149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0579 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  100 
 
 
143 aa  289  8e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  46.72 
 
 
140 aa  131  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  40.71 
 
 
140 aa  122  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  39.71 
 
 
154 aa  114  5e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  42.66 
 
 
144 aa  107  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  43.7 
 
 
138 aa  104  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  40 
 
 
144 aa  104  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  41.48 
 
 
138 aa  104  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  41.48 
 
 
138 aa  104  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  40.43 
 
 
147 aa  103  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  39.01 
 
 
139 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  38.3 
 
 
143 aa  101  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3161  DNA polymerase III chi subunit, HolC  44.29 
 
 
144 aa  98.2  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2414  DNA polymerase III subunit chi  42.86 
 
 
142 aa  96.3  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  39.29 
 
 
145 aa  94.7  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2682  DNA polymerase III subunit chi  41.73 
 
 
144 aa  92.8  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0568608  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  41.48 
 
 
146 aa  92.4  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  38.26 
 
 
149 aa  92  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  36.55 
 
 
146 aa  91.7  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  35.66 
 
 
142 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2731  DNA polymerase III subunit chi  37.06 
 
 
147 aa  89.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  35.66 
 
 
142 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2224  DNA polymerase III subunit chi  41.48 
 
 
138 aa  89  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.534333  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  43.7 
 
 
138 aa  88.6  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  43.7 
 
 
138 aa  88.6  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  43.7 
 
 
138 aa  88.6  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1652  DNA polymerase III subunit chi  43.7 
 
 
138 aa  88.6  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291521  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  34.97 
 
 
142 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  43.7 
 
 
138 aa  87.8  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  43.7 
 
 
138 aa  87.8  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  43.7 
 
 
138 aa  87.8  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  43.7 
 
 
138 aa  87.8  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  42.14 
 
 
144 aa  87.4  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  35.66 
 
 
142 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2514  DNA polymerase III subunit chi  43.7 
 
 
138 aa  85.1  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  38.13 
 
 
144 aa  84.7  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2382  DNA polymerase III subunit chi  42.96 
 
 
138 aa  84  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  39.58 
 
 
152 aa  84  7e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  31.62 
 
 
144 aa  82.8  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5796  DNA polymerase III subunit chi  42.96 
 
 
138 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2678  DNA polymerase III subunit chi  41.43 
 
 
142 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.41 
 
 
150 aa  82.4  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1854  DNA polymerase III subunit chi  42.22 
 
 
138 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2465  DNA polymerase III subunit chi  42.22 
 
 
138 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 
142 aa  82  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2470  DNA polymerase III subunit chi  42.22 
 
 
138 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2218  DNA polymerase III subunit chi  40.71 
 
 
142 aa  82  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  34.75 
 
 
142 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  34.75 
 
 
142 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  31.62 
 
 
144 aa  80.9  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2594  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.97 
 
 
145 aa  80.5  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0380592 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1232  DNA polymerase III chi subunit HolC  34 
 
 
154 aa  79.7  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  32.17 
 
 
142 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  36.17 
 
 
139 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.67 
 
 
155 aa  75.9  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  33.56 
 
 
142 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  32.87 
 
 
142 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.82 
 
 
154 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.82 
 
 
154 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3540  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.43 
 
 
143 aa  74.3  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.82 
 
 
154 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  31.51 
 
 
154 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.67 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.15 
 
 
174 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.15 
 
 
167 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.15 
 
 
174 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.15 
 
 
174 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.79 
 
 
176 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.58 
 
 
156 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  32.09 
 
 
149 aa  69.7  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.97 
 
 
149 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.92 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0767  DNA polymerase III subunit chi  31.34 
 
 
149 aa  69.3  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.100717 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  34.62 
 
 
141 aa  68.2  0.00000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  34.96 
 
 
153 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1922  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.62 
 
 
146 aa  68.2  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.127132  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.75 
 
 
163 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  34.62 
 
 
141 aa  68.2  0.00000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1726  DNA polymerase III chi subunit HolC  32.62 
 
 
146 aa  67.4  0.00000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  30.14 
 
 
151 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0394  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.48 
 
 
160 aa  65.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  30.77 
 
 
147 aa  65.1  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000426106  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  31.03 
 
 
149 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01577  DNA polymerase III chi subunit  27.21 
 
 
140 aa  64.3  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.167803  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  29.58 
 
 
157 aa  63.9  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  35.2 
 
 
140 aa  60.5  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  31.16 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 
141 aa  58.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.5 
 
 
153 aa  58.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.33 
 
 
146 aa  58.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  29.51 
 
 
157 aa  58.2  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1228  DNA polymerase III subunit chi  27.27 
 
 
150 aa  57  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.022673  normal  0.528347 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0525  DNA polymerase III subunit chi  25.5 
 
 
147 aa  56.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  27.27 
 
 
149 aa  54.7  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  30.37 
 
 
150 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  26.72 
 
 
153 aa  53.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3738  DNA-directed DNA polymerase  29.31 
 
 
147 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0690  DNA polymerase III subunit chi  26.87 
 
 
149 aa  52.4  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.435685  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0681  DNA polymerase III subunit chi  26.87 
 
 
149 aa  52.4  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04125  DNA polymerase III subunit chi  29.31 
 
 
147 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171112  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>