243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3631 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  100 
 
 		 310 aa  587  1e-167  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  63.23 
 
 		 311 aa  309  4e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  62.54 
 
 		 311 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  60.14 
 
 		 311 aa  297  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  50.81 
 
 		 316 aa  249  3e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3137  adenosylcobinamide-phosphate synthase  52.16 
 
 		 323 aa  245  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3779  cobalamin biosynthesis protein CobD  54.08 
 
 		 323 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.975904  normal  0.744686 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  55.05 
 
 		 323 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.75 
 
 		 323 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  52.17 
 
 		 336 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  50 
 
 		 323 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.12 
 
 		 337 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4724  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.1 
 
 		 333 aa  229  4e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0822126  normal  0.571798 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1351  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.49 
 
 		 328 aa  226  5.0000000000000005e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5191  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.79 
 
 		 333 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.683033 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  48.01 
 
 		 317 aa  225  7e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.98 
 
 		 330 aa  223  4e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.55 
 
 		 323 aa  222  6e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1475  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.16 
 
 		 331 aa  219  5e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311979  hitchhiker  0.000015122 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5263  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.15 
 
 		 333 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.758113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5724  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.32 
 
 		 330 aa  216  4e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571029 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  48.12 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1854  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.58 
 
 		 329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2621  cobalamin biosynthesis protein  47.24 
 
 		 323 aa  208  8e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246707  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2741  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.32 
 
 		 304 aa  202  8e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0957714 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2121  cobalamin biosynthesis protein  44.66 
 
 		 326 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  hitchhiker  0.00319539 
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  46.49 
 
 		 331 aa  196  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  46.15 
 
 		 331 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0165  cobalamin biosynthesis protein  50.77 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.890938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  48.19 
 
 		 319 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1891  cobalamin biosynthesis protein  46.1 
 
 		 327 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2363  cobalamin biosynthesis protein  43.69 
 
 		 326 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.0402118 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.55 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  45.28 
 
 		 333 aa  186  4e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.2 
 
 		 319 aa  185  9e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  45.06 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  45.07 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4869  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.9 
 
 		 323 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.30299 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  39.27 
 
 		 323 aa  179  7e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1110  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.29 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.42 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  44.37 
 
 		 324 aa  175  7e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  44.1 
 
 		 318 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.22 
 
 		 320 aa  175  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.54 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  35.61 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.49 
 
 		 323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.92 
 
 		 328 aa  172  9e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.12 
 
 		 324 aa  171  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.07 
 
 		 315 aa  170  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  34.3 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.67 
 
 		 320 aa  169  7e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.31 
 
 		 319 aa  167  1e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1159  cobalamin biosynthesis protein CbiB  33.77 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  38.72 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.38 
 
 		 369 aa  166  5e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.65 
 
 		 313 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.46 
 
 		 322 aa  165  9e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1057  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.2 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  35.71 
 
 		 319 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  36.58 
 
 		 319 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  35.71 
 
 		 319 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  36.14 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  41.23 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.89 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  35.4 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  37.71 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  38.72 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  40.7 
 
 		 317 aa  158  8e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.62 
 
 		 323 aa  159  8e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.99 
 
 		 320 aa  158  9e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.54 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  39.44 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  38.87 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.26 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  39.25 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.07 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  38.8 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.91 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  38.46 
 
 		 312 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  39.85 
 
 		 326 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  47.72 
 
 		 291 aa  155  9e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.01 
 
 		 318 aa  154  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.6 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.28 
 
 		 325 aa  152  5e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  39.68 
 
 		 313 aa  152  8e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.6 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  38.49 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  40.2 
 
 		 321 aa  149  4e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  39.66 
 
 		 314 aa  149  6e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  39.27 
 
 		 331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  50.8 
 
 		 340 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  38.06 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.89 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.34 
 
 		 321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2604  cobalamin biosynthesis protein  46 
 
 		 366 aa  145  6e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0562249  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  37.95 
 
 		 304 aa  145  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  39.03 
 
 		 302 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  47.29 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>