228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4928 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  67.39 
 
 		 523 aa  721    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  64.61 
 
 		 513 aa  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  64.02 
 
 		 513 aa  672    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  65.81 
 
 		 509 aa  709    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  65.22 
 
 		 508 aa  689    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  65.61 
 
 		 508 aa  686    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  100 
 
 		 508 aa  1043    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  64.19 
 
 		 513 aa  674    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  66.27 
 
 		 523 aa  711    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  64.41 
 
 		 513 aa  675    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  69.17 
 
 		 515 aa  737    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  61.71 
 
 		 507 aa  623  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  60.28 
 
 		 507 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  57.63 
 
 		 533 aa  598  1e-170  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  58.24 
 
 		 517 aa  594  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  56.66 
 
 		 508 aa  594  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  57.2 
 
 		 507 aa  585  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  57.26 
 
 		 538 aa  578  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  55.4 
 
 		 508 aa  575  1.0000000000000001e-163  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  57.06 
 
 		 516 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  54.26 
 
 		 507 aa  570  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  55.18 
 
 		 510 aa  571  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  55.64 
 
 		 509 aa  571  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  54.8 
 
 		 508 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3576  Altronate dehydratase  53.86 
 
 		 510 aa  564  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  55.34 
 
 		 514 aa  560  1e-158  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  54.46 
 
 		 523 aa  561  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  57.54 
 
 		 511 aa  560  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  54.22 
 
 		 514 aa  559  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  55.14 
 
 		 514 aa  558  1e-157  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  54.64 
 
 		 513 aa  555  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  53.25 
 
 		 519 aa  548  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  53.61 
 
 		 508 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  53.97 
 
 		 525 aa  540  9.999999999999999e-153  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  51.79 
 
 		 507 aa  540  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  51.58 
 
 		 515 aa  538  9.999999999999999e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  55.02 
 
 		 512 aa  536  1e-151  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1952  Galactarate dehydratase  51.09 
 
 		 507 aa  538  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  52.88 
 
 		 507 aa  531  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  52.67 
 
 		 510 aa  531  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  50.3 
 
 		 509 aa  529  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0495  Altronate dehydratase  51.49 
 
 		 509 aa  530  1e-149  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  52.68 
 
 		 507 aa  528  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  54.51 
 
 		 507 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  54.51 
 
 		 507 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  50.59 
 
 		 509 aa  524  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  54.4 
 
 		 507 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  52.65 
 
 		 510 aa  518  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  50.97 
 
 		 508 aa  509  1e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  52.8 
 
 		 500 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  52.8 
 
 		 500 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  51.02 
 
 		 533 aa  504  1e-141  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  52.4 
 
 		 500 aa  498  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  52.09 
 
 		 501 aa  496  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  52.79 
 
 		 500 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  51.99 
 
 		 500 aa  485  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  45.96 
 
 		 526 aa  462  1e-129  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0840  galactarate dehydratase  40.89 
 
 		 524 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  42.86 
 
 		 530 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0806  galactarate dehydratase  39.28 
 
 		 524 aa  336  5.999999999999999e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1778  galactarate dehydratase  41.55 
 
 		 534 aa  332  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479447  normal  0.643906 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3398  galactarate dehydratase  39.68 
 
 		 524 aa  331  2e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3318  galactarate dehydratase  39.26 
 
 		 523 aa  331  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02993  (D)-galactarate dehydrogenase  39.26 
 
 		 523 aa  330  3e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0577  galactarate dehydratase  39.26 
 
 		 523 aa  330  3e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4442  galactarate dehydratase  39.26 
 
 		 523 aa  330  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.648393 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02944  hypothetical protein  39.26 
 
 		 523 aa  330  3e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3425  galactarate dehydratase  39.26 
 
 		 523 aa  330  4e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0572  galactarate dehydratase  39.26 
 
 		 523 aa  330  4e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  42.51 
 
 		 516 aa  330  4e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3608  galactarate dehydratase  39.39 
 
 		 523 aa  329  6e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3558  galactarate dehydratase  38.96 
 
 		 524 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1218  galactarate dehydratase  40.77 
 
 		 518 aa  325  9e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0502126  normal  0.0293032 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05250  D-galactarate dehydratase  40.61 
 
 		 517 aa  323  5e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2315  galactarate dehydratase  41.2 
 
 		 517 aa  322  8e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4448  galactarate dehydratase  38.49 
 
 		 533 aa  322  9.000000000000001e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0860733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4582  galactarate dehydratase  38.49 
 
 		 533 aa  322  9.000000000000001e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.699937  normal  0.473159 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  38.52 
 
 		 533 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0830  galactarate dehydratase  40.43 
 
 		 517 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.15069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3444  galactarate dehydratase  39.26 
 
 		 523 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3513  galactarate dehydratase  39.26 
 
 		 523 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3550  galactarate dehydratase  39.26 
 
 		 523 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3442  galactarate dehydratase  39.26 
 
 		 523 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6490  (D)-galactarate dehydrogenase  39.8 
 
 		 513 aa  320  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0190  D-galactarate dehydratase  38.52 
 
 		 564 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1721  galactarate dehydratase  38.14 
 
 		 529 aa  319  7e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0799571  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1998  galactarate dehydratase  38.89 
 
 		 520 aa  319  7.999999999999999e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.257982  normal  0.434412 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  38.4 
 
 		 514 aa  316  5e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0256  galactarate dehydratase  39.01 
 
 		 521 aa  316  7e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.808997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2484  galactarate dehydratase  37.88 
 
 		 533 aa  316  7e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000132334 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3570  galactarate dehydratase  38.62 
 
 		 523 aa  315  9e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.631935 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3601  D-galactarate dehydratase, putative  39.96 
 
 		 517 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.271934  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4547  D-galactarate dehydratase  40.53 
 
 		 517 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.457968  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1597  galactarate dehydratase  37.62 
 
 		 532 aa  314  2.9999999999999996e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3100  galactarate dehydratase  39.96 
 
 		 517 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3104  galactarate dehydratase  37.57 
 
 		 548 aa  313  5.999999999999999e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4225  galactarate dehydratase  40.12 
 
 		 517 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1575  Altronate dehydratase  37.68 
 
 		 498 aa  312  1e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2816  galactarate dehydratase  40.21 
 
 		 517 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0628742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4865  galactarate dehydratase  36.65 
 
 		 529 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0784645  normal  0.0391217 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>