More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2379 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_2379  transcriptional regulator of LysR family protein  100 
 
 		 131 aa  273  7e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2527  LysR family transcriptional regulator  52.34 
 
 		 310 aa  142  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000621  transcriptional regulator  37.21 
 
 		 303 aa  103  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 305 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 302 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6795  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 302 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.775917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  33.06 
 
 		 298 aa  74.3  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  33.05 
 
 		 308 aa  73.9  0.0000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 300 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  26.02 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 283 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0943  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  71.6  0.000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.10979  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.19 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 283 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 283 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 320 aa  71.2  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 302 aa  70.9  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 285 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 294 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 309 aa  70.1  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0449  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 297 aa  70.5  0.000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 302 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3264  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 313 aa  68.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  33.03 
 
 		 283 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1104  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 296 aa  68.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 329 aa  68.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 296 aa  68.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 296 aa  68.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.69 
 
 		 302 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 296 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  28.69 
 
 		 302 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 307 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 283 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.93 
 
 		 290 aa  68.2  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 296 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 290 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.69 
 
 		 300 aa  68.2  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 302 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  28.45 
 
 		 300 aa  68.2  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 302 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 290 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  28.69 
 
 		 302 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 296 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1369  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 302 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 307 aa  68.6  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 290 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 302 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  30.83 
 
 		 296 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2959  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 290 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 297 aa  68.2  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 304 aa  68.2  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 305 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 296 aa  67.8  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 315 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 296 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 304 aa  67.8  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3361  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 307 aa  67.8  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000023746  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 287 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1787  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 301 aa  67.8  0.00000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000671509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0278  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 291 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.676555  unclonable  0.0000000195953 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 296 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3164  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 292 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00370809  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1079  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 205 aa  67.4  0.00000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435292 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3178  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 292 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2948  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 292 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.871741  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2921  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 292 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.493083  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2085  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 292 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3170  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 292 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 326 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 309 aa  67.4  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 326 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 326 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3155  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 292 aa  67.4  0.00000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.921002  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  29.91 
 
 		 303 aa  67  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 296 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 296 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 293 aa  67  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 299 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3040  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 301 aa  67  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  27.59 
 
 		 295 aa  66.6  0.00000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 301 aa  67  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 300 aa  67  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3271  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>