More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0140 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0140  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 411 aa  822    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0652  transcription elongation factor NusA  65.86 
 
 		 415 aa  557  1e-157  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.020983  normal  0.100842 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1214  NusA antitermination factor  64.1 
 
 		 414 aa  543  1e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.75759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3421  transcription elongation factor NusA  62.92 
 
 		 418 aa  538  9.999999999999999e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0033  transcription elongation factor NusA  64.3 
 
 		 413 aa  529  1e-149  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.122242  normal  0.232116 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01340  transcription elongation factor NusA  60.58 
 
 		 410 aa  517  1.0000000000000001e-145  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0138  transcription elongation factor NusA  60.53 
 
 		 411 aa  503  1e-141  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1629  transcription elongation factor NusA  58.89 
 
 		 417 aa  502  1e-141  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0254  transcription elongation factor NusA  56.62 
 
 		 444 aa  491  1e-137  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1262  transcription elongation factor NusA  56.2 
 
 		 410 aa  488  1e-137  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1308  NusA antitermination factor  51.34 
 
 		 421 aa  421  1e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17701  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  36.88 
 
 		 534 aa  267  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0368  transcription elongation factor NusA  41.37 
 
 		 518 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00190694  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0366  transcription elongation factor NusA  41.37 
 
 		 517 aa  266  5e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000647313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  39.94 
 
 		 365 aa  265  1e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1463  transcription elongation factor NusA  40.86 
 
 		 527 aa  265  1e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0965243  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  40.85 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0401  transcription elongation factor NusA  40.1 
 
 		 521 aa  265  2e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000166  normal  0.293714 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  38.19 
 
 		 383 aa  263  3e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  40.66 
 
 		 449 aa  263  3e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0299  transcription elongation factor NusA  40.61 
 
 		 513 aa  263  4e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000558254  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1780  transcription elongation factor NusA  40.86 
 
 		 553 aa  263  6e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0199707  normal  0.0564295 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0397  transcription elongation factor NusA  41.08 
 
 		 514 aa  262  6.999999999999999e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167375  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  39.94 
 
 		 385 aa  261  1e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  40.24 
 
 		 381 aa  261  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  38.78 
 
 		 383 aa  261  2e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  38.78 
 
 		 382 aa  260  3e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  36.36 
 
 		 441 aa  259  6e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  36.99 
 
 		 475 aa  259  8e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  40.18 
 
 		 538 aa  259  8e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  40.55 
 
 		 537 aa  258  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  40.55 
 
 		 537 aa  258  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  38.73 
 
 		 535 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  39.53 
 
 		 401 aa  258  1e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  36.62 
 
 		 536 aa  258  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  38.01 
 
 		 449 aa  257  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  36.96 
 
 		 533 aa  257  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  37.54 
 
 		 404 aa  257  3e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  36.71 
 
 		 535 aa  256  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  37.28 
 
 		 544 aa  255  9e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  35.84 
 
 		 506 aa  254  2.0000000000000002e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  39.34 
 
 		 532 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  36.52 
 
 		 536 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1047  transcription elongation factor NusA  39.41 
 
 		 344 aa  252  8.000000000000001e-66  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000699393  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  36.51 
 
 		 377 aa  251  1e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  35.4 
 
 		 552 aa  252  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1065  transcription elongation factor NusA  38.82 
 
 		 344 aa  248  2e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123432  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  39.21 
 
 		 440 aa  248  2e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  36.52 
 
 		 560 aa  247  3e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  34.92 
 
 		 537 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  34.81 
 
 		 541 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  36.27 
 
 		 545 aa  246  6e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  37.76 
 
 		 537 aa  246  6.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  38.21 
 
 		 537 aa  245  9e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  37.19 
 
 		 548 aa  245  9.999999999999999e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  36.27 
 
 		 545 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  36.95 
 
 		 406 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  36.73 
 
 		 381 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000141994  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  39.34 
 
 		 544 aa  244  1.9999999999999999e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1475  transcription termination factor NusA  37.4 
 
 		 393 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000477736  unclonable  0.00000325116 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  36.27 
 
 		 545 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2431  transcription elongation factor NusA  38.18 
 
 		 428 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.786529  normal  0.585225 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  37.2 
 
 		 538 aa  243  5e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  37.46 
 
 		 536 aa  243  5e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  39.04 
 
 		 538 aa  243  5e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  34.42 
 
 		 539 aa  243  6e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  34.76 
 
 		 531 aa  242  7e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  37.5 
 
 		 429 aa  242  9e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  37.82 
 
 		 572 aa  241  1e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  39.38 
 
 		 506 aa  241  2e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  33.92 
 
 		 540 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1234  transcription elongation factor NusA  35.85 
 
 		 395 aa  241  2e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000227935  normal  0.970518 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3219  NusA antitermination factor  37.88 
 
 		 503 aa  240  2.9999999999999997e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.517549  normal  0.104407 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  36.8 
 
 		 492 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  37.96 
 
 		 516 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  34.38 
 
 		 362 aa  240  2.9999999999999997e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2515  transcription elongation factor NusA  37.8 
 
 		 443 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  37.21 
 
 		 346 aa  240  4e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3075  NusA antitermination factor  37.11 
 
 		 497 aa  240  4e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  38.21 
 
 		 382 aa  239  5e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  36.15 
 
 		 384 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  35.27 
 
 		 498 aa  237  3e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  36.1 
 
 		 534 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3819  transcription elongation factor NusA  36.43 
 
 		 529 aa  236  6e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0301891 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  36.75 
 
 		 380 aa  235  1.0000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3561  transcription elongation factor NusA  36.75 
 
 		 544 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0912  NusA antitermination factor  38.96 
 
 		 372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2910  transcription elongation factor NusA  36.71 
 
 		 538 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0735  transcription elongation factor NusA  38.3 
 
 		 344 aa  234  3e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000302084  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  35.53 
 
 		 535 aa  233  5e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  35.53 
 
 		 535 aa  233  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  32.26 
 
 		 373 aa  233  6e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0897  transcription elongation factor NusA  35.23 
 
 		 378 aa  233  6e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0054777  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1206  NusA antitermination factor  39.69 
 
 		 360 aa  233  7.000000000000001e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876177  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  37.46 
 
 		 493 aa  232  8.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4218  NusA antitermination factor  35.47 
 
 		 534 aa  232  9e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000184689  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0996  NusA antitermination factor  36.23 
 
 		 369 aa  232  1e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000936712  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  33.08 
 
 		 490 aa  232  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1865  transcription elongation factor NusA  34.01 
 
 		 495 aa  231  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.253606  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0666  NusA antitermination factor  32.86 
 
 		 463 aa  232  1e-59  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0123778 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>