222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3372 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3182  C-5 cytosine-specific DNA methylase  79.44 
 
 
495 aa  711    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3372  C-5 cytosine-specific DNA methylase  100 
 
 
502 aa  988    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.126993 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0979  C-5 cytosine-specific DNA methylase  57.8 
 
 
484 aa  496  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.441427  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0134  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  99.23 
 
 
539 aa  273  6e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.191643  normal  0.811146 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0230  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  50.3 
 
 
283 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  37.5 
 
 
313 aa  94.7  3e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  33.74 
 
 
360 aa  89  2e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  32.26 
 
 
357 aa  83.6  0.000000000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3531  prophage LambdaBa01, C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  36.14 
 
 
259 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3814  prophage LambdaBa01, C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  36.14 
 
 
259 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  29.75 
 
 
340 aa  82.8  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  31.91 
 
 
465 aa  81.6  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3450  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.22 
 
 
251 aa  81.6  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.189675  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  27.67 
 
 
390 aa  81.3  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0061  C-5 cytosine-specific DNA methylase  35.58 
 
 
236 aa  81.6  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.346771  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  31.72 
 
 
308 aa  80.5  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  32.56 
 
 
418 aa  80.5  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  32.56 
 
 
418 aa  80.5  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  29.95 
 
 
313 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
440 aa  79  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
440 aa  79  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  31 
 
 
438 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  35.47 
 
 
431 aa  78.2  0.0000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  36.93 
 
 
365 aa  78.2  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  31.74 
 
 
406 aa  77.4  0.0000000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  31.55 
 
 
373 aa  75.9  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1243  DNA-cytosine methyltransferase  30.41 
 
 
325 aa  75.5  0.000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  35.56 
 
 
345 aa  75.5  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  34.71 
 
 
415 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  34.03 
 
 
313 aa  75.1  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  39.18 
 
 
443 aa  74.7  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  33 
 
 
362 aa  74.3  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  30.54 
 
 
328 aa  73.9  0.000000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  31.07 
 
 
385 aa  73.6  0.000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  35.71 
 
 
374 aa  73.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  30.49 
 
 
381 aa  73.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  30.81 
 
 
398 aa  73.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.53 
 
 
387 aa  72.4  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  30.43 
 
 
368 aa  72  0.00000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  34.51 
 
 
352 aa  71.6  0.00000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  30.89 
 
 
335 aa  71.2  0.00000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  36.05 
 
 
446 aa  70.9  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1523  DNA-cytosine methyltransferase  29.95 
 
 
335 aa  70.9  0.00000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00206279  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  31.55 
 
 
335 aa  70.9  0.00000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3442  DNA-cytosine methyltransferase  34.66 
 
 
380 aa  70.1  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.836948  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  30.6 
 
 
319 aa  70.1  0.00000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0416  DNA-cytosine methyltransferase  29.89 
 
 
320 aa  69.3  0.0000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  27.71 
 
 
489 aa  69.7  0.0000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  30.41 
 
 
434 aa  69.3  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.95 
 
 
451 aa  68.9  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  31.93 
 
 
395 aa  69.3  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  32.57 
 
 
389 aa  69.3  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0817  DNA-cytosine methyltransferase  36.47 
 
 
385 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0833  DNA-cytosine methyltransferase  36.47 
 
 
385 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  27.81 
 
 
437 aa  68.2  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  33.33 
 
 
362 aa  68.2  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3920  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
358 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  30.77 
 
 
454 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  30.59 
 
 
313 aa  67.4  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  34.12 
 
 
356 aa  67  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  25.75 
 
 
467 aa  67  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  31.36 
 
 
456 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  31.36 
 
 
456 aa  66.6  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4984  DNA-cytosine methyltransferase  32.17 
 
 
361 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  28.49 
 
 
310 aa  65.5  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3927  DNA-cytosine methyltransferase  30.39 
 
 
500 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  33.53 
 
 
373 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  31.65 
 
 
361 aa  65.1  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4319  DNA-cytosine methyltransferase family protein  29.59 
 
 
312 aa  65.1  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165512 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1728  DNA-cytosine methyltransferase  33.53 
 
 
483 aa  64.7  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.770689  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  29.67 
 
 
460 aa  65.1  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  29.67 
 
 
460 aa  65.1  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0526  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
377 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243641  normal  0.870196 
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4233  DNA-cytosine methyltransferase  31.87 
 
 
283 aa  64.7  0.000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0472  DNA-cytosine methyltransferase  32.38 
 
 
390 aa  64.3  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1499  DNA-cytosine methyltransferase  32.85 
 
 
703 aa  64.3  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1155  DNA-cytosine methyltransferase  30.77 
 
 
317 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  27.75 
 
 
421 aa  63.9  0.000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  32.95 
 
 
423 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  31.02 
 
 
452 aa  62.8  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  31.47 
 
 
358 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  28.02 
 
 
370 aa  62.8  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1205  DNA-cytosine methyltransferase  35.59 
 
 
632 aa  63.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.649135 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  30.39 
 
 
414 aa  62.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.99 
 
 
431 aa  62.4  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0352  DNA-cytosine methyltransferase  32.74 
 
 
390 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  34.09 
 
 
365 aa  62.4  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  32.97 
 
 
657 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0883  DNA-cytosine methyltransferase  29.41 
 
 
389 aa  62.4  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1383  DNA-cytosine methyltransferase  32.74 
 
 
309 aa  61.6  0.00000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20440  DNA-methyltransferase Dcm  28.32 
 
 
315 aa  62  0.00000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.359782  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
424 aa  61.2  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  31.38 
 
 
375 aa  60.8  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  30.3 
 
 
355 aa  60.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.02 
 
 
405 aa  60.8  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  25.24 
 
 
361 aa  60.8  0.00000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0931  DNA-cytosine methyltransferase  31.87 
 
 
474 aa  60.5  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000014473 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  27.09 
 
 
328 aa  60.5  0.00000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  33.53 
 
 
423 aa  60.5  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2371  DNA-cytosine methyltransferase  29.31 
 
 
419 aa  60.5  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0692329  hitchhiker  0.000000223127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>