase III chi subunit HolC  54.36 
 
 		 150 aa  168  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0767  DNA polymerase III subunit chi  56.38 
 
 		 149 aa  167  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.100717 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  55.7 
 
 		 149 aa  166  9e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1755  DNA polymerase III subunit chi  55.03 
 
 		 172 aa  166  9e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3108  DNA polymerase III chi subunit HolC  50.34 
 
 		 150 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  51.68 
 
 		 149 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  50.34 
 
 		 149 aa  158  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1546  hypothetical protein  51.68 
 
 		 149 aa  157  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266467  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  53.59 
 
 		 153 aa  154  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2220  DNA polymerase III chi subunit HolC  48.32 
 
 		 151 aa  152  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2599  DNA polymerase III subunit chi  48.99 
 
 		 149 aa  146  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0690  DNA polymerase III subunit chi  48.99 
 
 		 149 aa  145  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.435685  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0681  DNA polymerase III subunit chi  48.99 
 
 		 149 aa  145  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1228  DNA polymerase III subunit chi  43.75 
 
 		 150 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.022673  normal  0.528347 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  48.65 
 
 		 153 aa  127  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0649  DNA polymerase III chi subunit HolC  42.76 
 
 		 156 aa  127  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0509  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 		 149 aa  124  4.0000000000000003e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  43.62 
 
 		 160 aa  124  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  34.87 
 
 		 151 aa  99.8  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3053  DNA polymerase III subunit chi  38.26 
 
 		 148 aa  93.6  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00465951  normal  0.254761 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0951  DNA polymerase III subunit chi  36.84 
 
 		 154 aa  93.2  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1816  DNA polymerase III subunit chi  34.87 
 
 		 154 aa  89.7  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0904  DNA polymerase III subunit chi  35.53 
 
 		 149 aa  87  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.166352  normal  0.0444908 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1542  DNA polymerase III subunit chi  35.14 
 
 		 148 aa  84  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2898  DNA polymerase III subunit chi  34.21 
 
 		 152 aa  84  7e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1123  DNA polymerase III subunit chi  34.9 
 
 		 158 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.144484 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  33.1 
 
 		 157 aa  73.2  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1760  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.33 
 
 		 149 aa  71.2  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2411  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 		 155 aa  65.5  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.37 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  34.51 
 
 		 144 aa  57  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.5 
 
 		 139 aa  57  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.66 
 
 		 143 aa  53.1  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.46 
 
 		 140 aa  52  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0892  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.34 
 
 		 143 aa  49.3  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.724559  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  24.82 
 
 		 140 aa  48.5  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.71 
 
 		 147 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  29.32 
 
 		 143 aa  48.1  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1548  DNA polymerase III, chi subunit  29.17 
 
 		 138 aa  47.8  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.51 
 
 		 169 aa  47.4  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.07 
 
 		 140 aa  47.4  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  33.72 
 
 		 142 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1749  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.81 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  33.72 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.57 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  37.93 
 
 		 144 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  28.95 
 
 		 154 aa  41.2  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  31.67 
 
 		 144 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  40 
 
 		 144 aa  41.2  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0394  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.92 
 
 		 160 aa  40.8  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  30.22 
 
 		 144 aa  40.8  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  26.09 
 
 		 142 aa  40  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>