More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2871 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 338 aa  689    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  67.76 
 
 		 336 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  69.67 
 
 		 340 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  67.57 
 
 		 340 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  67.27 
 
 		 340 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  54.85 
 
 		 353 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 361 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 342 aa  269  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 		 339 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  43.83 
 
 		 347 aa  266  5e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 338 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  42.68 
 
 		 341 aa  262  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 344 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 344 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 344 aa  260  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  44.55 
 
 		 347 aa  259  4e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 344 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 353 aa  258  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 344 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 344 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  38.67 
 
 		 387 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  42.38 
 
 		 344 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0917  AraC family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 375 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.323818  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2177  AraC family transcription regulator  41.39 
 
 		 375 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0825  AraC family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 375 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 348 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  41.77 
 
 		 330 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 336 aa  251  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  37.27 
 
 		 345 aa  250  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  37.16 
 
 		 338 aa  250  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  37.16 
 
 		 338 aa  250  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 356 aa  249  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 338 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  40.55 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 327 aa  246  3e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3655  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 362 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 334 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  39.7 
 
 		 330 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2071  helix-turn-helix domain-containing protein  40.12 
 
 		 341 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 339 aa  243  5e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 334 aa  238  8e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1804  AraC family transcription regulator  38.72 
 
 		 375 aa  238  9e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 334 aa  238  9e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 417 aa  235  7e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 338 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  38.18 
 
 		 352 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 334 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 334 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 334 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 358 aa  220  3e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 362 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  37.54 
 
 		 362 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  39.53 
 
 		 340 aa  216  5e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 339 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 336 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  36.25 
 
 		 333 aa  194  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 348 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 348 aa  192  8e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 373 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 352 aa  192  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  36.25 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 348 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 386 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 386 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 382 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  33.84 
 
 		 337 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 364 aa  180  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 355 aa  179  7e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 400 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  34.53 
 
 		 327 aa  176  5e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 375 aa  175  9e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 338 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0381  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 323 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 341 aa  162  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  29.65 
 
 		 353 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1917  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 343 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 358 aa  158  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2050  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.105826  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  28.61 
 
 		 338 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2633  transcriptional regulator, AraC family  30.79 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.929424 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 361 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  32.81 
 
 		 356 aa  143  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 344 aa  142  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 337 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3351  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530568  normal  0.830085 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  27.44 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  31.29 
 
 		 348 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4725  transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 		 342 aa  129  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2601  putative transcriptional regulator  28.32 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0251856 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>