73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3957 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3957  hypothetical protein  100 
 
 		 400 aa  792    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  53.75 
 
 		 391 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.10614 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0459  hypothetical protein  55.01 
 
 		 391 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1812  hypothetical protein  55.01 
 
 		 391 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0447  extracellular ligand-binding receptor  50.82 
 
 		 394 aa  342  8e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.766827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2832  hypothetical protein  51.43 
 
 		 394 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0190613  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0898  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  45.43 
 
 		 370 aa  245  9.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3584  extracellular ligand-binding receptor  35.07 
 
 		 413 aa  173  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0291  Extracellular ligand-binding receptor  34.67 
 
 		 403 aa  171  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0422  extracellular ligand-binding receptor  33.08 
 
 		 399 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0148  extracellular ligand-binding receptor  33.08 
 
 		 403 aa  159  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0322  extracellular ligand-binding receptor  32.9 
 
 		 400 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.809903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0183  hypothetical protein  33.76 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0398  extracellular ligand-binding receptor  31.63 
 
 		 399 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3284  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 		 425 aa  152  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4012  hypothetical protein  32.75 
 
 		 402 aa  151  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0327  extracellular ligand-binding receptor  35.76 
 
 		 399 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19118  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0190  hypothetical protein  33.33 
 
 		 407 aa  147  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.613594  normal  0.386647 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2940  extracellular ligand-binding receptor  32.37 
 
 		 421 aa  141  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0404  extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 		 403 aa  140  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.697779  normal  0.706576 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0437  extracellular ligand-binding receptor  31.21 
 
 		 401 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0602967  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0472  extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 		 399 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3694  hypothetical protein  32.52 
 
 		 408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61828  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0023  extracellular ligand-binding receptor  32.62 
 
 		 404 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0264  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 		 378 aa  126  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241284  normal  0.379489 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2085  extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 		 356 aa  126  7e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0026  Extracellular ligand-binding receptor  31.33 
 
 		 398 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3012  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  27.5 
 
 		 420 aa  120  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1534  putative lipoprotein-like protein  29.26 
 
 		 402 aa  108  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.75635  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0570  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.18 
 
 		 394 aa  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3138  hypothetical protein  26.46 
 
 		 419 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3300  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.92 
 
 		 676 aa  70.1  0.00000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464162 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2581  hypothetical protein  27.94 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0732986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3118  hypothetical protein  34.17 
 
 		 494 aa  68.2  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  23.69 
 
 		 392 aa  63.5  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  23.57 
 
 		 414 aa  58.5  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 379 aa  56.2  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  23.11 
 
 		 411 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  22.03 
 
 		 379 aa  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4482  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2947  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  36.96 
 
 		 511 aa  50.8  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.637874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1037  extracellular ligand-binding receptor  21.35 
 
 		 643 aa  50.1  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000129321  unclonable  0.0000121148 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  20.62 
 
 		 379 aa  49.7  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3401  extracellular ligand-binding receptor  23.49 
 
 		 379 aa  49.7  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388266 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4646  extracellular ligand-binding receptor  23.01 
 
 		 384 aa  48.5  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  26.62 
 
 		 386 aa  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 		 392 aa  47.8  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0994  hypothetical protein  19.95 
 
 		 407 aa  47.4  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.207935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  21.45 
 
 		 382 aa  47.4  0.0005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  23.8 
 
 		 409 aa  47  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.68 
 
 		 373 aa  47  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0098  Extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 		 370 aa  45.8  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2956  extracellular ligand-binding receptor  22.93 
 
 		 400 aa  46.2  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1469  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 		 396 aa  45.8  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  24.15 
 
 		 412 aa  46.2  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  24.24 
 
 		 396 aa  46.2  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  23.57 
 
 		 397 aa  45.8  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  28.41 
 
 		 391 aa  45.1  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  28.68 
 
 		 368 aa  44.7  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  24.09 
 
 		 371 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  24.09 
 
 		 371 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 		 368 aa  44.3  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  24.09 
 
 		 371 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3202  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  23.05 
 
 		 412 aa  43.9  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.836908 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 		 363 aa  43.5  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0104  Extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 		 370 aa  43.5  0.007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 		 394 aa  43.5  0.007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3020  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  22.88 
 
 		 412 aa  43.5  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  21.49 
 
 		 405 aa  43.1  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  20.06 
 
 		 394 aa  43.1  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  23.49 
 
 		 407 aa  43.1  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  23.36 
 
 		 371 aa  43.1  0.01  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  21.05 
 
 		 418 aa  42.7  0.01  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>