More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3049 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_0587  dehydrogenase E1 component  57.26 
 
 		 680 aa  649    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3049  transketolase, central region  100 
 
 		 617 aa  1242    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0566  dehydrogenase E1 component  55.61 
 
 		 666 aa  588  1e-167  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3081  dehydrogenase, E1 component  37.66 
 
 		 675 aa  345  1e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0845423  normal  0.132557 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2596  dehydrogenase, E1 component  38.65 
 
 		 669 aa  345  1e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.817741  hitchhiker  0.000871115 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1486  dehydrogenase E1 component  36.24 
 
 		 657 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.004553  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0618  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta subunit  34.3 
 
 		 678 aa  298  3e-79  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0419  Transketolase central region  30.8 
 
 		 791 aa  283  8.000000000000001e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0246116  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3824  dehydrogenase E1 component  31.38 
 
 		 659 aa  270  4e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.200241  normal  0.786023 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1786  dehydrogenase, E1 component  33.39 
 
 		 736 aa  271  4e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0808  dehydrogenase E1 component  32.98 
 
 		 659 aa  266  7e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.222813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0991  dehydrogenase E1 component  32.78 
 
 		 710 aa  261  2e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.892178  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2840  dehydrogenase, E1 component  29.34 
 
 		 658 aa  259  1e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.479964  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3183  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta fusion  29.44 
 
 		 659 aa  258  2e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.954931 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2793  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit  33.18 
 
 		 702 aa  250  6e-65  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2114  Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)  32.84 
 
 		 726 aa  250  6e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0490286  normal  0.0687479 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3123  transketolase domain-containing protein  31.12 
 
 		 701 aa  249  1e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00523599 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10943  putative oxidoreductase  28.98 
 
 		 668 aa  241  2.9999999999999997e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.345452  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0856  putative 2-oxo acid dehydrogenase beta subunit  44.27 
 
 		 324 aa  238  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.389429  normal  0.709595 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3242  Transketolase central region  41.95 
 
 		 339 aa  236  8e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0939038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3377  Transketolase central region  43.83 
 
 		 326 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.442122  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1549  Transketolase domain protein  31.92 
 
 		 709 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2339  transketolase, central region  42.47 
 
 		 340 aa  232  1e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1966  Transketolase central region  44.71 
 
 		 326 aa  232  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0762  transketolase domain-containing protein  31.19 
 
 		 692 aa  232  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4204  transketolase central region  33.73 
 
 		 694 aa  232  2e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.578732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0449  transketolase domain-containing protein  42.02 
 
 		 325 aa  231  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.94075  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2782  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta subunit  29.13 
 
 		 727 aa  231  3e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.653166 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  41.23 
 
 		 327 aa  231  4e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4454  dehydrogenase, E1 component  31.1 
 
 		 726 aa  231  4e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1604  transketolase, central region  32.91 
 
 		 693 aa  230  7e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.167534  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3108  transketolase, central region  43.56 
 
 		 326 aa  228  3e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3319  Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)  30.38 
 
 		 724 aa  227  4e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0163319  hitchhiker  0.00280093 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3932  Transketolase central region  48.15 
 
 		 336 aa  227  5.0000000000000005e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  41.1 
 
 		 324 aa  226  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  41.1 
 
 		 324 aa  226  1e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  41.1 
 
 		 324 aa  225  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  39.88 
 
 		 328 aa  225  2e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  39.18 
 
 		 327 aa  225  2e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  39.18 
 
 		 327 aa  225  2e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  40.74 
 
 		 325 aa  224  3e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  40.8 
 
 		 324 aa  224  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4977  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  43.56 
 
 		 325 aa  224  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1434  transketolase  42.51 
 
 		 326 aa  223  7e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  40.06 
 
 		 324 aa  223  9.999999999999999e-57  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0032  acetoin dehydrogenase, alpha/beta subunit, putative  30.49 
 
 		 729 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4110  transketolase domain-containing protein  29.61 
 
 		 692 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1039  transketolase, central region  41.67 
 
 		 324 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0489701  normal  0.0714055 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0650  pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  39.45 
 
 		 326 aa  221  3e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0349  transketolase, central region  41.36 
 
 		 330 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0164413  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0753  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, beta subunit  39.14 
 
 		 326 aa  221  3.9999999999999997e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.102585  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  40.31 
 
 		 320 aa  220  6e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0029  putative acetoin dehydrogenase, alpha/beta subunit  30.49 
 
 		 729 aa  220  6e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0851607  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  42.99 
 
 		 325 aa  220  7e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  38.89 
 
 		 342 aa  219  8.999999999999998e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3038  transketolase central region  41.51 
 
 		 325 aa  219  8.999999999999998e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3767  Transketolase domain protein  39.82 
 
 		 343 aa  219  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  38.96 
 
 		 328 aa  219  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4133  putative puryvate dehydrogenase E1 component subunit beta  41.59 
 
 		 326 aa  217  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0398811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  38.96 
 
 		 328 aa  217  5e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  38.87 
 
 		 336 aa  217  5e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1851  Transketolase central region  38.44 
 
 		 335 aa  216  9.999999999999999e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60983  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6076  transketolase central region  40.61 
 
 		 326 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.507877  normal  0.0309873 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  39.88 
 
 		 327 aa  216  9.999999999999999e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4082  Transketolase central region  40.78 
 
 		 335 aa  216  9.999999999999999e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.264112 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1710  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  39.39 
 
 		 333 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  42.5 
 
 		 322 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0535  pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta  40.55 
 
 		 327 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.289294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  40.85 
 
 		 325 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10780  TPP-dependent dehydrogenase, E1 component beta subunit  41.05 
 
 		 328 aa  215  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789214  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  40.85 
 
 		 325 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2592  transketolase central region  38.65 
 
 		 327 aa  215  1.9999999999999998e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  40.85 
 
 		 325 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0681  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  38.84 
 
 		 325 aa  214  2.9999999999999995e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2229  transketolase, central region  40.72 
 
 		 335 aa  214  4.9999999999999996e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1025  transketolase, central region  39.22 
 
 		 333 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0434386  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1028  transketolase, central region  39.22 
 
 		 333 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1176  transketolase domain-containing protein  38.23 
 
 		 325 aa  213  5.999999999999999e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.210987  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1154  transketolase domain-containing protein  38.23 
 
 		 325 aa  213  5.999999999999999e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.113033  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19910  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  39.09 
 
 		 333 aa  213  7e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.045452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  40.49 
 
 		 324 aa  213  7.999999999999999e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1516  Transketolase central region  39.09 
 
 		 332 aa  213  9e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.349052 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3246  transketolase, central region  40.18 
 
 		 334 aa  212  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4402  Transketolase central region  39.81 
 
 		 320 aa  212  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1400  Transketolase central region  43.21 
 
 		 336 aa  212  2e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000179702 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5310  Transketolase central region  40.49 
 
 		 335 aa  212  2e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5002  Transketolase central region  43.17 
 
 		 325 aa  211  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00992852  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  41.09 
 
 		 346 aa  212  2e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6170  Transketolase central region  41.69 
 
 		 334 aa  211  3e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0762568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0238  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  42.15 
 
 		 326 aa  211  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.26153  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  40.24 
 
 		 337 aa  211  4e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  39.26 
 
 		 327 aa  211  4e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1596  transketolase central region  41.59 
 
 		 325 aa  210  5e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0994447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2565  transketolase, central region  38.18 
 
 		 354 aa  211  5e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.430096  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1467  hypothetical protein  38.58 
 
 		 324 aa  210  6e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0108  transketolase central region  39.44 
 
 		 329 aa  210  6e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.741994  hitchhiker  0.000246371 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  39.76 
 
 		 320 aa  210  6e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2827  transketolase central region  41.35 
 
 		 337 aa  210  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1575  transketolase, central region  36.53 
 
 		 327 aa  210  7e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1608  transketolase central region  36.53 
 
 		 327 aa  210  7e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>