More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4110 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1549  Transketolase domain protein  60.89 
 
 		 709 aa  829    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4110  transketolase domain-containing protein  100 
 
 		 692 aa  1417    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0762  transketolase domain-containing protein  75.29 
 
 		 692 aa  1076    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3123  transketolase domain-containing protein  58.52 
 
 		 701 aa  825    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00523599 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1604  transketolase, central region  71.11 
 
 		 693 aa  977    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.167534  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1786  dehydrogenase, E1 component  35.75 
 
 		 736 aa  405  1e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0991  dehydrogenase E1 component  37.54 
 
 		 710 aa  367  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.892178  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0618  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta subunit  34.85 
 
 		 678 aa  315  1.9999999999999998e-84  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1486  dehydrogenase E1 component  33.19 
 
 		 657 aa  296  6e-79  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.004553  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2793  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit  33.85 
 
 		 702 aa  290  5.0000000000000004e-77  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10943  putative oxidoreductase  29.38 
 
 		 668 aa  268  2e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.345452  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  46.27 
 
 		 322 aa  266  8e-70  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3183  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta fusion  30.56 
 
 		 659 aa  266  1e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.954931 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2840  dehydrogenase, E1 component  29.72 
 
 		 658 aa  263  8e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.479964  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  43.02 
 
 		 341 aa  262  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2777  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  43.62 
 
 		 337 aa  263  1e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.222973  normal  0.60889 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  44.41 
 
 		 320 aa  262  2e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05225  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta subunit  27.55 
 
 		 688 aa  261  4e-68  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.737912  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  43.48 
 
 		 320 aa  259  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1975  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  43.48 
 
 		 351 aa  258  3e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230446  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  45.51 
 
 		 330 aa  256  7e-67  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  42.03 
 
 		 346 aa  256  9e-67  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0456  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  41.25 
 
 		 337 aa  256  1.0000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  42.15 
 
 		 328 aa  256  1.0000000000000001e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0525  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  41.25 
 
 		 337 aa  255  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2827  transketolase central region  42.48 
 
 		 337 aa  254  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  43.38 
 
 		 324 aa  254  3e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  43.38 
 
 		 324 aa  254  3e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  43.38 
 
 		 324 aa  254  4.0000000000000004e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  43.65 
 
 		 320 aa  254  4.0000000000000004e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  44.55 
 
 		 320 aa  254  4.0000000000000004e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  43.38 
 
 		 324 aa  254  4.0000000000000004e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3552  transketolase central region  41.25 
 
 		 337 aa  253  9.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4386  Transketolase central region  42.56 
 
 		 332 aa  251  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4758  transketolase, central region  42.43 
 
 		 338 aa  251  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6502  Transketolase central region  42.86 
 
 		 332 aa  251  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.973138  normal  0.885428 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  42.12 
 
 		 342 aa  249  2e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0705  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  41.54 
 
 		 337 aa  248  3e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346311  normal  0.842188 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  41.77 
 
 		 325 aa  246  6.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3824  dehydrogenase E1 component  28.69 
 
 		 659 aa  246  9.999999999999999e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.200241  normal  0.786023 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1608  transketolase central region  38.23 
 
 		 327 aa  245  1.9999999999999999e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1575  transketolase, central region  38.23 
 
 		 327 aa  245  1.9999999999999999e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2899  transketolase, central region  43.61 
 
 		 320 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2592  transketolase central region  39.26 
 
 		 327 aa  244  3e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  41.72 
 
 		 336 aa  245  3e-63  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0266  Transketolase central region  39.88 
 
 		 327 aa  244  3.9999999999999997e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  42.02 
 
 		 327 aa  244  3.9999999999999997e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4402  Transketolase central region  43.12 
 
 		 320 aa  244  3.9999999999999997e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2339  transketolase, central region  42.41 
 
 		 340 aa  243  7.999999999999999e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2304  Transketolase central region  39.57 
 
 		 327 aa  243  9e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  41.1 
 
 		 327 aa  243  1e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  41.1 
 
 		 327 aa  242  2e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4402  2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit  39.41 
 
 		 339 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54169 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2993  2-oxoisovalerate dehydrogenase (beta subunit)  39.39 
 
 		 350 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35520  2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta  39.39 
 
 		 350 aa  241  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0580998  hitchhiker  0.00209483 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2096  Transketolase central region  39.26 
 
 		 327 aa  240  5e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1330  transketolase, central region  40.29 
 
 		 343 aa  241  5e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0296032  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3192  2-oxoisovalerate dehydrogenase E1 component, beta subunit  40.35 
 
 		 347 aa  239  9e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.55833  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1381  transketolase, central region  41.9 
 
 		 325 aa  239  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0848887  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0274  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  40.95 
 
 		 336 aa  239  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.724855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1035  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  40.06 
 
 		 347 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0587  dehydrogenase E1 component  31.06 
 
 		 680 aa  238  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  44 
 
 		 324 aa  238  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3066  2-oxoisovalerate dehydrogenase E1 component, beta subunit  40.06 
 
 		 347 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2012  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  40.06 
 
 		 347 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2301  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  40.06 
 
 		 347 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1321  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  40.06 
 
 		 347 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3464  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  39.94 
 
 		 352 aa  238  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239889 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4361  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  39.88 
 
 		 346 aa  238  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3743  transketolase central region  39.94 
 
 		 352 aa  238  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.530888 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0781  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  41.59 
 
 		 337 aa  238  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1452  transketolase, central region  39.64 
 
 		 352 aa  238  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3963  transketolase central region  39.64 
 
 		 352 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1011  Transketolase central region  39.58 
 
 		 337 aa  237  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.252862  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2027  transketolase, central region  42.11 
 
 		 325 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0248675  hitchhiker  0.0000129585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1948  transketolase, central region  42.11 
 
 		 325 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.858675  decreased coverage  0.000302013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2130  transketolase, central region  42.11 
 
 		 325 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.88258  hitchhiker  0.000129918 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1410  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  40.77 
 
 		 334 aa  237  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1124  transketolase, central region  39.42 
 
 		 347 aa  237  6e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1135  transketolase central region  39.42 
 
 		 347 aa  237  6e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.770864  normal  0.562943 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2303  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  39.48 
 
 		 347 aa  236  7e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405637  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  41.67 
 
 		 327 aa  237  7e-61  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0763  transketolase, central region  39.59 
 
 		 346 aa  236  8e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1244  transketolase, central region  39.59 
 
 		 346 aa  236  8e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.974507  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1217  transketolase central region  39.59 
 
 		 346 aa  236  8e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  40.37 
 
 		 326 aa  236  1.0000000000000001e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  41.23 
 
 		 324 aa  236  1.0000000000000001e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4233  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  39.88 
 
 		 327 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4066  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase subunit beta  39.88 
 
 		 327 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0625977  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3904  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit (2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit)  39.88 
 
 		 327 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.522905  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3913  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit (2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit)  39.88 
 
 		 327 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0083543  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4383  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase subunit beta  39.88 
 
 		 327 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0906911  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4291  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  39.88 
 
 		 327 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000939544  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4181  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  39.88 
 
 		 327 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000134341 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1886  transketolase, central region  44.33 
 
 		 325 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2150  transketolase central region  44.33 
 
 		 325 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00434594  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1966  Transketolase central region  43.21 
 
 		 326 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1538  Transketolase central region  29.59 
 
 		 681 aa  234  4.0000000000000004e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.244278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4507  hypothetical protein  44 
 
 		 325 aa  234  5e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2200  transketolase central region  44 
 
 		 325 aa  234  5e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.670418  normal  0.185077 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>