48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0904 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0904  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 149 aa  294  2e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.166352  normal  0.0444908 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0951  DNA polymerase III subunit chi  55.33 
 
 		 154 aa  167  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1816  DNA polymerase III subunit chi  55.33 
 
 		 154 aa  156  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2898  DNA polymerase III subunit chi  55.33 
 
 		 152 aa  152  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  54 
 
 		 151 aa  146  9e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1542  DNA polymerase III subunit chi  54.79 
 
 		 148 aa  140  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1123  DNA polymerase III subunit chi  52.74 
 
 		 158 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.144484 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  47.68 
 
 		 149 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  47.02 
 
 		 149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1228  DNA polymerase III subunit chi  41.33 
 
 		 150 aa  105  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.022673  normal  0.528347 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0767  DNA polymerase III subunit chi  41.06 
 
 		 149 aa  105  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.100717 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4656  DNA polymerase III chi subunit HolC  40.4 
 
 		 150 aa  104  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.39691 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5119  DNA polymerase III chi subunit HolC  40.4 
 
 		 150 aa  104  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  45.21 
 
 		 153 aa  103  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5197  DNA polymerase III chi subunit HolC  40.4 
 
 		 150 aa  103  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5564  DNA polymerase III chi subunit HolC  40.4 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1755  DNA polymerase III subunit chi  40.54 
 
 		 172 aa  101  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0690  DNA polymerase III subunit chi  39.74 
 
 		 149 aa  100  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.435685  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0681  DNA polymerase III subunit chi  39.74 
 
 		 149 aa  100  5e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5406  DNA polymerase III chi subunit HolC  41.06 
 
 		 150 aa  100  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3108  DNA polymerase III chi subunit HolC  38.41 
 
 		 150 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2599  DNA polymerase III subunit chi  40.4 
 
 		 149 aa  99.8  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  42.76 
 
 		 149 aa  99  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2220  DNA polymerase III chi subunit HolC  40.82 
 
 		 151 aa  96.3  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  37.5 
 
 		 150 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1546  hypothetical protein  38.41 
 
 		 149 aa  95.1  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266467  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  38.96 
 
 		 150 aa  93.2  9e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  36.84 
 
 		 150 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0509  DNA polymerase III subunit chi  33.11 
 
 		 149 aa  89.7  1e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0649  DNA polymerase III chi subunit HolC  36.67 
 
 		 156 aa  88.2  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  39.35 
 
 		 153 aa  87.4  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2338  DNA polymerase III subunit chi  35.53 
 
 		 151 aa  87  8e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1675  DNA polymerase III subunit chi  36.42 
 
 		 150 aa  86.7  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3833  DNA polymerase III subunit chi  37.5 
 
 		 150 aa  84.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543729  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  33.55 
 
 		 150 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3053  DNA polymerase III subunit chi  40.67 
 
 		 148 aa  82.8  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00465951  normal  0.254761 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0892  DNA polymerase III chi subunit, HolC  38.19 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.724559  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2411  DNA polymerase III subunit chi  46.21 
 
 		 155 aa  76.3  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  35.37 
 
 		 160 aa  69.3  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1760  DNA polymerase III chi subunit, HolC  35.1 
 
 		 149 aa  67.8  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  28.97 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  32.85 
 
 		 141 aa  43.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  35.42 
 
 		 147 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4762  DNA polymerase III subunit chi  39.19 
 
 		 147 aa  40.8  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0153251  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4881  DNA polymerase III subunit chi  39.19 
 
 		 147 aa  40.8  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.983564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4825  DNA polymerase III subunit chi  39.19 
 
 		 147 aa  40.8  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4862  DNA polymerase III subunit chi  39.19 
 
 		 160 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0611412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4732  DNA polymerase III subunit chi  39.19 
 
 		 160 aa  40.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8643  normal  0.315665 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>